石蜡包埋样本（FFPE）具有常温保存、保存时间长、样本可及性强、运输方便、可关联临床及多组学数据等优点，是临床上最常见的样本保存类型。在大量的临床研究中，尤其是对于病程长、预后不确定的疾病，如肿瘤，往往会使用FFPE样本进行验证，或开展回顾性研究。
然而FFPE样本目前在单细胞研究中使用较少。这是因为目前几乎所有的高通量单细胞转录组测序平台都基于3' polyA进行RNA捕获，然而FFPE样本中的RNA质量下降且存在片段化现象，通过polyA的捕获只能获得RNA的3’末端信息，因此无法准确评估转录本的表达，难以用于FFPE样本的检测。
M20 Genomics推出的全样本高通量单细胞测序产品VITA系列，通过独特的随机引物设计以及化学反应流程，可对转录本的所有片段进行捕获，即使在FFPE样本中也体现出了较高的灵敏度。
获得高质量的单细胞核悬液是FFPE样本单细胞转录组研究的第一步，今天小编就介绍下常见组织（如心、肝、肾、肺、脑等）石蜡包埋样本的解离步骤。
解离抽核步骤
1. 将石蜡包埋组织取出，用刀切取2-3片蜡卷（厚度50~500μm）置于1.5mL离心管中；
2. 加入1mL脱蜡液，金属浴27℃，以500rpm震荡，每隔7min换一次脱蜡液，直至蜡脱干净；
3. 吸去脱蜡液，加入1mL100%乙醇，静置2min；
4. 吸去乙醇，加入1mL 100%乙醇，静置2min；
5. 吸去乙醇，加入1mL 90%乙醇（900μL 100%乙醇，100μL 3xSSC缓冲液），静置2min；
6. 同上，依次加入1mL 70%乙醇，1mL 50%乙醇，1mL 30%乙醇，100% 3xSSC缓冲液，每次加入试剂后均静置2min后弃上清液；
7. 冰上操作，加入适量裂解液，进行组织磨碎，再加入适量裂解液，使细胞重悬，冰上放置5min，加入150μL 蛋白酶K；
8. 金属浴50℃，以500rpm震荡，每隔10min镜检一次，直至分离出大多数细胞核；
9. 裂解后的细胞核液进行滤膜过滤，4℃、500×g，离心5min；
10.离心后弃上清，加入适量的PBS缓冲液，重悬混匀，离心洗涤（4℃、500×g，离心5min）；
11. 镜检合格后，弃上清，加入适量PBS缓冲液重悬。
细胞核悬液质控标准
1、获得50~100万细胞核；
2、悬液背景干净；
3、核膜完整度>80%；
4、结团率<20%。
单细胞核悬液镜检-肾FFPE
单细胞核悬液镜检-心FFPE
单细胞核悬液镜检-乳腺FFPE
后续我们将不间断更新其他样本类型的FFPE解离方案，请持续关注我们！
M20 Genomics（简称“M20”）成立于2021年2月，是一家专注于单细胞技术开发及应用的生命科技公司，总部位于中国杭州。
M20主创成员来自国内外顶尖高校，长期从事单细胞测序及相关技术的研究和应用，在各自领域内拥有全球领先的科研和转化成果。公司自主研发的全球首个基于随机引物的全样本高通量单细胞测序产品 – VITA系列，突破性地实现了全样本类型、全物种和全长RNA的（超）高通量单细胞转录组测序。
M20立志打破壁垒，找到前行的力量，探索生命的本源，以新一代单细胞技术引领生命科技的发展。
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