时空月速览 | 219篇文章，追踪发育/结构/机理/疾病研究（2022年8月）

针对单细胞、空间组在生命科学领域的应用，我们通过检索PubMed数据库，共追踪到2022年8月1日-31日期间发表的219篇文章（包括article、review等；IF＞5），按照八大范畴分类梳理的研究构成见下表，并按影响因子排名和广谱性遴选了30篇进行速览解读，供大家参考。

文末扫描二维码，即可获取全部219篇含研究物种、组织/器官和疾病信息的文献清单。

01

综述

Review

1. discovAIR项目：人类肺细胞图谱

The discovAIR project: a roadmap towards the Human Lung Cell Atlas

2022-08-18; The European Respiratory Journal; IF: 33.795; DOI: 10.1183/13993003.02057-2021

内容概要：该综述展示了disvAIR项目在构建人类肺细胞图谱（the Human Lung Cell Atlas from HCA-Lung）中的贡献。人类肺细胞图谱中，将在scRNA-seq数据集中观察到的细胞异质性映射到肺组织结构上，以鉴定肺部疾病（如哮喘、慢性阻塞性肺疾病、肺动脉高压、COVID-19，以及间质性肺疾病等）中分子细胞表型的变化及其相互作用，有助于识别肺部疾病的精确诊断和治疗干预，促进再生和精准医学的发展。

2. 植物中生物合成通路发现的整合组学方法

Integrative omics approaches for biosynthetic pathway discovery in plants

2022-08-23; Natural Product Reports; IF: 15.111; DOI: 10.1039/d2np00032f

内容概要：回顾了利用单一组学（基因组学、转录组学和代谢组学）技术在发现植物生物合成通路方面取得的进展，以及近期在组学整合方面取得的成果。强调了转录组学和代谢组学如何提供互补的信息来连接基因和代谢物，例如，将时间和空间上的基因表达水平与样本中的代谢物丰度水平联系起来；将酶的质谱特征与酶的家族进行匹配。此外，指出利用时间序列数据阐明基因调控网络，可能有助于揭示基于调控相互作用和事件的生物合成通路成分的复杂性。

3.  样本多路单细胞测序方法

Sample-multiplexing approaches for single-cell sequencing

2022-08-05; Cellular and Molecular Life Sciences; IF: 9.207; DOI: 10.1007/s00018-022-04482-0

内容概要：介绍了在转录组学、表观基因组学、基因组学和多组学中的样本多路scRNA-seq方法，并讨论了其他样本多路复用方法，如scATAC-seq、单细胞全基因组测序（scWGS）、单细胞DNA甲基化分析、单细胞高通量染色体构象捕获（single-cell high-throughput chromosome conformation capture, scHi-C）和单细胞多组学（scMulti-omics）。最后，提供了这些样本多路单细胞测序方法的选择指南和应用模型。

02

时空技术

Spatial Temporal Technology

4.小鼠和人体组织中染色质可及性的空间图谱分析

Spatial profiling of chromatin accessibility in mouse and human tissues

2022-08-17; Nature; IF: 69.504; DOI: 10.1038/s41586-022-05094-1

内容概要：描述了下一代测序的方法：Spatial-ATAC-seq，通过结合原位Tn5转位化学和微流体确定性条形码（microfuidic deterministic barcoding）来进行组织切片的空间染色质可及性分析。利用spatial-ATAC-seq分析小鼠胚胎，以及人的扁桃体和海马体组织，绘制了小鼠组织区域特异性的表观遗传景观，并确定了参与中枢神经系统发育的基因调控因子，同时也揭示了人类空间不同组织中与淋巴滤泡和滤泡外区域相关的免疫细胞类型及状态。

5. 人类iPSC衍生小胶质细胞中的CRISPRi/a筛选平台揭示疾病状态的调节因子

A CRISPRi/a platform in human iPSC-derived microglia uncovers regulators of disease states

