TCGA数据分析全攻略，用别人的数据发10+文章

TCGA (The cancer genome atlas)是一个非常重要的癌症数据库，其主要收录各种人类癌症（包括亚型在内的肿瘤）的临床数据，基因组变异，mRNA表达，miRNA表达，甲基化等数据，是癌症研究者很重要的数据来源。今天给大家分享的是TCGA数据分析全攻略！

一、生信分析+免疫，妥妥上5分！

01、下载TCGA数据

02、计算样本免疫微环境评分

03、免疫微环境评分与各个临床特征的关系

04、免疫微环境评分高低与预后的关系.

05、免疫微环境评分高低样本的基因表达差异

06、这些差异基因与预后的关系，筛选预后显著相关

07、外部数据集验证这些基因.

二、TCGA数据的下载及差异分析/生存分析

01、数据库简介

02、网页下载数据

03、命令行下载数据

04、生成矩阵

05、id转换成基因名

06、差异表达介绍

07、edgeR差异表达

08、DESeq差异表达

09、miRNA数据下载与整理

10、miRNA差异表达

11、共表达数据合并

12、WGCNA

13、生存分析介绍

14、生存分析数据准备

15、R做生存分析

三、生信人必看的TCGA数据分析全攻略

01、课程简介

02、Rstudio重点配置与报错排除

03、最新TCGA-RNA表达数据下载与整理

04、RNA差异表达分析

05、ROC曲线

06、TCGA临床数据下载与整理

07、基因表达与临床因素相关性

08、临床分组表达量分析

09、生存分析

10、COX分析

11、列线图模型

12、基因表达拷贝数甲基化

13、成熟体miRNA表达数据下载与整理

14、miRNA差异表达分析

15、靶基因分析

16、基因与miRNA表达相关性分析

17、miRNA生存分析

18、GSEA分析

19、cBioPortal分析复现

四、TCGA基因差异表达分析转录因子调控网络

01、简介

02、TCGA数据下载

03、TCGA命令行下载

04、TCGA数据整理

05、TCGA的id转换

06、mRNA提取

07、mRNA差异表达

08、IncRNA提取

09、IncRNA差异表达

10、转录因子富集分析

11、转录因子数据整理

12、cytoscape下载和安装

13、cytoscape构建转录因子调控网络

五、ceRNA调控网络构建TCGA数据库

01、TCGA数据库简介

02、软件安装

03、数据下载提取

04、差异分析

05、差异lncRNA与差异miRNA比对

06、DEmiRNA靶基因预测

07、网络构建数据准备

08、构建ceRNA网络

09、生存分析

六、批量挖掘TCGA miRNA

01、课程介绍

02、批量获取TCGA miRNA

03、辞选差异的miRNA

04、单因素Cox回归数据准备

05、单因素Cox回归

06、lasso回归数据格式准备

07、lasso回归

08、多因数Cox数据准备

09、多因素Cox回归分析

10、绘制列线图

11、绘制校准图

12、绘制ROC曲线

七、TCGA数据甲基化差异分析生存分析

01、TCGA甲基化简介

02、甲基化数据下载

03、甲基化数据提取

04、差异甲基化

05、热图

06、基因甲基化与表达相关性

07、位点甲基化与表达相关性

08、生存分析

09、甲基化和表达联合生存分析

八、TCGA甲基化驱动基因高级课程

01、甲基化驱动基因简介

02、甲基化驱动基因数据准备

03、甲基化驱动基因MethtylMix数据分析

04、甲基化驱动基因MethtylMix绘制图形

05、甲基化驱动基因热图绘制

06、甲基化驱动基因ConsensusPathDB分析

九、TCGA数据库SNP突变数据分析

01、TCGA数据库SNP突变分析简介

02、突变数据下载

03、突变数据整理和统计

04、瀑布图输入文件准备

05、瀑布图

06、带临床性状瀑布图数据准备

07、绘制带临床数据的瀑布国

08、突变和表达关系数据准备

09、绘制突变和表达关系图

10、提取生存时间

11、生存分析文件准备

12、生存分析

13、SNP位点数据整理

14、位点矩阵和表达矩阵合并

15、位点突变和基因表达关系

16、位点生存分析文件准备

17、位点生存曲线

十、TCGA数据库CNV拷贝数变异分析

01、CNV简介

02、数据下载

03、基因注释

04、数据整理合并

05、卡方检验输入文件准备

06、正常和癌症的CNV差异

07、圆圈输入文件准备

08、CNV绘制

09、提取差异基因的CNV矩阵

10、差异CNV基因和表达数据合并

11、CNV和表达水平的相关性检验

12、CNV和表达水平的可视化

13、基因名字转换成ID

14、GO富集分析

15、KEGG通路富集分析

十一、TCGAimmune免疫细胞浸润

01、肿瘤免疫侵润简介

02、TCGA数据下载

03、数据整理

04、提取mRNA

05、数据矫正

06、CIBERSORT运行.

07、CIBERSORT结果整理

08、柱状图绘制

09、热图绘制

10、相关性热图绘制

11、小提琴图绘制

12、临床数据下载

13、临床数据整理

14、免疫细胞矩阵和生存时间合并

15、免疫细胞批量化生存分析

16、免疫细胞矩阵和临床性状合并

17、批量临床相关性分析

18、批量临床相关性

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