AMBER专题
课程特色
本次系列课程共4天，均采用在线直播的形式，课后提供无限次的回放视频，建立永不解散的课程群，长期互动答疑，学员学完后可以继续与专业老师同学交流问题，巩固学习内容，从而更好地满足学员不同方面的论文及实际科研工作需求；
ANBER专题课程从AMBER程序入门学会编译方法，安装自己的AMBER可执行程序开始，依次讲授研究对象模型的获取与构建-体系预处理、能量优化、分子动力学模拟结果评估、结合自由能计算、相互作用机理分析、可视化、轨迹特征获取，并对经典文献进行复现。
01
课程大纲
时间 | 课程名称 | 课程内容 |
第一天 上午 | 一. 分子动力学入门理/论 教学目标：了解本方向内容、理论基础、研究意义。 | 1. 分子力学简介 1.1 分子力学的基本假设 1.2 分子力学的主要形式 2. 分子力场 2.1 分子力场的简介 2.2 分子力场的原理 2.3 分子力场的分类及应用 |
二. LINUX入门 教学目标：掌握数值计算平台，熟悉计算机语言，能够使用vim编辑器简单编辑文件。 | 1 LINUX 简介 1.1 用户属组及权限 1.2 目录文件属性 1.3 LINUX基础命令 1.4 LINUX环境变量 1.5 shell常用命令练习 | |
第一天 下午 | 三. AMBER简介及安装 教学目标：了解Amber软件历史发展，熟悉安装环境，支撑环境编译。 | 1 AMBER简介和安装 1.1 GCC简介及安装 1.2 Open MPI简介及安装 1.3 AMBER安装运行 1.4 LIUUX操作练习 |
第二天 上午 | 四. 研究对象模型获取 教学目标：如何确立研究对象，熟悉蛋白数据库的使用，如何对 研究对象建模。 | 1 模型文件的预处理 1.1 模型来源简介 1.2 蛋白文件简介 |
五. 研究对象模型构建 教学目标：熟悉模型预处理流程,掌握输入文件的编写，能够独立完成体系动力学之前的准备工作。 | 1 模型文件的预处理 1.1 蛋白预处理 1.2 小分子预处理 1.3 AMBER力场简介 1.4 拓扑文件、坐标文件简介 1.5 top、crd文件的生成 1.6 tleap模块的使用 案例实践： HIV-1复合物的预处理 | |
第二天 下午 | 六. 分子动力学模拟 教学目标：分子动力学流程，AMBER软件动力学原则，完成分子动力学模拟的操作练习。 | 1 能量优化、分子动力学模拟 1.1 能量优化意义以及方法 1.2 模拟温度调节意义及方法 1.3 溶剂模型分类及选择 1.4 动力学模拟输入文件的编写 1.5 运行分子动力学模拟 1.6 输出内容解读 1.7 练习答疑 案例实践： HIV-1复合体系能量优化、分子动力学模拟 |
第三天 上午 | 七. 结合自由能计算 教学目标：熟悉结合自由能计算的意义、MMPBSA方法以及流程。 | 1 焓变计算 1.1 实验数据分析及检索 1.2 MM/PBSA结合自由能计算原理 1.3 GB模型讲解及分类 1.4 焓变输入文件的编写 1.5 焓变结果解读 2 熵变计算 2.1 Nmode计算熵变原理 2.2 熵变输入文件的编写 2.3 熵变结果解读 2.4 实验值与理论值对照分析 案例实践： HIV-1与抑制剂之间结合自由能计算 |
第三天 下午 | 八. 可视化软件 教学目标：熟悉可视化软件获取渠道、软件安装以及基本使用，采用可视化软件辅助科研工作。 | 1 3D可视化分析 1.1 VMD安装和使用 1.2 Pymol 安装和使用 |
九. 基于分子动力学的轨迹特征获取 教学目标：从动力学模拟出的构象出发，洞悉构象转变，解释实验想象，预测实验结果 | 1 构象分析 1.1 RMSD分析 1.2 B-Factory 分析 1.3 RMSF分析 1.4 RG分析 1.5 VMD动画展示 1.6 距离角度测量 1.7 溶剂可及表面积（SASA） | |
第四天 上午 | 十. 基于能量的相互作用机理分析 教学目标：从能量角度出发，分析分子间、残基间、重要基团间相互作用机理，对实验提供理论指导 | 1 能量分析 1.1 残基分解（相互作用分析） 1.2 丙氨酸扫描（寻找热点残基） 1.3 氢键网络（盐桥，pi-pi共轭等其它相互作用） 1.4 练习答疑 |
第四天 下午 | 十一. 经典工作复现 教学目标：引导初学者了解本方向中经典工作，复现工作中重要分析手段，加深同学对本方向的理解。 | 1 经典文献工作复现(请同学在课前自行下载仔细阅读) 1.1 Nanoscale 2020, 12, 7134−7145. (a)RMSD和2D_RMSD检验模拟的稳定性 (b)结合自由能的对比与分析 (c)热力学积分计算相对结合自由能 (d)氢键网络分析 (e)残基分解预测热点氨基酸 1.2 J. Chem. Inf. Model. 2021, 61, 7, 3529–3542 (a) 丙氨酸扫面预测热点氨基酸 (b) 残基接触（contact）分析 (c) 温度因子分析（B-facter）分析 (d) 溶剂可及表面积分析 (e) 伞状采样动力学再现解离机制 1.3 练习答疑 |
部分案例图示：
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02
课程时间
2023年1月10日-2023年1月13日
在线直播4天
03
报名费用
课程名称 | 原价（元） | 优惠后价格（元） |
CADD专题 （六天） | 5900 | 5700 |
AMBER专题 （四天） | 3900 | 3700 |
AIDD专题 （五天） | 4900 | 4700 |
GROMACS专题（三天） | 2900 | 2700 |
费用提供用于报销的正规机打发票及盖有公章的纸质通知文件；
如需开具会议费的单位请联系招生老师发送会议邀请函；
年底免费大赠送：(赠送的免费课程不开发票)
1) 报名CADD专题课程，可任选AMBER专题、GROMACS专题、AIDD专题课程之一免费参加
2) 报名AIDD专题课程，可任选AMBER专题、GROMACS专题课程之一免费参加
3) 报名AMBER专题课程，可免费参加GROMACS专题课程
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联系方式