时空月速览 | 2022年6月单细胞+时空组学文章速览
时空月速览第1期。
近年来，单细胞和空间组学技术快速发展，多年被Nature Methods评为年度技术，且在生命科学领域得到广泛应用。为了帮助大家更高效、更快速地了解单细胞空间组技术研究和应用的科研前沿，我们在《时空简讯》专题式分享的基础上，推出《时空月速览》专栏，每月分享单细胞空间组学技术及其在生命科学领域的研究进展，遴选重要研究成果并解读分享。
2022年6月1-30日，追踪到IF（影响因子）＞5的单细胞和空间组技术应用于各个生命科学领域的文章，共有193篇（包括article、review；文末给出追踪到的文献清单链接，含研究涉及的物种、组织/器官、疾病等信息），其中生命发育12篇（1篇综述，11篇研究），生命结构7篇（2篇综述，5篇研究），生命机理31篇（3篇综述，28篇研究），脑及神经科学（非疾病）2篇（1篇综述，1篇研究），疾病病理112篇[6篇综述，96篇研究；脑及神经科学（相关疾病）23篇、癌症科学38篇、其他51篇]，时空技术12篇（4篇综述，8篇研究）、生信工具15篇（3篇综述，12篇研究），（植物）生命发育/结构/机理/疾病病理2篇（2篇综述）。
考虑到领域差异，结合范畴、影响因子等遴选出30篇重要研究，包括综述6篇（含植物1篇）、研究文章24篇。其中研究文章包括生命发育2篇、生命结构2篇、生命机理4篇、疾病病理12篇（其中脑及神经科学3篇，癌症4篇，其他疾病5篇）、脑及神经科学（不含疾病）1篇、时空技术2篇、生信工具1篇，并逐一进行了导读，供参考。
01
综述
Review
1. Temporal modelling using single-cell transcriptomics.
2022-01-31; Nature Reviews. Genetics; IF: 53.242; DOI: 10.1038/s41576-021- 00444-7
内容概要：首先综述了可以基于scRNA-seq数据推断拟时序的计算方法，或者集成scRNA-seq数据以改进拟时序分析方法；然后讨论了可应用于各种生物样本scRNA-seq时序数据的计算方法，以及将此数据类型与其他单个时间点（snapshot）和时间序列数据集成的方法；且介绍了每一种算法的关键假设，及其最适合的数据类型和生物学问题。此外，还讨论了如何结合不同的方法，对动态生物过程端到端（end-to-end）建模。
2. Unbiased spatial proteomics with single-cell resolution in tissues.
2022-06-16; Molecular Cell; IF: 17.970; DOI: 10.1016/j.molcel.2022.05.022
内容概要：回顾了基于液相色谱-质谱（LC-MS）的微量蛋白质分析的最新研究进展，以及面临的挑战：蛋白质组学既不等同于寡核苷酸扩增，进而也难以实现scRNA-seq中的多路复用和高通量的条形码。首先，综述了如何通过小型化整个样品制备工作流程，和显著提高LC-MS本身灵敏度，来解决这一挑战，从而使得单细胞蛋白质组和转录组的直接比较成为可能；然后探讨了如何通过多路成像、空间转录组或空间蛋白质组，实现多组学整合。此外，还介绍了“深度视觉蛋白质组学”（deep visual proteomics，DVP）这一概念：将人工智能驱动的细胞表型图像分析，与自动化的单细胞或单核激光显微解剖，以及超高灵敏度质谱相结合，识别数千种蛋白质，探讨了从基本生物学问题到精确医学的潜在应用。
3. A comprehensive comparison on cell-type composition inference for spatial transcriptomics data.
2022-06-27; Briefings in Bioinformatics; IF: 11.622; DOI: 10.1093/bib/bbac245
内容概要：该文回顾了三类常用的空间转录组（spatial transcriptomic，ST）数据细胞类型反卷积的计算方法（基于概率分解、非负矩阵分解和非负最小二乘分解，以及其他基于深度学习框架的方法），比较了它们的优缺点。然后，使用相同的4个真实的ST数据集作为基准来检验这些方法的性能，认为RCTD和stereoscope两种算法可以实现更稳健、更准确地推断。最后，为不同场景下的方法选择提供了实用的指导方针，以及每种方法所使用的最优基因子集。
