时空月速览 | 194篇文章，追踪发育/结构/机理/疾病研究前沿（2022年9月）
针对单细胞、空间组在生命科学领域的应用，我们通过检索PubMed数据库，共追踪到2022年9月1日-30日期间发表的194文章（包括article、review等；IF>5），按照八大范畴分类梳理的研究构成见下表，并按影响因子排名和广谱性遴选了30篇进行概要解读，供大家参考。
文末扫描二维码，即可获取全部194篇含研究物种、组织/器官和疾病信息的文献清单。
01
综述
Review
1. 肝巨噬细胞在健康和疾病中的作用
Liver macrophages in health and disease
2022-09-13; Immunity; IF: 43.474; DOI: 10.1016/j.immuni.2022.08.002
内容概要：讨论了目前已知的关于不同巨噬细胞群体的定义，可用于识别它们的标记物，以及是如何在肝脏内连接的，并详细概述了在健康和疾病小鼠、人类肝脏中不同肝巨噬细胞的功能特性。
2. 多组学肿瘤图谱的临床应用：重塑精准肿瘤治疗的未来
Clinical application of advanced multi-omics tumor profiling: Shaping precision oncology of the future
2022-09-01; Cancer Cell; IF: 38.585; DOI: 10.1016/j.ccell.2022.08.011
内容概要：总结了多组学技术用于肿瘤图谱解析的最新研究进展，并重点关注空间基因组和染色质构象、空间转录组和蛋白质组、液态活检和药物有效性评估的体外模型。此外，还分析了这些技术临床转化所处的阶段，并讨论了将其整合到肿瘤精准治疗中的未来前景。
3. 解码精子发生程序：来自转录组学分析的新见解
Decoding the spermatogenesis program: New insights from transcriptomic analyses
2022-09-07; Annual Review of Genetics; IF: 13.826; DOI: 10.1146/annurev-genet-080320-040045
内容概要：讨论了单细胞转录组分析如何解析控制生殖细胞发育的分子和细胞机制，以及从新生儿到成人的发育过程。此外，还探讨了跨器官和物种的比较如何更深入研究精子发生过程及其独特的转录特性，例如广泛的转录和全新基因的功能。
02
时空技术
Spatial Temporal Technology
4. 使用EEL FISH电泳捕获mRNA进行可扩展的原位单细胞分析
Scalable in situ single-cell profiling by electrophoretic capture of mRNA using EEL FISH
2022-09-22; Nature Biotechnology; IF: 68.164; DOI: 10.1038/s41587-022-01455-3
内容概要：开发了一种基于smFISH的名为增强电凝荧光原位杂交（Enhanced ELectric FISH, EEL FISH）的方法，它可以在不影响空间分辨率的情况下快速处理大型组织样本。将EEL应用于小鼠大脑的八个全矢状面切片，并测量多达440个基因的表达模式，以揭示复杂组织结构。
5. 免疫检查点封锁期间自体反应性napsin A特异性T细胞在肺肿瘤和炎症性肺病变中富集
Autoreactive napsin A-specific T cells are enriched in lung tumors and inflammatory lung lesions during immune checkpoint blockade
2022-09-02; Science Immunology; IF: 30.630; DOI: 10.1126/sciimmunol.abn9644
内容概要：提出并验证了DITAS（discovery of tumor-associated self-antigens），这是一种能够识别与癌症患者的免疫检查点封锁（immune checkpoint blockade, ICB）应答和免疫相关不良事件（immune-related adverse events, irAEs）有关的共有肿瘤和正常组织抗原的方法。应用DITAS成功识别了自身抗原，包括napsin A，这些抗原可能介导非小细胞肺癌（non-small cell lung cancer, NSCLC）中有效的抗肿瘤T细胞反应，并可能同时支持肺irAEs。
03
生信工具
Bioinformatics Tools
6. 空间转录组学中细胞类型特异性的差异表达推断
Cell type-specific inference of differential expression in spatial transcriptomics
2022-09-01; Nature Methods; IF: 47.990; DOI: 10.1038/s41592-022-01575-3
内容概要：介绍了一种统计方法：细胞类型特异性的差异表达推断（C-SIDE），它在空间转录组学中识别细胞类型特异性的差异表达，并考虑了其他细胞类型的定位。C-SIDE适用于病理、解剖区域、细胞间的相互作用和细胞微环境等多种情况下的差异表达推断，并支持跨多个/重复的统计推断。
