工具篇|miRactDB数据库，miRNA研究的又一神器

服务于探究miRNA与mRNA的调控关系的数据库，有很多很多了，但是总有那么点遗憾。比如TargetScan /miRBase/miRDB，主要关注miRNA靶点的预测，但不强调他们之间的真实相互作用；比如 miRTarBase/StarBase/miRwalk，都是在一般意义上进行的，不是在癌症背景下进行的；比如oncomiR/ miRCancerdb，虽然是基于癌症组学数据，但仅限于相关性，不涉及生物学意义，且针对个体癌症而非泛癌。而我们今天介绍的miRactDB数据库，不存在上述遗憾，换句话说，这是一个研究在泛癌中具有生物学意义的miRNA-mRNA相互作用机制的数据库。

该数据库于2020年5月20日，发表在briefings in bioinformatics上，影响因子8.99。

网址链接：https://ccsm.uth.edu/miRactDB

数据库说明：通过整合TCGA数据库，CCLE数据库，GTEx数据库的信息，最终在31种癌症类型（不包括FPPP/GBM / LAML）的8375 个样本中，探究了1046个miRNA 和20531个基因之间的关系，合计21475462 个miRNA-mRNA关系对。

该数据库的使用价值：

（1）可检索泛癌miRNA-mRNA关系对，尤其是提供了miRNA正向调控mRNA的信息（这里是非直接调控关系，胖师兄表示很失望，他以为会是直接调控的新大陆~~）

（2）可检索mRNA/miRNA在泛癌中的表达（正常/肿瘤/不同疾病分期）/高中低表达水平对应的预后情况

（3）可检索miRNA的host基因

（4）提供了药物-活性分子-基因网络，支持以mRNA/miRNA进行查询（这个还是比较新鲜的，虽然基于专门的药物成分-靶点预测网站得到的mRNA也能再关联miRNA，但是对于广大不做分析的同学来说，还是比较友好的，且这样能拓宽我们的选题角度。）

（5）提供了疾病-基因网络，支持以mRNA/miRNA进行查询

虽然这里的使用价值的实现，主要依赖于整合目前比较成熟的其他的数据库的信息，但是该数据库信息之庞大，可谓是前不见古人呀。

使用说明：

（1）使用起来非常友好，直接在首页检索你所关注的miRNA/mRNA，或者一起检索都可以。

（2）search之后，可以得到目标miRNA-mRNA关系对在不同数据/癌症类型中的调控类型，其中红色表示正向调控，绿色表示负向调控，灰色表示不显著的调控。点击miRNA的超链接，即可进入详情页。

（3）详情页中有导航栏，根据自己感兴趣的点去查看即可，结果展示非常友好。

（4）一个个的检索，略有点慢，作者也很善解人意的提供了可下载文档，文件有点大，如果只是关注少量基因，我们直接网页进行检索就好。

待改进的地方：

有些图不是独立的，不好直接放在文章中。比如我只关心一种疾病，结果展示的是一堆疾病中的情况，这里就要考验大家的抠图功底了。

写在最后，如果你看到这里，还有未解的好奇心，请点击上述网址链接，作者提供了详细的help功能。

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