genoPlotR绘制基因结构图

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之前介绍过如何使用「gggenes」包绘制基因结构图，如下所示;但是存在一个问题通过「gggenes」包绘制无法展示出基因的长短，下面来介绍如何通过「genoPlotr」包来绘制基因结构图，本文之前在简书上发过，旧文从新整理而已

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gggenes绘制基因结构图

加载R包

library(pacman)
pacman::p_load(genoPlotR,tidyverse,magrittr,stringi);options(warn = -1)

导入数据

data <- "data.xls" %>% read.delim() %>% arrange(molecule)

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此处如果使用「read_tsv()」 导入数据需要将结果转化为数据框，执行 「as.data.frame()」 即可,不然会有报错

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数据清洗

list <- data %>% mutate(strand = 1) %>% 
  select(1, 3, 4, 5) %>% 
  set_colnames(c("name", "start", "end", "strand")) %>% 
  group_split(name) %>% as.list() %>% 
  set_names(unique(data[, 1]))

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下载任何gff文件提取数据即可

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绘制基因结构图

for (i in seq_along(list)) { list[[i]] %<>% 
    as.dna_seg(col="black",fill="steelblue") }
list[data[1, 1] %>% stri_sub(length = 5) %>% 
       paste0(., (list %>% names() %>% 
                    length() %>% seq_len())) %>% 
       match(names(list))] %>% plot_gene_map()

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导入的数据格式如下图所示即可

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好了今天的介绍到此结束，喜欢的小伙伴欢迎转发此文

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