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免费在线小工具-突变分析系列:瀑布图

HellsegaMosken HellsegaMosken 2024-03-27



前言

之前我们分别介绍了突变分析的3个小工具:

免费在线小工具-突变分析系列:突变注释信息汇总

免费在线小工具-突变分析系列:突变信息摘要图

免费在线小工具-突变分析系列:SNP突变类型图


它们主要是对突变信息的汇总,汇总过后,总要进一步挖掘数据,这一节我们就来介绍突变分析中非常经典的瀑布图。


输入数据格式说明

参见 免费在线小工具-突变分析系列:突变注释信息汇总


图片意义解读

瀑布图之所以看起来像瀑布,和它的计算规则有关:

  1. 找出所有样本中突变个数最多的基因,倒序排列(右侧柱状图);

  2. 将包含这个基因突变的样本集中排列(上侧柱状图),且根据样本中包含的突变个数进行倒序排列;

  3. 以此类推,在之后追加样本排列。

下方的百分比柱状图用于呈现样本中碱基突变情况的占比。



参数说明

基因筛选方式:默认按top基因进行筛选,但有时突变个数过少的基因也可能出现在top基因中,意义并不大,此时我们可以选择减少top个数,或者直接按照突变个数进行筛选。

按top基因

按突变个数


基因文本调整:若基因名太长文本会出界,此时可以调整文本宽度预留更多空间写文本,或者减小字号。


绘制行/列柱状图:决定是否呈现行列柱状图。


列柱状图:对Y轴做log处理:对Y轴进行log处理,若数据差距较大,建议选择。


绘制核苷酸TiTv图:决定是否显示这幅图。


样本Barcodes:显示与否以及文本调整。


显示的top基因的个数:控制第6幅图所显示的基因个数。


图例、标题和字号调整


拓展分析

处理瀑布图,突变分析还有很多其他工具,分析完成后,会自动跳出侧边栏,点击可直接进行下游分析,无需重新上传文件:


如我们点击一个【氨基酸棒棒糖图】分析,在弹框中点击跳转:


跳转后会提示文件传送成功,背景中的图片就是用您的文件进行绘制的结果(而不是示例数据啦)


更方便的是,在此分析完成后,您可以继续跳转完成其他拓展分析:


其他拓展分析我们会继续发文进行介绍,欢迎关注本公众号获取更多信息:


云工具

地址:https://www.omicstudio.cn/tool/73


参考资料

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/maftools/inst/doc/maftools.html


参考文献

Mayakonda A, Lin DC, Assenov Y, Plass C, Koeffler HP. 2018. Maftools: efficient and comprehensive analysis of somatic variants in cancer.




还有什么想开发的云工具,可填写此调查问卷,选中并上线的话有机会免费获得联川生物书籍一本哦:https://www.wenjuan.com/s/UZBZJvPSgg/?is=qrcode


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