2022-08-11; Nature Neuroscience; IF: 28.771; DOI: 10.1038/s41593-022-01131-4

内容概要：小胶质细胞正在成为神经疾病的关键驱动因素。该研究描述了一个在人类诱导的多能干细胞（induced pluripotent stem cell，iPSC）来源的小胶质细胞中，进行大规模、多模式CRISPRi/a的基因筛选平台，可以系统地揭示小胶质细胞存活、激活和吞噬作用的调节因子，包括神经退行性病变相关基因，使其功能表征和靶向治疗成为可能。

6. 肾脏修复过程中细胞类型特异性代谢动力学分析

Analyzing cell-type-specific dynamics of metabolism in kidney repair

2022-08-25; Nature Metabolism; IF: 13.511; DOI: 10.1038/s42255-022-00615-8

内容概要：利用基质辅助激光解吸/电离质谱成像（matrix-assisted laser desorp tion/ionization mass spectrometry imaging, MALDI-MSI）结合同位素示踪，提出了一种先进的高空间分辨率代谢组学方法。这种方法允许在一个复杂的异质性组织结构（如肾脏）的背景下，绘制中心碳代谢的细胞类型特异性的动态变化。结合多路免疫荧光染色，该方法可以检测目标细胞类型的代谢变化和营养分配，这在双侧肾缺血-再灌注损伤（bilateral renal ischemia–reperfusion injury, bIRI）实验模型中得到了证实。

03

生信工具

Bioinformatics Tools

7.  Sprod：基于位置和图像信息对空间转录组数据去噪

Sprod for de-noising spatially resolved transcriptomics data based on position and image information

2022-08-04; Nature Methods; IF: 47.990; DOI: 10.1038/s41592-022-01560-w

内容概要：开发了基于匹配位置和成像数据的潜图学习（latent graph learning）的Sprod（spatial profiling de-noising），以估算准确的SRT（spatially resolved transcriptomics）基因表达，并通过对各种SRT数据集的测试，全面验证了Sprod的准确性和稳定性，证明了其在去除scRNA-seq数据中drop-outs的优越性。

8. BASS：多尺度和多样本分析在空间转录组学研究中实现了准确的细胞聚类和空间域检测

BASS: multi-scale and multi-sample analysis enables accurate cell type clustering and spatial domain detection in spatial transcriptomic studies

2022-08-04; Genome Biology; IF: 17.906; DOI: 10.1186/s13059-022-02734-7

内容概要：提出了一种可以对单细胞分辨率空间转录组学进行多尺度和多样本分析的计算方法：BASS（Bayesian Analytics for Spatial Segmentation）。该方法在单细胞尺度上进行细胞类型聚类，在组织区域尺度上进行空间域检测，这两项任务在贝叶斯层次建模框架内同时进行。此外，BASS还能够进行多样本分析，联合建模多个组织切片/样本，促进了组织样本间空间转录组数据的整合。

04

生命发育

Life Development

9. 单细胞分析揭示斑马鱼早期胸腺祖细胞和前B细胞

Single-cell analyses reveal early thymic progenitors and pre-B cells in zebrafish

2022-08-08; The Journal of Experimental Medicine; IF: 17.579; DOI: 10.1084/jem.20220038

内容概要：采用scRNA-seq分析来自斑马鱼初级淋巴器官、胸腺和肾髓的70,000个细胞，绘制了斑马鱼免疫细胞发育的高分辨率基因表达图谱，发现了幼年和成年斑马鱼胸腺中丰富的细胞多样性，阐明了B细胞和T细胞的发育轨迹，以及造血干细胞和祖细胞、早期胸腺祖细胞亚群的转录特征。同时，在斑马鱼中鉴定到2种树突状细胞群：1型树突状细胞和浆细胞样树突状细胞，并证实存在前B细胞状态。

10. 食蟹猴胚层发生过程中高精度解剖图谱和时空转录组图谱

Spatial molecular anatomy of germ layers in the gastrulating cynomolgus monkey embryo

