GROMACS专题 无忧版

GROMACS系列专题

GROMACS课程买一赠一

课程特色

本次系列课程共3天，均采用在线直播的形式，课后提供无限次的回放视频，建立永不解散的课程群，长期互动答疑，学员学完后可以继续与专业老师同学交流问题，巩固学习内容，从而更好地满足学员不同方面的论文及实际科研工作需求；

GROMACS专题课程从GROMACS程序入门学会编译方法，安装自己的GROMACS可执行程序开始，依次讲授生物体系简单到复杂的建模与TOP文件构建、常用模拟结果分析、水溶性蛋白质和配体作用分子动力学模拟过程及结果分析、生物膜磷脂双分子层生物膜、膜蛋白等建模分析、蛋白质结合自由能计算、药物分子开发溶剂筛选。

课程大纲

课程名称	课程内容
基础理论	1 分子模拟基础理论 1.1 统计力学理论概述 1.2 主要算法介绍：最速下降法、共轭梯度法、有限差分法 1.3 力场、力场类型、参数和分类：AMBER、CHARMM、MMX、CVFF、OPLS 1.4 基础知识：积分迭代器、积分步长选取、温度控制、压力控制、周期性边界条件 1.5 模拟基本流程：能量最小化、NVE弛豫、NVT控温、NPT控压、MD平衡模拟 1.6 计算化学基本概念：范德华表面、分子表面、接触表面、溶剂可及表面、势能面
程序入门	2 GROMACS程序入门——学会编译方法，安装自己的GROMACS可执行程序，并运行一个例子。 2.1 版本/安装/运行 •Linux入门操作及方法 •并行介绍和环境搭建 •win版、linux版编译安装及运行 •win版下使用linux系统编译安装及运行GROMACS程序 2.2 各种文件介绍：PDB、GRO、TOP/ITP、XVG、MDP 2.3 力场概念、分类及力场参数修改：——探究力场具体形式，为以后创建自己体系做准备，以OPLS为例，力场的各种参数说明及修改
生物体系建模与TOP文件构建	3 生物体系建模——掌握不同体系快速搭建方法，使学员具有扎实的建模基础 3.1 辅助工具软件:Packmol、GaussView、vmd、Grace等 3.2 模型建模/TOP文件的生成 生物小分子PDB构建、生物小分子模型及原子类型定义、结构调整（键长、键角、二面角）、生物小分子top结构构建、itp文件建立、拓扑文件生成工具 3.3 不同简单生物体系的建模 3.4 构建一个简单的生物分子体系模型并运行 3.5 蛋白质、核酸、多肽、溶剂等复杂体系构建
建模结果分析	4 模拟结果分析——掌握不同生物体系所需分析方法，生成拓扑结构和坐标文件 4.1 模拟轨迹分析：trajectory，sasa，rdf，freevolume等 4.2 生成拓扑结构和坐标文件：editconf，genconf，pdb2gmx等 4.3 模拟能量分析：energy，enemat等 4.4 系统动态结构分析：cluster，confrms，midist等 4.5 空间分布性质：gyrate，msd，rdf，traj等 4.6 分子结构分析：hbond，order，principal，spol等 4.7 静电作用分析：dielectric，dipoles，potential等
生物体系建模实践	5 水溶性蛋白质和配体作用分子动力学模拟 5.1 配体分子的处理 5.2 蛋白结构的处理 5.3 修改蛋白坐标文件 5.4 修改拓扑文件 5.5 构建盒子并放入溶剂 5.6 平衡系统电荷 5.7 能量最小化 5.8  NVT平衡 5.9  NPT平衡 5.10 模拟结果取样 6 分子动力学结果分析 6.1 轨迹文件观察 6.2 能量数据作图 6.3 计算斜方差 6.4 测量回旋半径 6.5 计算结构的RMSD值                6.6 计算原子位置的根均方波动      6.7 计算模拟过程中分子间的氢键的数目、距离或角度      7 生物膜磷脂双分子层生物膜、膜蛋白等建模 7.1 磷脂分子结构、双分子层建模   7.2 模拟水通道（蛋白、多肽等） 7.3 插入溶剂分子 7.4 模拟系统达平衡 7.5 分析溶剂分子扩散速率 7.6 分子间的氢键的数目、距离或角度
高级进阶模拟分子自由能计算实践	8 蛋白质结合自由能计算（伞形采样法为例） 8.1 创建一系列反应路径分子构型 8.2 提取模拟间隔质心轨迹 8.3 模拟每个构型的伞形采样 8.4 柱状图分析计算结合自由能 8.5 模拟结果讨论 9 药物分子开发溶剂筛选 9.1 介绍热力学积分方法 9.2 构建药物分子模型 9.3 建模药物分子溶解在水相，油相和醇相 9.4 计算不同相态下的分配系数 9.5 快速预测药物分配系数方法
SCI论文复献	根据学员需求，回答相关SCI文献中模拟的问题

部分案例展示：

课程时间

GROMACS分子动力学蛋白模拟、药物开发溶剂筛选专题

2022年12月30日-12月31日   

2023年1月2日     

在线直播（授课3天）

报名费用

费用提供用于报销的正规机打发票及盖有公章的纸质通知文件；

如需开具会议费的单位请联系招生老师发送会议邀请函；

年底免费大赠送：(赠送的免费课程不开发票)

1)  报名CADD专题课程，可任选AMBER专题、GROMACS专题、AIDD专题课程之一免费参加

2)  报名AIDD专题课程，可任选AMBER专题、GROMACS专题课程之一免费参加

3)  报名AMBER专题课程，可免费参加GROMACS专题课程

价格优惠：（优惠活动最终解释权归主办方）

1)  早鸟优惠：所有专题课程2022年12月31日前报名缴费均立减200元

2)  转发优惠：转发本文/海报至朋友圈12小时，优惠100元/人（朋友圈不设屏蔽，截图联系工作人员确认）

3)  凡老学员推荐的新报名者可享受额外优惠

4)  老学员优惠：老学员参加任一新课程立减400元（与1）2）不叠加）

参加培训并通过考试的学员，可以获得：北京软研国际信息技术研究院培训中心颁发的《计算机辅助药物设计应用工程师》专业技能结业证书。

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