7. 用图剪切法识别空间可变基因
Identification of spatially variable genes with graph cuts
2022-09-19; Nature Communications; IF: 17.694; DOI: 10.1038/s41467-022-33182-3
内容概要：提出了一种可扩展的的算法：单细胞图剪切优化（single-cell graph cuts optimization, scGCO）。该算法利用隐马尔可夫随机场（hidden Markov random fifield, HMRF），来识别用于识别空间可变（spatially variabl, SV）基因。与现有方法相比，scGCO具有较低的假阳性率和较高的特异性，同时在噪声存在下表现出更稳健的性能。
04
生命发育
Life Development
8. 完全胚胎干细胞来源的小鼠胚胎模型经历了神经元和心脏的发育过程
Mouse embryo model derived exclusively from embryonic stem cells undergoes neurulation and heart development
2022-09-08; Cell Stem Cell; IF: 25.269; DOI: 10.1016/j.stem.2022.08.013
内容概要：使用胚胎干细胞（embryonic stem cells, ESCs）建立了一个具有胚胎和胚胎外谱系的体外小鼠胚胎模型，并表明胚状体可以经历晚期发育到晚期头折叠阶段；scRNA-seq分析揭示了胚状体和自然小鼠胚胎之间的相似性，并显示了胚状体在何时何处偏离了自然程序。
05
生命结构
Life Structure
9. 多能干细胞模拟人类胚胎心脏多谱系发育图谱
Modeling human multi-lineage heart field development with pluripotent stem cells
2022-09-01; Cell Stem Cell; IF: 25.269; DOI: 10.1016/j.stem.2022.08.007
内容概要：该研究对不同条件下诱导的人多能干细胞（human pluripotent stem cells，hPSCs）衍生的中胚层、祖细胞和心肌细胞群体进行了全面的scRNA-seq分析，鉴定了不同的人类第一生心区（first heart field, FHF）、前第二心生区（anterior second heart field, aSHF）和后第二心生区（posterior second heart filed, pSHF）谱系，并显示出它们与小鼠中体内细胞的显著相似性，构建了一个全面的人类胚胎心脏多谱系发育图谱。
10. 应用数字空间分析技术在人类和小鼠组织中进行全转录组的空间解析
Spatially resolved whole transcriptome profiling in human and mouse tissue using Digital Spatial Profiling
2022-09-13; Genome Research; IF: 9.438; DOI: 10.1101/gr.276206.121
内容概要：基于数字空间分析（Digital Spatial Profiling，DSP），使用广泛的空间分析策略和样本类型分别分析了人类和小鼠组织中>99.5%和>98.2%的蛋白编码基因的表达，绘制了人类和小鼠组织的全转录组图谱（The Whole Transcriptome Atlases, WTAs）。并通过WTAs确定了人类肾脏组织结构中疾病特异性基因表达的异质性，全面绘制了发育中的小鼠胚胎中9个器官解剖亚结构中的转录程序。
06
生命机理
Life Mechanism
11. 绒猴胚胎在子宫内的早期原肠胚形成
Spatial profiling of early primate gastrulation in utero
2022-06-16; Nature; IF: 69.504; DOI: 10.1038/s41586-022-04953-1
内容概要：对子宫内发育和植入的绒猴（Callithrix jacchus）胚胎进行空间转录组分析，揭示了胚胎盘（embryonic disc，EmDisc）在早期原肠形成中的信号景观，追踪羊膜和原始条纹形成，并绘制了胚胎来源的干细胞和基于干细胞的胚胎模型的时空特征。
12. 人类克隆造血的单细胞多组学研究揭示DNMT3A R882突变通过选择性低甲基化扰乱了早期祖细胞状态
Single-cell multi-omics of human clonal hematopoiesis reveals that DNMT3A R882 mutations perturb early progenitor states through selective hypomethylation
2022-09-22; Immunity; IF: 41.307; DOI: 10.1038/s41588-022-01179-9