2022-08-30; Cell Reports; IF: 9.995; DOI: 10.1016/j.celrep.2022.111285

内容概要：首次构建了食蟹猴原肠运动时期高精度的解剖图谱，并建立了连续五个发育时期（E17、E18、E19、E20、E21）的3D胚胎模型，同时采用Geo-seq空间转录组技术构建了其中两个重要食蟹猴原肠发育时期（E18和E20）的空间转录组图谱，揭示了食蟹猴在胚层发生过程中的关键调控网络。此外，跨物种比较分析，揭示了小鼠、食蟹猴、人在原肠运动时期的物种特异性转录调控网络。

05

生命机理

Life Mechanism

11. 转录因子TCF-1和GATA3是早期先天性淋巴祖细胞向不同细胞命运表观遗传启动的关键因子

Transcription factors TCF-1 and GATA3 are key factors for the epigenetic priming of early innate lymphoid progenitors toward distinct cell fates

2022-07-25; Immunity; IF: 43.474; DOI: 10.1016/j.immuni.2022.06.019

内容概要：先天淋巴样细胞（innate lymphoid cells，ILCs）从造血干细胞中发生的分化需要经历几个多能祖细胞阶段。该研究描述了在所有淋巴祖细胞（all lymphoid progenitors，ALPs）、早期先天淋巴细胞祖细胞（early innate lymphoid

progenitors, EILPs）和ILC前体（ILC precursors，ILCPs）中识别的不同的可及染色质区域，发现TCF-1和GATA3在EILP阶段对谱系定义位点（lineage-defifining sites，LDS）的表观遗传启动是不可或缺的，表明淋巴祖细胞的多能性是由在表观遗传上引发了不同的下游谱系的异质细胞群定义的，而这些谱系由关键转录因子调控。

12. 时空NF-κB动态编码局部免疫输入的位置、振幅和持续时间

Spatiotemporal NF-κB dynamics encodes the position, amplitude, and duration of local immune inputs

2022-08-31; Science Advances; IF: 14.957; DOI：10.1126/sciadv.abn6240

内容概要：利用一个模拟感染后炎症信号传递条件的微流控共培养系统和数学模型，研究信号发送细胞（巨噬细胞）和信号接收细胞（成纤维细胞）共培养的NF-κB动态，发现信号传导范围和持续时间是高度可变的，并严格依赖于巨噬细胞产生细胞因子的速率，而且NF-κB网络可以同时测量细胞因子信号的剂量、持续时间和距离。空间转录组分析显示，响应细胞将局部细胞因子信息传递给距离特异性的促炎基因表达模式，从而创建“基因表达区”。

13. Ets21C在果蝇成虫盘的芽基细胞中维持着一个促再生转录程序

Ets21C sustains a pro-regenerative transcriptional program in blastema cells of Drosophila imaginal discs

2022-07-11; Current Biology; IF: 10.900; DOI: 10.1016/j.cub.2022.06.040

内容概要：在组织损伤后，果蝇成虫结构的幼虫前体——成虫盘，可以通过损伤邻近组织的局部增殖来再生缺失部分。该研究使用scRNA-seq表征果蝇成虫盘芽基内未被识别到的细胞异质性，发现这些细胞在转录因子Ets21C的调控下分泌多个促再生因子，并发现Ets21C对果蝇发育生长和组织再生是不可或缺的。此外，在果蝇scribble肿瘤盘（tumorous discs）中，鉴定出类似于芽基再生细胞群（Blastema1、 Blastema2）的细胞，表明再生和肿瘤发生之间有相似之处。

14. 空间蛋白质组学揭示产生抗体的CHO细胞和浆细胞来源的细胞之间的细胞结构差异

Spatial proteomics reveals differences in the cellular architecture of antibody-producing CHO and plasma cell-derived cells

2022-08-05; Molecular & Cellular Proteomics; IF: 5.911; DOI: 10.1016/j.mcpro.2022.100278