4. Fibroblast Heterogeneity in Healthy and Wounded Skin.
2022-06-16; Molecular Cell; IF: 17.970; DOI: 10.1016/j.molcel.2022.05.022
内容概要：回顾了基于液相色谱-质谱（LC-MS）的微量蛋白质分析的最新研究进展，以及面临的挑战：蛋白质组学既不等同于寡核苷酸扩增，进而也难以实现scRNA-seq中的多路复用和高通量的条形码。首先，综述了如何通过小型化整个样品制备工作流程，和显著提高LC-MS本身灵敏度，来解决这一挑战，从而使得单细胞蛋白质组和转录组的直接比较成为可能；然后探讨了如何通过多路成像、空间转录组或空间蛋白质组，实现多组学整合。此外，还介绍了“深度视觉蛋白质组学”（deep visual proteomics，DVP）这一概念：将人工智能驱动的细胞表型图像分析，与自动化的单细胞或单核激光显微解剖，以及超高灵敏度质谱相结合，识别数千种蛋白质，探讨了从基本生物学问题到精确医学的潜在应用。
5. Deciphering the molecular basis of tissue-specific gene expression in plants: Can synthetic biology help?
2022-06-11; Current Opinion in Plant Biology; IF: 7.834; DOI: 10.1016/j.pbi.2022. 102241
内容概要：回顾了植物组织特异性基因表达和表观遗传因子的研究，综述了当前相应最先进的实验技术和计算方法（包括机器学习），讨论了合成生物学在植物分子遗传学研究方面取得的成果。合成生物学不仅是测试候选DNA功能区的一种手段，而且在建立自然驱动启动子结构的一般规则，以及在研究和农业中合理设计遗传回路以赋予感兴趣的基因或分子途径组织特异性表达方面，显示出巨大的应用前景。
6. Computational methods for single-cell DNA methylomes.
2022-06-16; Genomics, Proteomics & Bioinformatics; IF: 7.691; DOI: 10.1016/j.gpb.2022.05.007
内容概要：该文简要综述了DNA甲基化分析技术和当前的数据资源，主要论述了单细胞DNA甲基化组数据分析的关键环节，包括数据预处理、质量控制、插补、降维、细胞聚类、监督细胞注释、细胞谱系重建、基因活性评分以及与转录组学数据的整合，并重点介绍单细胞DNA甲基组数据分析的独特方面，以及其他单细胞组数据分析常用的技术如何与DNA甲基化组分析兼容。最后，探讨了当前DNA甲基化分析面临的挑战及未来发展的机遇。
02
生命发育
Life Development
7. Cell fate determining molecular switches and signaling pathways in Pax7-expressing somitic mesoderm.
2022-06-28; Cell Discovery; IF: 10.849; DOI: 10.1038/s41421-022-00407-0
内容概要：对E9.5小鼠胚胎中表达Pax7的细胞进行谱系追踪，并采用scRNA-seq分析了E12.5、E14.5和E16.5时胚胎Pax7子代细胞，确定已发现的肌肉、真皮和棕色脂肪细胞是由中胚层表达Pax7的细胞产生的，谱系发育轨迹重建发现它们来自一个共同的祖细胞，并鉴定了其独特的细胞表面标记物：Pdgfra、Thy1和Cd36，生成了单细胞分辨率下的Pax7谱系发育路线图。
8. Integrating spatial transcriptomics with single-cell transcriptomics reveals a spatiotemporal gene landscape of the human developing kidney.
2022-06-03; Cell & Bioscience; IF: 7.133; DOI: 10.1186/s13578-022-00801-x
内容概要：结合微阵列空间转录组和scRNA-seq，分析受孕后胚胎发育9周（post-conception weeks，PCW）和18周的肾脏样品，在18PCW肾脏切片（皮质区域、髓质区、骨盆区）检测到2,697个spots（每个spots有3,626个基因），在9PCW肾脏的两个部分检测到175个spots（每个spots包含1,486个基因）,构建了人类胚胎肾脏在9PCW和18PCW的空间转录图谱。
03
生命结构
Life Structure
9. Endothelial cell heterogeneity and microglia regulons revealed by a pig cell landscape at single-cell level.
2022-06-24; Nature Communications; IF: 14.919; DOI: 10.1038/s41467-022-31388-z
内容概要：通过scRNA-seq和snRNA-seq，生成了家猪20个组织222,526个细胞的单细胞转录组图谱，全面描述了组织中细胞的异质性，并鉴定了234个细胞簇，代表58种主要的细胞类型，并通过对猪和其他12种动物小胶质细胞单细胞转录组比较分析，确定了MEF2C是3亿年以来小胶质细胞进化中最保守的调控因子。
