画最美染色体,就要用这个新工具 | 今天被CRAN接收
由小丫画图开始并推动,产生了一个CRAN包——RIdeogram
今天已由CRAN审核通过,一行命令搞定安装:
install.packages("RIdeogram")
【需求描述】
我要画差异表达基因在染色体上的分布(RNA-seq)
or 开放染色质在染色体上的分布(DNase/ATAC-seq)
or CTCF在染色体上的结合位点(ChIP-seq)
or 突变位点在染色体上的分布(WGS)
or DNA甲基化在染色体上的分布(WGBS)
找工具来解决:
circos的图最美,但,我要直的,不要弯的
http://circos.ca/
chromoMap美,可惜只支持人这一个物种
其余的R包,都达不到我想要的美好的效果
https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/IdeoViz/inst/doc/Vignette.pdf
https://bioconductor.org/packages/3.7/bioc/vignettes/karyoploteR/inst/doc/karyoploteR.html
http://www.tengfei.name/ggbio/
找到一个在线画美的、直的、染色体的工具
出自Millerdelaney, S. F. C., Bryan, K., Das, S., Mckiernan, R. C., Bray, I. M., & Reynolds, J. P., et al. (2015). Differential dna methylation profiles of coding and non-coding genes define hippocampal sclerosis in human temporal lobe epilepsy. Brain, 138(Pt 3), 616-631.影响因子:10.292
http://rtools.cbrc.jp/idiographica/
可惜只支持human, mouse, rat and fruit fly这5个物种
“小丫画图群”里,有的小伙伴跟小丫一样,有的对现有的R包画图效果不满意,有的不想花时间点鼠标调参数,还有位小伙伴是研究水稻的,急需不限物种的工具来画图。于是,去年6月,我们众筹了画这个图的代码。画图达人从头写代码,画出了下图:
小丫拿到代码、看到图,惊呆了!这必须得写成R包才对得起作者的努力~
于是小丫请Y叔出马,带我们飞~~~
经过Hao同学和同伴半年的努力,在Y叔的悉心指导下,RIdeogram包终于写成,今天被CRAN接收。
用法看链接里的使用手册:
https://cran.r-project.org/web/packages/RIdeogram/vignettes/RIdeogram.html
功能更丰富:
据说有的小伙伴最喜欢这种萌萌水桶腰版
哥俩好版
我最喜欢这水果味儿的染色体
哦,对了,FigureYa8rada那朵花也出自Hao同学之手!
(用FigureYa8rada画出的花版雷达图)
已购买FigureYa10chromosome的小伙伴近期会收到V2版的邮件
回复“群公告”,加入小丫画图,一起画美图~
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