内容概要：利用单细胞多组学测序技术，从DNMT3A R882突变的克隆造血个体的干细胞和祖细胞中捕获了转录组和甲基化组的突变，这些突变重塑了细胞分化形态，并在肿瘤的初始发生阶段促进了克隆扩增。
13. 肝发育和再生过程中肝细胞-胆管细胞命运的动态决定
Dynamics of hepatocyte-cholangiocyte cell-fate decisions during liver development and regeneration
2022-09-16; iScience; IF: 6.107; DOI: 10.1016/j.isci.2022.104955
内容概要：确定了一个由c/EBPα、TGFBR2和SOX9组成的核心基因调控网络，参与肝细胞和胆管细胞之间的发育和再生细胞状态转换，并通过一个基于机制的数学模型阐明了该基因网络的动力学。
07
生命进化
Life Evolution
14. 由scRNA-seq分析辅助的长读长基因组组装揭示牦牛适应青藏高原极端环境的新机制
Long read genome assemblies complemented by single cell RNA-sequencing reveal genetic and cellular mechanisms underlying the adaptive evolution of yak
2022-09-06; Nature Communications; IF: 17.694; DOI: 10.1038/s41467-022-32164-9
内容概要：利用运用二代、三代测序技术，结合Hi-C互作图谱技术辅助基因组组装，分别构建了野牦牛和家牦牛高质量染色体水平参考基因组，并以此为基础，结合普通牛数据系统分析了与海拔适应相关的结构变体（structural variants，SVs）在牦牛基因组的分布特征，为牦牛适应性进化的遗传和细胞机制提供了新见解。
08
脑及神经科学（非疾病）
Brain and Neuroscience (non-disease)
15. 类器官中细胞类身份的正确获取定义出人类大脑皮层的命运特化程序
Proper acquisition of cell class identity in organoids allows definition of fate specification programs of the human cerebral cortex
2022-09-29; Cell; IF: 66.850; DOI: 10.1016/j.cell.2022.09.010
内容概要：通过一个全面的、多模态的包含人类皮层类器官发育的单细胞转录组、表观遗传和空间图谱证明，类器官的细胞多样化过程与内源性过程密切相关，与代谢状态无关，并确定了在谱系建立中预测的人类特异性作用的基因。
16. 绒猴中枢神经系统细胞核的转录组结构
Transcriptomic architecture of nuclei in the marmoset CNS
2022-09-21; Nature Communications; IF: 17.694; DOI: 10.1038/s41467-022-33140-z
内容概要：分析了来自健康普通狨猴中枢神经系统19种组织类型的约50万个核的转录组，并将87个亚群空间定位到3D MRI图谱上，全面绘制了狨猴横跨19种中枢神经系统区域的单细胞图谱。此外，通过比较跨物种和数据集的转录组相似性，广泛地研究了细胞的区域多样性，特别是关于灰质-白质分离。
09
疾病病理
Disease Pathology
脑及神经科学
17. 单细胞和空间转录组揭示布鲁氏锥虫感染期间大脑中的小胶质细胞-浆细胞的串扰
Single cell and spatial transcriptomic analyses reveal microglia-plasma cell crosstalk in the brain during Trypanosoma brucei infection
2022-09-30; Nature Communications; IF: 17.694; DOI: 10.1038/s41467-022-33542-z
内容概要：通过整合小鼠大脑的单细胞和空间转录组，发现感染触发的神经胶质反应很容易在心室周围器官附近检测到，包括侧脑室和第三脑室，这与布鲁氏锥虫的细长和短节形态的空间定位相一致。此外，在硅预测和功能验证中，发现了由IL-10和B细胞激活因子信号通路介导的稳态小胶质细胞和Cd138+浆细胞之间先前未知的串扰。
18. 原发性中枢神经系统淋巴瘤的肿瘤内异质性和T细胞衰竭
Intratumor heterogeneity and T cell exhaustion in primary CNS lymphoma
2022-09-24; Genome Medicine; IF: 15.266; DOI: 10.1186/s13073-022-01110-1
内容概要：对活检材料、血液和脑脊液（脑脊液）释放的原发性中枢神经系统淋巴瘤（primary central nervous system lymphoma, PCNSL）细胞进行了流式细胞术、scRNA-seq和B细胞受体测序，并对活检样本进行了空间转录组分析，发现PCNSL中的恶性B细胞表现出转录和空间肿瘤内异质性；T细胞耗竭在PCNSL微环境中很常见，且与恶性细胞共定位，凸显出个性化治疗的潜力。
