核磁干货|SPM场图校正

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最近在分析核磁任务态数据

跟大家分享一下如何用SPM做场图校正

欢迎讨论~

SPM 场图校正

场图校正是指对成像进行静态和动态的畸变校正。

在SPM中做场图校正是通过FieldMap Toolbox 完成的。

它包括两个步骤：

1. Calculate，计算体素位移图（VDM）

2. Apply，使用VDM对成像进行校正

注：A voxel displacement map (VDM) is created that can be used with Realign & Unwarp for doing a combined static and dynamic distortion correction or with an Apply VDM function for doing a static distortion correction on a set of realigned images （SPM manual: p173）

具体过程

No.1 计算体素位移图

1.1 对数据进行转格式

注：If two magnitude images are available, select the one acquired at the shorter echo time because it will have greater signal (SPM manual: p173).

这里我在处理的时候遇到一个问题，我首先用mricro的dcom2nii转换后两个幅值图的TE相同，然而查看原始IMA图像可以看到有两个TE，分别是4.92和7.38。于是我用脚本重新对数据进行转格式，这次生成的两个文件TE就不一样长了。下图第一个文件为短TE，第二个为长TE。这里提醒大家注意检查数据。

这里也把如何从IMA文件读取信息的方法贴了出来。

由于前面使用的转格式软件转出来的数据有些问题，于是我从博士师兄那里打听到了一个新软件-MRIcroGL。这个软件将原始文件转换为nii后会输出相关信息在一个文件夹。例如number of echos, echo spacing等。这些信息很重要，后面还会用到。

下载地址：

https://www.nitrc.org/projects/mricrogl/ 

1.2 计算体素位移图

确认total EPI readout time填什么，

花了我一些时间，

这里把过程详细贴出来，

欢迎大家讨论。

SPM manual这么描述这个参数。

在使用mricrogl转格式获得的.json文件中有该参数信息。

可以看到，这里有Echo spacing o和effective echo spacing，应该用哪个来计算呢？

四处查阅资料后，我翻到了关于total EPI readout time的另一种解释。

     注：Fieldmap correctionx相关参数

     https://lcni.uoregon.edu/kb-articles/kb-0003 

基于我的数据，

Effective echo spacing乘以number of echos（相位编码步级数）得到的值 (0.02997) 

和1/BandwidthPerPixelPhaseEncode的值 (0.0302398) 相似。

根据SPM manual，回波时间不包括激发时间，延迟和饱和时间，在问过尹老师后，决定采用Effective echo spacing进行计算，即111*0.00027(s)【填入SPM的值单位要为ms】。

No.2 应用体素位移图

完，感谢阅读。

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