内容概要：通过同位素标记-差异离心（LOPIT-DC）方法定位细胞器蛋白，比较分析产生抗体的中国仓鼠卵巢（Chinese hamster ovary，CHO）细胞系和浆细胞来源的（plasma cell-derived，PCD）小鼠细胞系（Merwin浆细胞肿瘤-11，MPC-11）中的蛋白质亚细胞分布，发现与囊泡介导的转运、转录和翻译相关的蛋白质在细胞内存在差异定位，这可能会影响两种细胞系中的抗体产生。此外，将亚细胞定位数据与蛋白表达数据比对，发现PCD MPC-11细胞分泌通路中细胞器（内质网、高尔基体、质膜）的蛋白质量升高。

06

脑及神经科学（非疾病）

Brain and Neuroscience 

(non-disease)

15. 新皮层锥体神经元亚型多样性控制小胶质细胞状态

Pyramidal neuron subtype diversity governs microglia states in the neocortex

2022-08-10; Nature; IF: 69.504; DOI: 10.1038/s41586-022-05056-7

内容概要：小胶质细胞是脑中特化的巨噬细胞，以多种转录状态存在，并存在于广泛的神经元环境中。该研究通过单细胞（scRNA-seq和snRNA-seq）和空间转录组分析，发现新皮层内小胶质细胞的状态及其分布是由附近的特定亚型的投射神经元（projection neurons，PNs）所决定，并且这种神经元-小胶质细胞之间的沟通是由双向配体-受体相互作用介导的。

16. 人类前额叶皮层的神经肽景观

The neuropeptide landscape of human prefrontal cortex

2022-08-10; Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America; IF: 12.779; DOI: 10.1073/pnas.2123146119

内容概要：人类前额叶皮层（human prefrontal cortex，hPFC）是一个复杂的大脑区域，涉及认知和情绪过程，以及多种精神疾病。而神经肽系统包括最多样化的神经递质家族。该研究通过显微解剖和基于RNA测序、RNAscope方法，并结合已发表的单细胞转录组数据，概述了hPFC的17个亚区域和3个参考皮质区域（额叶、顶叶和颞叶皮层）中神经肽系统分布情况，认为神经肽系统可能在hPFC中发挥重要作用，并支持神经肽信号有助于稳定电路连接和微调/调控在健康和疾病期间执行的PFC功能的概念。

07

疾病病理

Disease Pathology

脑及神经科学

17. 胶质母细胞瘤“劫持”脑侵袭的神经机制

Glioblastoma hijacks neuronal mechanisms for brain invasion

2022-07-31; Cell; IF: 66.850; DOI: 10.1016/j.cell.2022.06.054

内容概要：该研究证明了全脑定植是由胶质母细胞瘤细胞驱动的，这些细胞缺乏与其他肿瘤细胞和星形胶质细胞的连接，但却接收神经元的突触输入。在小鼠模型和人类疾病中，该细胞亚群对应于由单细胞转录组学定义的神经元和神经祖细胞样肿瘤细胞状态。肿瘤细胞的侵袭类似于神经元的迁移机制，并采用了Lévy样运动模式探测环境。神经元活性诱导胶质母细胞瘤细胞中复杂的钙信号，随后重新形成肿瘤维管并增加侵袭速度。

18. 帕金森病患者和帕金森病小鼠模型中的原发性纤毛和SHH信号损伤

Primary cilia and SHH signaling impairments in human and mouse models of Parkinson's disease

2022-08-16; Nature communications; IF:17.694; DOI: 10.1038/s41467-022-32229-9

内容概要：利用multiplexed单细胞转录组技术，分析了来自散发性帕金森病（sporadic Parkinson’s disease，sPD）患者的人类神经元前体细胞（human neural precursor cells，hNPCs），发现在这些hiPSC衍生的hNPCs和神经元中原发性纤毛（primary cilia，PC）缩短了，且在pink1缺陷的人细胞和小鼠家族性PD模型中检测到了PC的缩短。此外，在sPD模型中，PC的缩短伴随着Sonic Hedgehog（SHH）信号传导的增加，而抑制SHH通路可挽救PC形态的改变和线粒体功能障碍，提示PC信号通路特别是SHH信号通路的功能障碍是PD发展的分子通路。