10. A reference tissue atlas for the human kidney.
2022-06-08; Science Advances; IF: 14.136; DOI: 10.1126/sciadv.abn4965
内容概要：从56名成人受试者的肾切除术组织的未受影响区域和未患病的个体来源组织活检，得到80,289个单细胞，使用sc/sn mRNA-seq、激光显微切割转录组（subsegmental laser microdissection transcriptomics），蛋白质组和近单细胞蛋白质组，3D和CODEX成像，以及空间代谢组分层分析鉴定细胞、基因和通路，同时评估了来自公共snRNA-seq数据的24,282个单细胞，构建了人类肾脏组织的综合参考单细胞空间表达图谱。
04
生命机理
Life Mechanism
11. Mapping information-rich genotype-phenotype landscapes with genome-scale Perturb-seq.
2022-06-02; Cell; IF: 41.582; DOI: 10.1016/j.cell.2022.05.013
内容概要：使用perturb-seq (基于CRISPRi的全基因组筛选联合scRNA-seq分析）检测人类慢性髓细胞白血病（chronic myeloid leukemia，CML）和视网膜色素上皮（retinal pigment epithelial，RPE1）细胞系（细胞数＞2,500,000个）的数千个功能缺失的遗传扰动，报道了第一个在基因组规模研究基因功能的结果，证实了perturb-seq（基于CRISPR的筛选与scRNA-seq读数）能用于研究复杂的细胞表型——从RNA剪接到分化到染色体不稳性，并发现基因功能，揭示了细胞行为、基因功能和调控网络的多维“画像”（portrait），推进了创建全面的基因型-表型图的目标。
12. Lymphatics act as a signaling hub to regulate intestinal stem cell activity.
2022-06-15; Cell Stem Cell; IF: 7.243; DOI: 10.1016/j.stem.2022.05.007
内容概要：利用淋巴内皮细胞-肠类器官共培养试验，发现隐窝淋巴管可以维持肠道干细胞（intestinal stem cells，ISCs）并抑制其早熟分化。结合单细胞和空间转录组学，应用BayesPrism对空间特征内的表达进行去卷积，并开发SpaceFold以高分辨率、稳健地绘制生态位图；确定了WNT信号因子（WNT2、R-SPONDIN-3）和细胞外基质蛋白REELIN（迄今未被重视），是直接控制ISCs再生潜力的隐窝淋巴信号，从而揭示了隐窝淋巴管和ISCs之间在生理上相互作用的分子机制。
13. Unique molecular and functional features of extramedullary hematopoietic stem and progenitor cell reservoirs in humans.
2022-06-09; Blood; IF: 22.113; DOI: 10.1182/blood.2021013450
内容概要：从器官捐献者的骨髓（bone marrow，BM）、外周血（peripheral blood，PB）和脾脏等配对样本，以及6名健康志愿者非配对PB样本中，分离出CD19-CD34+造血干细胞和祖细胞（hematopoietic stem and progenitor cells，HSPCs），通过scRNA-seq分析超过155,000个单CD19-CD34+ HSPCs，采用CITE-seq分析33,000个HSPCs和9,000个单表型的造血干细胞/多能祖细胞（hematopoietic stem cells/multipotent progenitors，HSC/MPPs），全面描述了人类髓外HSPC，发现了髓外组织共有的和PB独有的HSPC特征，确定了非原位增殖的髓外谱系产生的HSPC库，并阐释了脾脏HSPC参与需求适应（demand-adapted）的造血过程。
14. Enhanced transcriptional heterogeneity mediated by NF-κB super-enhancers.
2022-06-01; PLoS Genetics; IF: 5.917; DOI: 10.1371/journal.pgen.1010235
内容概要：通过单细胞荧光成像，确认转录因子NF-κB（RelA）介导的超级增强子（super-enhancers，SE）的形成过程，并评估了鸡DT40 B细胞在anti-IgM刺激后RelA病灶（foci）的生化特性和动力学，进一步利用scATAC-seq研究细胞激活时SE活性的变化，通过共可及性分析预测顺式调节相互作用，揭示了NF-κB SE的生物学功能源于染色质状态和NF-κB固有特性的结合，特别是可能由液体冷凝物（liquid condensate formation）形式介导，以促进不同的细胞反应。
05
脑及神经科学（非疾病）
Brain and Neuroscience
(non-disease)
