生信技能|ensembl号批量转换成基因名,用这一招完美解决
The following article is from 猫头鹰教室 Author 特雷西
我们在进行公共数据库数据挖掘的时候,经常会遇到这样一个问题,即数据库提供的基因名是ensembl号,其中人的基因名以ENSG开头,比如ENSG00000141736,而我们写文章的时候是不想用这串冷冰冰的数字的,因为不能直观的让人知道这到底是何物。
如果我们最后只得到这一个基因,那么随便找一个数据库就可以搜,比如在ncbi里面把这串数字输入进去,就可以得到基因名。我们想要的是基因的缩写,比如ERBB2,瞄一眼就知道是“酪氨酸激酶受体2”。
但是,很多情况下,我们需要的是批量检索几十个甚至上百个ENSG号,这时候我们可以从ensembl的官网去下载注释列表用于检索。
官网地址为http://asia.ensembl.org/index.html(这是根据我的ip地址给出的最近的镜像站),打开网站后直接点biomart。
这一步经常需要加载一会,如果是人的,我们选择human genes。
选择完之后页面会自动刷新,左边点击Attributes,在左边选择你最终生成的表格所需的信息,这里有很多信息,我们需要的是Gene stable ID(即Ensembl号)以及Gene name(即基因缩写名),如果需要其他信息,一并选上就行。
选完之后点results,出现如下画面,给了前十行的示意图,点击Go即可下载表格。
下载的文件默认叫做“mart_export.txt”,可以用excel打开,这个就是我们要的ensembl号和基因缩写的对照表了。
先处理第一个基因,先点击右方白框,然后点击上方公式,查找与引用里面选择VLOOKUP函数,
这里有四个参数需要设置,
第一个参数是选需要寻找的基因,注意只选择第一个;
第二个参数选择要去搜索的对照表,两列全选就行;
第三个参数是需要输出的列数,这里是第二列(注意这里的2的所选参照表里的第二列,而不一定是excel里面的第2列);
第四个参数是模糊匹配还是精确匹配,我们当然要精确的,填个0就行了,然后点确定, 得到结果:
下面的基因直接下拉就行啦!