19. 人字缝早闭中BMP信号通路的新生突变

De novo mutations in the BMP signaling pathway in lambdoid craniosynostosis

2022-08-23; Human Genetics; IF: 5.881; DOI: 10.1007/s00439-022-02477-2

内容概要：人字缝早闭（craniosynostosis，CS）是一种由顶骨和枕骨之间的颅缝线过早融合引起的先天性异常。该研究对25个家族的外显子组测序（包括18例患有散发性人字缝CS的父母-子代的trios模式），发现明显过量的破坏性（主要是错义）新生突变，占散发性病例的40%。这些突变聚集在BMP信号级联中，包括编码BMP受体（ACVRL1和ACVR2A）、转录因子（SOX11、FOXO1）和转录共抑制因子（IFRD1）的基因突变，且都与其他形式的CS无关。应用scRNA-seq分析小鼠人字缝，发现成骨细胞前体突变的富集，表明人字缝CS中骨祖细胞增殖和分化之间平衡的扰动。

癌症科学

20. 慢性淋巴细胞白血病Richter转化的早期检测

Detection of early seeding of Richter transformation in chronic lymphocytic leukemia

2022-08-11; Nature Medicine; IF: 87.241; DOI: 10.1038/s41591-022-01927-8

内容概要：Richter转化（Richter transformation，RT）是慢性淋巴细胞白血病（chronic lymphocytic leukemia，CLL）发展为一种极具有侵袭性的大B细胞淋巴瘤的典型演变，预后不佳。该研究对19例发生RT的CLL患者的全基因组、表观基因组和转录组进行了表征，并结合单细胞DNA/RNA测序分析和功能实验，亚克隆的早期“播种”（early seeding）推动了癌症进化的晚期，并揭示了放疗的潜在治疗靶点。

21. 不同肿瘤中癌细胞状态的复发及其与微环境特异性的相互作用

Cancer cell states recur across tumor types and form specific interactions with the tumor microenvironment

2022-08-05; Nature Genetics; IF: 41.370; DOI: 10.1038/s41588-022-01141-9

内容概要：采用泛癌scRNA-seq分析来自62个未经治疗的原发性肿瘤的19,942个恶性细胞（15种癌症类型），确定了16个基因模块，其表达定义了复发性癌细胞状态，包括“应激”（stress）、“干扰素反应”（interferon response）、“上皮-间充质转化”（epithelial-mesenchymal transition）、“金属反应”（metal response）、“基础”（basal）和“纤毛化”（ciliated）。空间转录组分析将癌细胞中的干扰素反应与肿瘤微环境中的T细胞、巨噬细胞联系起来。通过小鼠模型，进一步发现干扰素反应模块的诱导因肿瘤位置而异，并在淋巴细胞消除后减弱。

22. 首次在人膀胱内注射Pembrolizumab确定了对卡介苗无应答膀胱癌的免疫激活

First-in-human intravesical delivery of pembrolizumab identifies immune activation in bladder cancer unresponsive to bacillus Calmette-Guérin

2022-08-22; European Urology; IF: 24.267; DOI: 10.1016/j.eururo.2022.08.004

内容概要：静脉免疫检查点抑制是卡介苗（Calmette-Guérin，BCG）无应答性非肌肉浸润性膀胱癌（non-muscle-invasive bladder cancer，NMIBC）的有效抗癌策略。该研究在卡介苗诱导前2周开始，在NMIBC患者膀胱内注射Pembrolizumab（1~5mg/kg，持续2 h），直到复发，分析治疗期间患者的尿液，并对治疗前、后的肿瘤组织进行空间转录组分析，证明了膀胱内注射Pembrolizumab是安全、可行的，并且能够在临床环境中引起强烈的免疫应答。