19. 在神经退行性变中受DNA双链断裂的神经元通过抗病毒样信号刺激小胶质细胞激活
Neurons burdened by DNA double-strand breaks incite microglia activation through antiviral-like signaling in neurodegeneration
2022-09-28; Science Advances; IF: 14.957; DOI: 10.1126/sciadv.abo4662
内容概要：使用荧光激活核分选，以及单核、bulk和空间转录组技术分析CK-p25小鼠神经退行性变模型中携带DNA双链断裂（DNA double-strand breaks, DSBs）的神经元，揭示了DSBs激活神经元中的免疫通路，后者反过来采用与衰老相关的分泌表型来诱导小胶质细胞的激活。
20. 比较分析小鼠淀粉样蛋白β病理进展过程中斑块相关和斑块远端小胶质细胞的转录组重构
Comparative analysis of transcriptome remodeling in plaque-associated and plaque-distant microglia during amyloid-β pathology progression in mice
2022-09-24; Journal of Neuroinflammation; IF: 9.587; DOI: 10.1186/s12974-022-02581-0
内容概要：基于阿尔茨海默症（Alzheimer’s disease, AD）小鼠模型，结合激光捕获显微切割技术和RNA-seq研究在淀粉样蛋白-β病理进展过程中斑块相关（plaque-associated microglia, PAM）和斑块远端小胶质细胞（plaque-distant microglia，PCM）的功能作用，发现PAM可能对周围的细胞产生积极和消极的影响；PCM不是疾病进展的“旁观者”，可能参与淀粉样蛋白-β低聚物检测和斑块起始，随着疾病的进展，它们的贡献增加。
癌症科学
21. 难治性B细胞淋巴瘤对CAR-T治疗的不同细胞动力学响应
Distinct cellular dynamics associated with response to CAR-T therapy for refractory B cell lymphoma
2022-09-12; Nature Medicine; IF: 87.241; DOI: 10.1038/s41591-022-01959-0
内容概要：对32例进行阿基仑赛（axicabtagene ciloleucel, axi-cel）或司利弗明（tisagenlecleucel, tisa-cel）干预治疗大B细胞淋巴瘤患者的105个样本进行了scRNA-seq和单细胞TCR测序，发现tisa-cel干预是由稀有CD8+中央记忆样细胞群的扩增驱动的，而axi-cel干预引起多种细胞亚群变化。此外，在体内模型中检测到嵌合抗原受体（CAR）-T调节细胞（CAR-treg）升高，这些细胞群能够在CAR-T细胞治疗中抑制CAR-T细胞增殖并驱动肿瘤复发。
22. 黑色素瘤的细胞层次结构揭示其生长和转移机制
A cellular hierarchy in melanoma uncouples growth and metastasis
2022-09-21; Nature; IF: 69.504; DOI: 10.1038/s41586-022-05242-7
内容概要：利用同种异体黑色素瘤移植模型，结合scRNA-seq、谱系追踪和Stereo-seq等空间转录组技术，研究黑色素瘤细胞亚群的生长结构以及其所在位置的空间环境，提供了一张高分辨率的空间分辨率地图，绘制了黑色素瘤表型多样性和肿瘤生长的起源，鉴定出一群数量有限但能有效支持肿瘤生长的致瘤细胞群。
23. 乳酸增加CD8+ T细胞的干细胞特性以增强抗肿瘤免疫力
Lactate increases stemness of CD8+ T cells to augment anti-tumor immunity
2022-09-06; Nature Communications; IF: 17.694; DOI: 10.1038/s41467-022-32521-8
内容概要：利用乳酸治疗患有结肠癌或黑色素瘤的小鼠，结合scRNA-seq、流式细胞术等技术，乳酸可以增加肿瘤浸润CD8+T细胞数量，增强抗肿瘤免疫，这一发现有望被用于开发新的策略，从而增强癌症免疫疗法的抗肿瘤作用。
其他疾病
24.人类胰腺的3D染色质图揭示T2D风险的谱系特异性调控机制
3D chromatin maps of the human pancreas reveal lineage-specific regulatory architecture of T2D risk
2022-09-06; Cell Metabolism; IF: 31.373; DOI: 10.1016/j.cmet.2022.08.014
