其他
[会员转享] ggplot2跨分面进行显著性标记
欢迎关注R语言数据分析指南
❝本节来进行一张老图的增强化操作,「主要想实现在含有分面效果的情况如何跨分面进行显著性标记」,数据及代码已经上传小编的VIP群,已经加群的无需付费;
❞有需要的观众老爷欢迎加入小编2022年度VIP群
,目前已经上传「公众号文档数据+代码约170余篇」,扫描文中二维码加小编微信「付费99元」后邀请进群,「由于群名额有限人满之后将不在添加新成员」,有需要的请尽早加入,早进早享受,「付费购买的观众老爷可以在文档末尾找到数据获取方式」
library(tidyverse)
library(ggpubr)
library(vegan)
library(openxlsx)
library(scales)
library(rstatix)
library(ggsci)
结果展示
图形解释
❝此图可以算做是基础箱线图的一种演化结果,主要在于对其添加了多重注释,也就是常见的分面操作此功能可以用
❞ggh4x
包来进行实现,但在这张图上由于还需要个性化添加p值
,也可称为「跨分面进行显著性标记」这个就比较的繁琐了,在此我通过一种新的思路来实现此效果,整张图均由R代码实现不借助任何外部工具;「过程及其繁琐建议没有强迫症的观众老爷谨慎购买」,当然内容也是及其的丰富绝对会让您有所收获
加载数据
abund_table<-read.xlsx("OysterHatcheryMicrobiome_phyladata.xlsx",sheet="taxa", rowNames = TRUE)
meta_table<-read.xlsx("OysterHatcheryMicrobiome_phyladata.xlsx",sheet="meta")
计算simpson指数
meta_table$Simpsons<-diversity(abund_table, index="simpson")
meta_table$Type <- factor(meta_table$Type,levels =c("Oyster","Swab","Water"))
数据整合
df <- meta_table %>% select(1,Type,Day,Trial,Group,Simpsons) %>%
unite(.,col="group",Type:Trial,sep="_",remove = T,na.rm = F) %>%
select(-1)
定义因子
df$group <- factor(df$group,levels=c("Oyster_12_1","Oyster_5_1","Oyster_6_2","Oyster_9_2",
"Swab_12_1","Swab_5_1","Swab_6_2","Swab_9_2",
"Water_1_1","Water_12_1","Water_1_2","Water_9_2","Water_5_3","Water_8_3","Water_12_3"))