时空转录组FFPE产品方案，开拓时空病理研究全新维度

福尔马林固定石蜡包埋的组织样本（Formalin Fixed Paraffin Embedded，简称FFPE），因其易于长期稳定保存、且能够较好地维持组织形态便于在显微镜下检查和分析的特点，被广泛应用于病理学研究和临床诊断。此外，相较于新鲜冻存样本，对于含水量高的组织（如眼球、肝脏等）、易自溶的组织（如胰腺、皮肤等）及需要脱钙处理的组织（如骨骼、软骨等），FFPE样本表现出更优的稳定性。

随着空间组学技术的发展，FFPE样本的应用得到了进一步拓展，这为研究人员深入理解疾病空间异质性、揭示疾病分子机制、发现生物标志物、优化临床治疗策略等提供了全新视角。

FFPE样本开展时空组学研究的挑战与解决方案

尽管FFPE样本相较于新鲜冻存的保存方式具有一定优势，但在进行时空组学研究时，仍面临着一些挑战。

01

RNA完整性较低

在FFPE样本的制备过程中，固定和脱水步骤会对RNA分子造成一定程度的降解，这种降解效应随着样本保存时间的延长而加剧，导致样本中遗传信息的完整性受到影响。因此，传统的空间转录组分析方法，特别是依赖于Poly-T探针来捕获mRNA的技术，在面对FFPE样本时显得力不从心。研究者亟需新的技术方法探究FFPE样本的组学奥秘。

新鲜样本中RNA分子的Poly-A尾可被Poly-T探针捕获

FFPE样本中降解的RNA分子难以被Poly-T探针完整捕获

华大时空转录组FFPE产品方案，采用全新的“随机探针”设计，能有效捕获FFPE样本中的Total RNA分子，可检测RNA完整性较低的样本（DV200＞30%），显著提高了样本的适用性。

此外，对于DV200≤30%但无法重新取材的FFPE样本，该方案同样为科研人员带来了尝试的可能性。研究人员能够充分利用现有样本资源，最大限度地挖掘样本的科研价值。

02

目标组织切片筛选不易

时空组学实验中传统的组织切片筛选过程繁琐且耗时（尤其针对一些不适合寄送的珍贵样本），不利于科研人员高效筛选最有生物学意义的组织切片。

华大时空转录组FFPE产品方案，不局限于石蜡块样本，还将兼容FFPE蜡片和FFPE预贴片（贴在Stereo-seq 芯片N上）的样本方式，可消除繁琐的切片筛选沟通环节，提升时空组学样本前处理的实验效率。

蜡片样本

FFPE预贴片样本

03

病理样本大小多样

病理样本的多样性源于其大小和来源的广泛性。它们可能是手术中获得的大标本，也可能是来自于穿刺、鼻咽镜或胃肠镜等手段获得的小标本。面对这种多样性，单一尺寸的芯片显然无法满足实验设计所需的灵活性要求。

华大时空转录组FFPE产品方案，以标准尺寸（1 cm × 1 cm）的Stereo-seq 芯片N为基础，还将根据研究者的具体需求，陆续推出更多尺寸的选择。

这不仅打破了空间转录组实验对样本尺寸的限制，还显著提升了芯片捕获面积的利用效率，使芯片尺寸能够精准匹配目标组织器官大小，助力研究人员在发育生物学、神经科学、肿瘤疾病等研究领域解析完整的细胞空间表达模式，真正实现器官和生命全景分子细胞图谱的绘制。

华大时空转录组FFPE产品方案，凭借“Total RNA全捕获”、“送样方式多样”、“芯片尺寸灵活”三大优势，成功攻克了传统FFPE样本在开展时空组学研究过程中的诸多难题。作为时空病理研究领域的一把高效、灵活且可靠的研究利器，该方案可助力科研人员深入挖掘、理解病理样本中的RNA空间信息，为开拓时空病理研究的全新维度提供了关键支持。

如何制备FFPE样本

FFPE样本制备是时空病理研究最坚实的基础，常规FFPE样本制备方法概览如下^[1]，详细FFPE样本制备步骤可参考文末文献。

此外，市场上有多种商品化的石蜡包埋设备可供选择，这些设备为FFPE样本制备带来了极大的便利。

华大时空转录组FFPE产品预订通道现已全面开启（6月30日截止），即刻扫描二维码订购吧。

参考文献：

[1] Slaoui M, Bauchet AL, Fiette L. Tissue Sampling and Processing for Histopathology Evaluation. Methods Mol Biol. 2017;1641:101-114. doi: 10.1007/978-1-4939-7172-5_4. PMID: 28748459.

内容 | 南措吉、黄潇

题图 | 李宗辰

排版 | 小飞鱼

审核 | 黎晓玲

第一届植物时空组学国际研讨会将于6月3-4日在深圳华大时空中心举行。

本次会议邀请到澳大利亚昆士兰大学、北京大学、德国杜塞尔多夫大学、南京大学、南方科技大学、瑞典生命科学实验室、华大生命科学研究院、西安交通大学、西北工业大学、中国农业科学院、中国科学技术大学、中国科学院、美国密歇根州立大学、浙江大学（按名称首字母排序）等40余位行业专家，以及Cell、Molecular Plant、Nature Plants等期刊编辑，围绕算法工具开发，细胞组学和时空组学等前沿技术在植物发育、植物代谢、植物与环境互作等领域的应用等主题进行深入分享。

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