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招募 | 半年实现CNS大满贯,这个技术组合如何广泛地应用到植物研究上?

华大时空 华大时空 2023-07-02



植物组织和器官由大量高度特化的不同细胞构成,每一种细胞类型都有特定的表型和功能,了解细胞的异质性对于理解植物的生长发育、特定分化机制等至关重要。时空组学技术的诞生,为植物生物学中的一系列关键问题打开了全新的视角。通过时空组学技术,可以深度解析邻近区域细胞通讯、浸润、互作情况,以及不同环境下细胞在空间上的耐药性、应激反应、抗胁迫等机制,从而揭示不同植物细胞的发育趋势和空间异质性。因此,时空组学技术在植物研究中发挥着至关重要的作用。


基于华大自主研发的时空组学技术和单细胞组学技术,短短半年内,相关科研成果已连续四次于Cell、NatureScience三大顶级学术期刊发表,实现CNS大满贯,其中有两篇刊登为当期封面(Science 封面!华大构建全球首个脑再生时空图谱 )。这两个核心工具的突破,让研究者得以用全新的视角观察生命,成为高水平文章发表的基石。


和动物组织相比,时空组学在植物相关领域的研究面临更大的挑战。植物细胞存在着细胞壁、液泡、叶绿体等与动物细胞迥异的结构,在冷冻包埋切片、透化等过程中需要解决更多的难题。


为了有效解决植物组织前处理的相关问题,提供更为精准、便捷、高效的技术,促进时空组学前沿工具在植物研究中的广泛应用,推动植物科研水平的整体提升和高质量成果产出,华大生命科学研究院特发起STOmics®科研计划支持第三季——“植物时空组学挑战赛”(第一季>>>临床转化研究青年科学家激励计划;第二季>>>水稻科研支持计划),参赛者通过提交植物组织前处理方案参加比赛,最终角逐出10个最佳解决方案,将获得时空组学STOmics®项目支持(包含测序和基础分析服务,或其他同等支持)。距离大赛报名截止还有最后7天,抓紧报名吧!



01

参赛范围


本大赛将支持科学家们利用前沿的时空组学技术开展植物研究,招募项目研究内容包括但不限于解决以下问题


🔹 针对不同组织(根、茎、花、叶、果等)或者部分组织的植物组织与细胞固定方法,冷冻包埋方案,以上方案不影响植物组织核酸完整性。

🔹 解决植物组织易产生冰晶,且易与OCT包埋剂分离,组织与细胞易破碎导致的形态不完整的问题;

🔹 解决植物组织冷冻切片与芯片贴合时存在贴合不紧密易脱片的问题;

🔹 解决组织体积小,同一包埋块中多个组织切面位置难以统一的问题;

🔹 解决组织松散,无法包埋,或包埋后组织形态无法维持的问题。


项目研究物种及组织类型包括但不限于以下内容:

物种

组织类型

玉米

种子

小麦

种子

愈伤组织 

水稻

花药

种子

拟南芥

胚胎

茎尖分生组织

愈伤组织

花苞

大豆

种子

愈伤组织

花苞


02

大赛流程


本次挑战赛分为两个阶段。


 第一阶段

请参赛者按照要求提交详细的项目信息表,完善项目研究物种、组织细胞结构、实验特殊试剂、步骤简要说明及初步实验结果等信息(限冷冻切片),综合参赛资料完整性、参赛组织细胞结构完整性、实验创新性、技术相关性、组织处理难易程度等多个维度筛选出30个优秀项目进入第二阶段。

 第二阶段

组委会将通知入围者提供植物组织前处理详细protocol,并将冷冻切片组织样本邮寄给组委会,组委会将对实验结果进行复现。第二阶段将重点考察RNA完整性透化实验效果,根据复现实验结果,最终评选出10个获奖项目,提供时空组学STOmics®项目支持(包含测序和基础分析服务,或其他同等支持)。



03

参赛要求


 申请资格

目前在高校、研究院/所等单位任职或学习,从事相关工作的科研人员。

 保护及产权

组委会对申请者提供的方案进行严格保密,并对数据具有共享权,但不可用于文章发表及公开。合作方与华大共享时空数据,均有权完成自主分析。在隐去项目信息前提下,华大有权将自主分析结果用于对外展示(不公开原始数据)。对于入选项目会签署相关协议。



04

奖项设置


大赛评审委员会由植物领域行业专家及深圳华大生命科学研究院专家联合组成。通过系统性项目评审,围绕项目科学性、创新性、可行性等多个维度,最终评选出10个优秀项目,每个项目最多可获得由华大时空提供的4个免费时空转录组服务(1 cm*1 cm标准芯片),或其他同等支持。其中服务包括组织切片制备、文库构建、测序及基本数据分析。


此外,前3名的项目,经华大科学委员会审核通过后,针对项目组自身投入的资源,华大时空将额外进行最高1:1的资源匹配,助力项目开展。



05

关键节点


 申请时间

第一阶段

2022年8月18日-2022年9月30日

第二阶段

2022年10月1日-2022年10月31日

 结果公布

2022年11月10日

 查询方式

获奖名单将在“华大时空”微信公众号公布,同时主办方将通过电子邮件通知获奖者。



06

报名方式


倒计时7天,您可以通过扫描以下二维码提交相关材料,或者点击阅读原文提交申请材料。



(活动最终解释权归深圳华大生命科学研究院所有。)


系列导读

● ICG-17精彩回顾 | 时空组学如何广泛应用在动植物研究中?

● 专题解读 | scStereo-seq揭示拟南芥叶片表征区域特异性细胞和空间转录组变化

● 单细胞分辨率下的植物组织结构 | 时空简讯23期

 一作精讲 | 单细胞及时空组学在植物研究中的新方法


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联系我们


对时空组学或单细胞组学整体解决方案感兴趣的老师,可选择以下方式和我们联系,我们将及时为您进行详细的介绍:

1. 在公众号留言;

2. 发送信息至邮箱:

collaboration@stomics.tech;

3. “阅读原文”报名。




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