跟着论文学绘图之: RDA分析并添加显著性检验

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最近一直在绘制RDA分析图，看到一篇文献对环境因子进行了显著性检验，感觉挺好，试着复现下,论文原图以及描述,下面来进行实战操作;本文由RGzxs撰写，小编进行了排版

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Spatio-Temporal Variation of Synechococcus Assemblages at DNA and cDNA Levels in the Tropical Estuarine and Coastal Waters

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「本文配有精美的HTML文档供大家阅读」

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近期系统整理了一下公众号所写过的一下经典文档，如果需要获取之前绘图文档数据的朋友欢迎加入小编的「VIP交流群」，「99元即可获取小编之前上百篇文档的数据及代码」，公众号右下角添加微信咨询即可；已经加群的可在群中获取，无需再次付费

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加载R包

library(vegan)
library(ggplot2)

1.加载物种、环境数据以及分组信息

#物种信息
species<-read.table("sp.txt",header = T,row.names = 1)

#环境因子
env<-read.table("env.txt",header = T,sep="\t",row.names = 1)

#分组
group<-read.table("group.txt",header = T,sep="\t")

2.hellinger 转化

species_hel <- decostand(species,method = "hellinger")

适用于有很多数值为0的数据集

3.RDA分析及R2校正

rda_tb <- rda(species_hel~.,env,scale=T)
rda_tb

查看统计结果信息，以 2型标尺为例

rda_tb.scaling2 <- summary(rda_tb,scaling=2)