工具篇|做了不同时间点的测序后，STEM帮你找特定表达模式的一类基因

我们知道很多研究是做了不同时间点的，比如细胞或者疾病动物模型经过药物处理的不同时间点（如0h-12h-24h-48h），如果我们想寻找某一特定类型表达的基因，比如随着时间的进展表达一直升高/降低、或者先升高后降低的基因，就是基因表达的短时序列分析（Short Time-series Expression Miner），今天我们就来介绍STEM这个工具。

网站链接：http://www.cs.cmu.edu/~jernst/stem/

下载安装后打开的界面是这样的：

我们以GEO数据库中的数据（GSE46671）为例，这个数据是研究的是

霉酚酸（Mycophenolic acid）对胃癌细胞的影响:

我们可以看到共有control（0h），12h，24h，48h和72h共5组数据，在分析的时候先整理好所有基因在5个时间点的表达信息汇总表：

然后把数据导入STEM软件：

按照默认参数单击执行（Execute）：

在Interface Options中可以选择显示所有基因的曲线：

还可以把模块根据显著性 Significance和基因数量（Number of Genes）进行排序：

根据显著性进行的排序，会显示p值

根据基因数量进行的排序，显示的这个模块的基因数量：

单击每个模块可以看到这个模块具体的基因，比如我们看第3（profile9）和第4个模块（profile 41）：

profile 9：

profile41:

单击Profile Gene Table可以看到具体的基因：

好了，这个小工具就先介绍到这里，其实从功能上看并不是特别强大，实际上Excel也可以实现。

ref：

STEM: a tool for the analysis of short time series gene expression data.BMC Bioinformatics. 2006 Apr 5;7:191.

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