23. 综合多组学揭示基底细胞癌侵袭性生态位的细胞和分子相互作用

Integrated multi-omics reveals cellular and molecular interactions governing the invasive niche of basal cell carcinoma

2022-08-20; Nature Communications; IF: 17.694; DOI: 10.1038/s41467-022-32670-w

内容概要：该研究整合了来自浸润性基底细胞癌（basal cell carcinomas，BCCs）的scRNA-seq转录组与来自BCC肿瘤及邻近间质区域的空间转录组数据，确定了leading edge生态位的空间转录重编程，其中具有集体迁移特征的肿瘤细胞与细胞外基质（extracellular matrix，ECM）重构的成纤维细胞共定位，揭示了激活素A（Activin A）是一种旁分泌作用因子，调控转录串扰和入侵生态位的空间组织。

24. 衰老后的转化细胞较转化的非衰老细胞产生更严重的肿瘤表型

Transformed cells after senescence give rise to more severe tumor phenotypes than transformed non-senescent cells

2022-08-01; Cancer Letters; IF: 9.756; DOI: 10.1016/j.canlet.2022.215850

内容概要：在肿瘤形成过程中，根据癌基因获得和/或抑癌基因丢失的事件顺序，癌细胞可能从衰老细胞中出现。该研究使用小鼠胚胎成纤维细胞模拟细胞转化，发现与未衰老的细胞相比，衰老后的转化细胞更具有侵袭性的致瘤特征、更大的迁移能力，以及更高的耐药性。Bulk RNA-seq和scRNA-seq分析确定了衰老后的转化细胞的分子特征，这与一些人类癌症较差的患者预后相关。

25. 单细胞和空间转录组揭示乳腺癌转移性腋窝淋巴结的细胞异质性和免疫环境改变

Single-cell and spatial transcriptome analyses revealed cell heterogeneity and immune environment alternations in metastatic axillary lymph nodes in breast cancer

2022-08-30; Cancer Immunology, Immunotherapy; IF: 6.630; DOI: 10.1007/s00262-022-03278-2

内容概要：结合单细胞、VDJ测序和空间转录组技术，分析8例乳腺癌患者的肿瘤和邻近正常组织，以及腋窝淋巴结（axillar lymph nodes，LNs）、外周血单核细胞（peripheral blood mononuclear cells，PBMCs），揭示了微环境和宏观环境的细胞结构，以及不同细胞在相关环境中的分化和它们的预后能力，并显示了细胞与空间信息相互作用的景观。

其他疾病

26. 流感相关或COVID-19相关肺曲霉菌病中的肺上皮细胞和髓系先天免疫：一项观察性研究

Lung epithelial and myeloid innate immunity in influenza-associated or COVID-19-associated pulmonary aspergillosis: an observational study

2022-08-24; The Lancet. Respiratory Medicine; IF: 102.642; DOI: 10.1016/S2213-2600(22)00259-4

内容概要：通过基因表达和细胞因子分析、RNAscope和空间转录组学技术对患有或不患有曲霉菌病的重症流感或COVID-19患者的下呼吸道样本进行分析，揭示流感相关性肺曲霉菌病（Influenza-associated pulmonary aspergillosis，IAPA）和 COVID-19相关的肺曲霉菌病（COVID-19-associated pulmonary aspergillosis，CAPA）的发病机制，并重点关注非上皮细胞和髓系先天免疫系统，发现IAPA和CAPA的抗真菌免疫存在三个水平的破坏，影响了上皮屏障的完整性、吞噬和杀死曲霉孢子的能力，以及破坏曲霉菌丝的能力，这主要是由中性粒细胞介导的。