15. Developmental landscape of human forebrain at a single-cell level identifies early waves of oligodendrogenesis.
2022-05-05; Developmental Cell; IF: 12.270; DOI: 10.1016/j.devcel.2022.04.016
内容概要：应用scRNA-seq和scATAC-seq，并通过空间原位测序（ISS）和RNAscope分析受孕后8、8.5、9和10周4个时间点的人类胚胎前脑组织中的25,161个单细胞，揭示了少突胶质细胞发生的进化保守机制，并描述了少突胶质前体细胞特征的相关调节机制。
06
疾病病理
Disease Pathology
脑及神经科学
16. Spatially resolved multi-omics deciphers bidirectional tumor-host interdependence in glioblastoma.
2022-06-13; Cancer Cell; IF: 31.743; DOI: 10.1016/j.ccell.2022.05.009
内容概要：通过空间分辨转录组学（20人28个样本，88,793个细胞）、代谢组学（6人6个样本）和蛋白质组学（6人14个样本），描述了人脑不同解剖区域中胶质母细胞瘤的转录过程，并相应绘制了微环境图谱，包括代谢和肿瘤-宿主细胞的相互作用，指出个性化的治疗方法在神经肿瘤学中的重要性。
17. Single-cell transcriptomics and surface epitope detection in human brain epileptic lesions identifies pro-inflammatory signaling.
2022-06-23; Nature Neuroscience; IF: 24.884; DOI: 10.1038/s41593-022-01095-5
内容概要：6名药物难治性癫痫（drug-refractory epilepsy，DRE）患者，切除性癫痫脑手术获得的病变脑组织，单细胞悬液进行CITE-seq，得到85,780个细胞和22,968个基因，聚类识别到26个细胞簇，构建癫痫病变脑组织的免疫转录组，揭示了一个促炎微环境，包括小胶质细胞的广泛激活和其他促炎免疫细胞的浸润。
18. Generation of Human Nociceptor-Enriched Sensory Neurons for the Study of Pain-Related Dysfunctions.
2022-06-11; Stem Cells Translational Medicine; IF: 6.940; DOI: 10.1093/stcltm/szac031
内容概要：利用诱导多能干细胞（induced pluripotent stem cells，iPSCs）构建了富含痛觉感受器的外周感觉神经元（peripheral neurons with nociceptor Features，PNN）模型，经过广泛的表型分析后，Ca2+成像被选择为评估疼痛受体信号的定量终点，并通过在非细胞毒性浓度下，检测长期暴露于化疗药物奥沙利铂的功能障碍，证实了PNN模型适用于与周围神经病相关的药理学和毒理学研究。
癌症科学
19. Estimation of tumor cell total mRNA expression in 15 cancer types predicts disease progression.
2022-06-13; Nature Biotechnology; IF: 54.908; DOI: 10.1038/s41587-022-01342-x
内容概要：基于10例患者（结肠直肠癌3人，肝癌3人，肺癌2人，胰腺癌2人）的48,913个细胞的scRNA-seq数据，提出了一种从大批量测序数据中量化肿瘤特异性总mRNA表达（TmS）的方法，评估并验证了15种癌症类型的6,590例患者肿瘤的TmS，确定了显著的肿瘤间变异性，在所有癌症中，高TmS与疾病进展和死亡风险增加相关，揭示了总mRNA表达的变化是泛癌的一个稳健的预后特征，证实了TmS可以预测肿瘤表型和临床结果。
20. The Spatial Landscape of Progression and Immunoediting in Primary Melanoma at Single-Cell Resolution.
2022-04-11; Cancer Discovery; IF: 39.397; DOI: 10.1158/2159-8290.CD-21-1357
内容概要：在来自原发性皮肤黑色素瘤、1个局部区域转移灶和1个远处皮肤转移灶的11 个甲醛固定石蜡包埋样本中，共鉴定出70个具有癌前或癌症组织学的组织区域（ROI），应用high-plex成像、3D高分辨率显微镜和空间分辨的微区域转录组学进行分析，发现原发性黑色素瘤中免疫侵袭和免疫编辑可以在单个样本中几毫米内共存。
21. Single-cell analyses define a continuum of cell state and composition changes in the malignant transformation of polyps to colorectal cancer.
