1925年9月，毛泽东第三次来到广州，他坚持国民党一大的正确路线，排除西山会议派的干扰，为国民党二大的顺利召开做了大量具体工作。在国民党二大上，他继续当选为候补中央执行委员。会后，毛泽东作为国民党中央候补委员和中央宣传部的实际负责人，反对西山会议派及其召集的国民党第二次全国代表大会，维护国民党的团结和统一。他组织并亲自撰文批判戴季陶主义，讲究策略，善于利用矛盾，在反对孙文主义学会上做了大量工作。毛泽东是最早识破蒋介石借中山舰事件夺权的阴谋，并主张坚决回击的中共领导人之一，但是他的正确建议没有得到采纳。之后，他还坚决反对《整理党务案》，但是他的正确意见未得到认可，最终未能改变该案通过的结局。