核磁干货 | RESTplus计算核磁静息态指标

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上期 茗创科技 分享了 “爱马仕” 的计算脑电功能连接的工具包，今天给大家推荐这款静息态 fMRI 数据分析工具包-- RESTplus

RESTplus 是基于SPM 开发的 fMRI 批处理软件，具有页面简洁，易于理解和操作，功能丰富等特点。

大家还记之前推过的SPM场图校正手册吗？忘记的朋友可以复习一下哦~

不会核磁数据处理的朋友也可以联系我们~~

在具体描述如何使用 RESTplus 进行数据处理之前，我们先确认一下我们的工作环境。

Matlab版本：2013b（不要用太新的，不确定会不会有bug）

Restplus版本：RESTplus_V1.2

SPM版本：SPM12

第一步   数据准备

（1）如果数据是DICOM格式，整理成以下格式

（2）如果数据是nii格式，整理成以下格式（注意.nii.gz并不适用于restplus需要先行解压）

注意：

1.这里的路径名以及文件名只能有英文、数字、下划线三种，切勿有空格中文其他字符等！！

2.个人推荐将数据转换成nii格式，其中功能像转换成4d格式的。在这里挖个坑，有机会讲讲数据格式转换，还有怎么看数据。

示例：

第二步 更改路径、添加路径

将matlab的当前路径更改为放置功能像和结构像的文件夹，同时以【添加并包含子文件夹】的方法添加【spm12】和【170202_RESTplus_V1.2】

注意：在这里 spm12 和 RESTplus 两个工具包都需要添加，缺一不可。而且都需要用添加子文件夹的方法进行添加。

第三步 数据预处理

在matlab的命令窗口输入restplus，回车，打开如restplus的图形页面，对于预处理的批处理，选择 pipeline 这个模块，后续的批处理过程将都在以下页面完成。

Restplus的页面比较简洁，就是按照需求勾选，需要做哪些步骤，就勾选哪些步骤。

下面依次介绍restplus中每个选项的各种功能

（1）填写基本信息。

工作目录下要有起始的功能的文件夹和起始的结构文件夹，起始文件名也是根据实际情况填写就行。

（2）预处理的步骤

一般来说预处理都要经过如下步骤，根据具体需求有些步骤的参数会有些改变。

1. 转换格式

如果已经转换nii格式的数据，这步可以不勾

2. 去除前n个时间点

一般情况的话，静息态是去除前10个时间点，具体的话还是推荐用mricron看下该功能像的 4d traces

3. 时间层校正

4. 头动校正

在运行的结果之中，会有个txt文件，可以根据各种头动条件来删选被试，一般来说我们要控制头动的范围在3mm，3度之内。

5. 原点校正

这一步是选做的，一般来说，可以不做，如果配准效果不好的话，再回头来做这步。需要手动进行原点校正，每个被试需要进行两次原点校正，一次结构像一次平均功能像，原点位于前联合，具体位置如下图所示。

6. 空间标准化

Restplus提供了三种配准方法：（1）一步配准法；（2）两步配准法；（3）dartel配准法。一部配准法可以没有T1像，其余两种必须要有T1像。

确认了以上参数都没有太大问题的话，就可以点右下角的run运行了。

（3）降噪的操作

在这里介绍计算的指标有ALFF ReHoFC ，这三种指标在预处理中是一样的，在降噪过程中是存在差异的，我们分三个部分来介绍。

Part A    ALFF的降噪与计算

7.平滑

8.去趋势化

9.去除协变量

确认无误后，则可点击右下角Run运行。

Part B  ReHo的降噪与计算

10.滤波

确认无误后，则可点击右下角Run运行。

如出现以下报错,表明存在相同名字的文件夹。

Part C   功能连接（FC）的降噪与计算

（4） 结果查看

ALFF&ReHo的结果

FC的结果

RESTplus工具包 及 示例数据 可以后台联系工程师索要~

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