2022-06-20; Nature Genetics ; IF: 38.330; DOI: 10.1038/s41588-022-01088-x
内容概要：携带（n=8）或不携带（n=7）生殖系APC突变的家族性腺瘤性息肉病（familial adenomatous polyposis，FAP）供体的81个样本（48个息肉组织、27个正常组织和6个结直肠癌组织），snRNA-seq和scATAC-seq分析，从80个样本中获得了447,829个细胞的高质量单细胞染色质可及性谱; 在去除低质量的snRNA-seq细胞和样本后，从70个样本中获得了201,884个细胞的单细胞转录组，绘制了健康结肠转变为癌前腺瘤到结直肠癌过程中，细胞组成和细胞状态变化图谱。
22. The single-cell transcriptional landscape of lung carcinoid tumors.
2022-03-16; International Journal of Cancer; IF: 7.396; DOI: 10.1002/ijc.33995
内容概要：肺类癌（lung carcinoid tumor），也称为肺神经内分泌肿瘤或肺类癌，是一种罕见的肺部肿瘤。采用scRNA-seq分析3个人肺类癌样本（n=3）和正常肺组织（n=7）的细胞组成，得到73,105个单细胞转录组，首次全面描述了类肺癌的细胞组成和单细胞基因表达谱，展示了其肿瘤微环境的非炎症性和血管丰富性，并概述了可作为未来治疗靶点的细胞间相互作用，如基质细胞和免疫细胞表现出潜在的旁分泌相互作用。
其他疾病
23. ingle-nucleus profiling of human dilated and hypertrophic cardiomyopathy.
2022-06-22; Nature; IF: 49.962; DOI: 10.1038/s41586-022-04817-8
内容概要：通过对11例扩张性心肌病、15例肥厚性心肌病以及16例非衰竭心脏左心室样本，snRNA-seq获得近60万个单细胞核转录组，确定了衰竭心脏在单细胞分辨率上的广泛分子改变。
24. Single-cell multiomics reveals persistence of HIV-1 in expanded cytotoxic T cell clones.
2022-03-22; Immunity; IF: 31.745; DOI: 10.1016/j.immuni.2022.03.004
内容概要：使用单细胞ECCITE-seq（在同一个单细胞内捕获表面蛋白表达、细胞转录组、HIV-1 RNA和TCR序列），跟踪6个HIV-1感染者（病毒血症期间和抑制性抗逆转录病毒治疗后）和2个未感染者。在未受刺激的条件下以及在巨细胞病毒（cytomegalovirus，CMV）和HIV-1抗原刺激后，分析CD4+ T细胞的免疫应答，检测T细胞克隆和HIV-1 RNA+细胞的转录表达、免疫调节因子和T细胞克隆扩增动力学；鉴定了HIV-1诱导的免疫功能障碍、CD4+T细胞对抗原刺激的反应、HIV-1 RNA+T细胞克隆克隆扩增的驱动因素，确认了在HIV-1重新激活和T细胞激活后，防止细胞死亡的生存程序。
25. Mapping the single-cell transcriptomic response of murine diabetic kidney disease to therapies.
2022-06-10; Cell Metabolism; IF: 27.287; DOI: 10.1016/j.cmet.2022.05.010
内容概要：利用糖尿病肾病（diabetic kidney disease，DKD）小鼠模型，比较在两个时间点（2 d、2周）DKD小鼠对五种治疗方案[载体、血管紧张素转换酶抑制剂（ACEi）、罗格列酮、SGLT2i TA-1887、ACEi+罗格列酮、ACEi+SGLT2i）的反应，从包含近100万个细胞的所有组中生成了snRNA-seq数据集；分析发现，不同的药物影响的细胞类型显著不同，其中联合治疗的效果最大，但这些效果也基本上不重叠，强调了DKD小鼠的细胞复杂性；支持临床发展联合药物治疗。
26. Single-cell transcriptional profiling of human carotid plaques reveals a subpopulation of endothelial cells associated with stroke incidences.
2022-06-08; Journal of Cellular and Molecular Medicine; IF: 5.310; DOI: 10.1111/jcmm.17354
内容概要：整合来自有症状和无症状的人类颈动脉斑块的scRNA-seq数据，确定了斑块中存在的8种细胞类型；对内皮细胞（endothelial cells，EC）进一步分析，鉴定到具有独特基因特征的3个不同的EC亚群（EC1、EC2、EC3），分别与抗原处理和呈递、细胞粘附和平滑肌细胞增殖有关。
差异表达基因分析显示，与有症状的斑块相比，在无症状的斑块中EC2亚群参与细胞粘附的基因表达上调。在稳定和非斑块内出血的斑块中，细胞粘附的生物学功能上调，涉及细胞粘附的交叉基因AOC3可能通过ITGA6受到PI3KAkt信号通路的调控，在斑块出血和斑块稳定性中发挥重要作用；提示靶向细胞粘附和特异基因可能为预防无症状患者中风提供潜在的新的治疗方向。