27. 人类心肌梗死的空间多组学图谱

Spatial multi-omic map of human myocardial infarction

2022-08-10; Nature; IF: 69.504; DOI: 10.1038/s41586-022-05060-x

内容概要：心肌梗死是全球人类死亡的主要原因。该研究结合单细胞基因表达（snRNA-seq）、染色质可及性（snATAC-seq）和空间转录组，研究来自23个供体的31个心脏组织样本，包括4个非移植供体心脏（对照），以及来自急性心肌梗死患者的坏死区（缺血区和边界区）和未受影响的左心室心肌（偏远区）组织的样本，共获得了191,795个核的snRNA-seq数据，平均每个核2,020个基因，以及46,086个核的snATAC-seq数据，平均每个核28,066个片段，空间转录组数据集共包含91,517个spot（平均每个样本3,389个spot，每个spot 2,001个基因），并评估了心脏细胞类型的组成，绘制了心肌梗死后早期和晚期人类心脏的全面“地图”。

28. 内毒素血症中肝细胞转录改变驱动巨噬细胞募集和T细胞抑制

Transcriptional switch of hepatocytes initiates macrophage recruitment and T-cell suppression in endotoxemia

2022-03-08; Journal of Hepatology; IF: 30.083; DOI: 10.1016/j.jhep.2022.02.028

内容概要：采用scRNA-seq对来自健康和内毒性小鼠的19,795个单个肝细胞进行转录组分析，并通过多重免疫荧光染色、bulk RNA-seq和流式细胞术验证了肝细胞和非实质细胞类型的时空变化，在小鼠的3个不同阶段（给予脂多糖后0、3、12 h）确定了肝细胞响应“双重打击”（double-hit）内毒素血症模型的细胞景观，发现肝细胞响应内毒素血症的表型转变，在募集循环单核细胞以建立募集的巨噬细胞群和抑制T淋巴细胞方面起核心作用。

29. 干细胞样肿瘤细胞表达的中间因子驱动mTOR抑制和免疫抑制微环境的持久性

Midkine expression by stem-like tumor cells drives persistence to mTOR inhibition and an immune-suppressive microenvironment

2022-08-26; Nature Communications; IF: 17.694; DOI: 10.1038/s41467-022-32673-7

内容概要：血管性肌脂肪瘤（angiomyolipoma，AML）和淋巴管平滑肌瘤病（lymphangioleiomyomatosis，LAM）是结节性硬化症（tuberous sclerosis complex，TSC）常见的相关表现，它们可分别导致肾功能不全和肺功能不全。mTORC1在至少一半的人类恶性肿瘤中过度活跃，并在肿瘤发生中发挥核心作用。该研究对5个LAM肺样本（42,202个细胞）、6个AML肺样本（108,071个细胞）和4个匹配的正常肾脏组织（33,136个细胞）进行scRNA-seq、配对scTCR-seq和空间转录组整合分析，绘制了mTORC1过度活跃的AML和LAM的肿瘤细胞和肿瘤微环境的全面图谱，揭示了具有mTORC1高活性的干细胞样状态肿瘤细胞利用自分泌雷帕霉素抗性机制和旁分泌肿瘤存活机制通过免疫抑制，为TSC的精确免疫治疗提供了理论依据。

30. 空间分辨去卷积解析肺纤维化中的纤维化生态位

Spatially resolved deconvolution of the fibrotic niche in lung fibrosis

2022-08-16; Cell Reports; IF: 9.995; DOI: 10.1016/j.celrep.2022.111230

内容概要：使用数字空间分析（digital spatial profiling，DSP）技术研究人特发性肺纤维变性（Idiopathic pulmonary fibrosis，IPF）肺组织中的空间基因表达，识别出不同的、区域特异性的基因表达特征以及共享的基因特征，揭示了纤维化生态位中稳态和病理细胞群的变化，并通过生物信息学、组织和体外分析证实了该发现，确认了肺泡上皮细胞中NFKBIZ（NFKB inhibitor zeta）的缺失会导致TGFb/IL-6信号轴的失调，这可能会损害疾病早期对环境应激的稳态反应。

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*文献追踪由时空团队联合国家基因库大数据平台完成。

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