内容概要：使用scRNA-seq、scATAC-seq和高分辨率Hi-C（高通量染色体构象捕获技术）对人类胰腺腺泡、α细胞和β细胞进行转录组和3D表观基因组分析，在194个2型糖尿病GWAS信号的4,750个假定的因果变异-靶基因对，确定胰腺α细胞和腺泡细胞可能是2型糖尿病效应器的作用部位。
25. 心源性结节病的转录和免疫景观
Transcriptional and immune landscape of cardiac sarcoidosis
2022-09-16; Circulation Research; IF: 23.213; DOI: 10.1161/CIRCRESAHA.121.320449
内容概要：利用空间转录组技术（DSP）和snRNA-seq研究人心脏结节病的细胞类型和转录变化，鉴定了具有不同分子特征的不同免疫细胞群，这些细胞构成了结节样肉芽肿。
26. 多模态单细胞测序揭示糖尿病肾病进展中的染色质可及性和遗传背景
Multimodal single cell sequencing implicates chromatin accessibility and genetic background in diabetic kidney disease progression
2022-09-06; Nature Communications; IF: 17.694; DOI: 10.1038/s41467-022-32972-z
内容概要：结合snRNA-seq和snATAC-seq，对2型糖尿病患者和非2型糖尿病患者的肾皮质进行分析，发现糖尿病肾病导致糖皮质激素受体结合位点的染色质可及性降低，以及近端小管中损伤相关的表达特征。
27. 从HLA-b*27阳性脊椎关节炎患者中扩增的CD8+ T细胞克隆而产生的抗原特异性免疫反应
Antigen-specific immune reactions by expanded CD8+ T cell clones from HLA-B*27-positive patients with spondyloarthritis
2022-09-14; Journal of Autoimmunity; IF: 14.511; DOI: 10.1016/j.jaut.2022.102901
内容概要：利用单细胞TCR测序（scTCR-seq）和scRNA-seq分析HLA-B*27阳性脊椎关节炎（spondyloarthritis，SpA）患者和HLA-B*27阴性对照者滑膜液中CD8+ T细胞。scTCR-seq显示了匹配的TCR α-和β-链，并通过其TCR-链的高变序列检测到扩展的克隆型；scRNA-seq显示，在HLA-B*27阳性SpA患者和对照组之间，以及扩增克隆型和非扩增克隆型之间存在不同的表达模式。
28. 常驻巨噬细胞亚群在肾脏中占据不同的微环境
Resident macrophage subpopulations occupy distinct microenvironments in the kidney
2022-09-06; JCI Insight; IF: 9.484; DOI: 10.1172/jci.insight.161078
内容概要：结合scRNA-seq、空间转录组学、流式细胞术和免疫荧光成像，在双侧缺血性肾损伤前后的小鼠肾脏中鉴定、表征和定位了7个肾驻留巨噬细胞（kidney resident macrophages, KRMs）的主要亚群，KRMs亚群存在于肾脏内确定的特定区域。急性缺血性损伤后，特定区域内KRMs亚群的定位消失，损伤后28 d仍未完全恢复，这可能反映了慢性免疫失调。
29. SARS-CoV-2患者心脏组织中发现DNA损伤
Transcriptomic profiling of cardiac tissues from SARS-CoV-2 patients identifies DNA damage
2022-09-15; Immunology; IF: 7.215; DOI: 10.1111/imm.13577
内容概要：使用靶向空间转录组学方法研究了7例SARS-CoV-2、2例pH1N1和6例对照组患者快速尸检时收集的心脏组织，发现DNA损伤通路在COVID-19患者心脏组织中富集，而pH1N1在心脏组织中引起了更多的炎症反应。
10
（植物）生命发育
（Plant）Life Development
30. 兰花发育过程中器官发生的时空图谱
A spatiotemporal atlas of organogenesis in the development of orchid flowers
2022-09-12; Nucleic Acids Research; IF: 19.190; DOI: 10.1093/nar/gkac773
内容概要：应用空间转录组技术对兰科植物蝴蝶兰（Phalaenopsis Big Chili）三个总状花序组织样本（覆盖了花器官的大部分早期发育阶段）的矢状面进行分析，共检测到14,328个基因的表达，绘制了蝴蝶兰花器官早期发育的时空分子图谱，揭示了花器官起始和发育过程中基因调控的时空动态变化。
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*文献追踪由时空团队联合国家基因库大数据平台完成。
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