27. Spatial transcriptomics identifies enriched gene expression and cell types in human liver fibrosis.
2022-06-20; Hepatology Communications; IF: 5.073; DOI: 10.1002/hep4.2001
内容概要：全组织空间转录组结合scRNA-seq和基因反卷积分析用于终末期肝病患者（共8例; 原发性硬化性胆管炎4例，原发性胆管炎2例，酒精相关性肝病2例）肝硬化外植体中细胞类型的定位。检测到通过空间转录组分析确定的纤维化区域中，间充质细胞、单核细胞、B细胞和T细胞谱系的总频率较肝实质高2.5倍以上，这些亚群可能在肝硬化进展过程中限制或加重肝纤维化发挥作用；证明了空间转录组与其他RNA测序方法相结合，可以优化基因内容（gene content）和细胞谱系的定位。
07
时空技术
Spatio-Temporal Technology
28. High-throughput total RNA sequencing in single cells using VASA-seq.
2022-06-27; Nature Biotechnology; IF: 54.908; DOI: 10.1038/s41587-022-01361-8
内容概要：开发了“vast tranome analysis of single cells by dA-tailing”技术——VASA-seq，该技术可以在基于平板和液滴微流控的scRNA-seq中捕获非聚腺苷化和聚腺苷化的转录组。其在可扩展性、敏感性、基因组覆盖率和lncRNA检测方面均优于Smart-seq-total，是一种能够对单细胞的全长转录组进行测序的新技术。该研究将 VASA-seq应用于检测小鼠胚胎植入后的不同发育阶段（E6.5、E7.5、E8.5 和 E9.5）中，获得33,662个单细胞，扩展和改进了当前的小鼠发育图谱，揭示了传统依赖于条形码寡核苷酸引物与poly（A） 序列杂交的转录组技术无法获取的生物信息。
29. Molecular profiling of enteric nervous system cell lineages.
2022-06-08; Nature Protocols; IF: 17.021; DOI: 10.1038/s41596-022-00697-4
内容概要：肠神经系统（enteric nervous system，ENS）是由肠壁固有的肠神经元和神经胶质细胞组成的广泛网络，负责调节肠道生理的方方面面。此研究介绍了一种使用腺相关病毒介导的基因转移、荧光分析分离标记核、RNA纯化和核RNA测序的成年小鼠肠神经细胞核的分步方案，且也适用于成年斑马鱼肠道。然后，描述了一种可视化和量化肌间神经节中RNA的方法：颗粒核信号的空间整合（Spatial Integration of Granular Nuclear Signals，SIGNS），按照该方案，需要大约3 d生成RNA并创建用于核RNA测序的cDNA文库，大约4 d完成ENS组织的高分辨率RNA表达分析。
08
生信工具
Bioinformatics Tools
30. CellDART: cell type inference by domain adaptation of single-cell and spatial transcriptomic data.
2022-06-10; Nucleic Acids Research; IF: 16.971; DOI: 10.1093/nar/gkac084
内容概要：开发了一个分析方法——CellDART，针对对空间转录组数据，利用改进的对抗性区分模块自适应（adversarial discriminative domain adaptation，ADDA）算法来推断细胞组成，将CellDART应用于老鼠大脑和人类背外侧前额叶皮层组织，以识别具有层特异性空间分布的细胞类型，结果显示，与其他计算方法（Scanorama 、Cell2location、RCTD、SPOT-light等）相比，该方法在预测兴奋性神经元的空间位置方面具有更短的执行时间和更稳定、更高的准确性。
扫码查文献
扫描下方二维码，查阅2022年6月追踪到的193篇文献吧！
扫码查文献↑
PubMed追踪检索策略如下：
1. 空间转录组: (transcriptom*[Title/Abstract]) AND (spatial[Title/Abstract])；
单细胞转录组: (transcri*[Title/Abstract]) AND (single cell[Title/Abstract])。
2. 人工去重和确认。
*文献追踪联合国家基因库大数据平台确认完成。
推荐阅读
联系我们
对时空组学或单细胞组学整体解决方案感兴趣的老师，可选择以下方式和我们联系，我们将及时为您进行详细的介绍：
1. 在公众号留言；
2. 发送信息至邮箱：
collaboration@stereomics.com；
3. “阅读原文”，了解更多。
让我知道你“在看”