免费在线小工具-突变分析系列:瀑布图
前言
之前我们分别介绍了突变分析的3个小工具:
它们主要是对突变信息的汇总,汇总过后,总要进一步挖掘数据,这一节我们就来介绍突变分析中非常经典的瀑布图。
输入数据格式说明
图片意义解读
瀑布图之所以看起来像瀑布,和它的计算规则有关:
找出所有样本中突变个数最多的基因,倒序排列(右侧柱状图);
将包含这个基因突变的样本集中排列(上侧柱状图),且根据样本中包含的突变个数进行倒序排列;
以此类推,在之后追加样本排列。
下方的百分比柱状图用于呈现样本中碱基突变情况的占比。
参数说明
基因筛选方式:默认按top基因进行筛选,但有时突变个数过少的基因也可能出现在top基因中,意义并不大,此时我们可以选择减少top个数,或者直接按照突变个数进行筛选。
按top基因
按突变个数
基因文本调整:若基因名太长文本会出界,此时可以调整文本宽度预留更多空间写文本,或者减小字号。
绘制行/列柱状图:决定是否呈现行列柱状图。
列柱状图:对Y轴做log处理:对Y轴进行log处理,若数据差距较大,建议选择。
绘制核苷酸TiTv图:决定是否显示这幅图。
样本Barcodes:显示与否以及文本调整。
显示的top基因的个数:控制第6幅图所显示的基因个数。
图例、标题和字号调整
拓展分析
处理瀑布图,突变分析还有很多其他工具,分析完成后,会自动跳出侧边栏,点击可直接进行下游分析,无需重新上传文件:
如我们点击一个【氨基酸棒棒糖图】分析,在弹框中点击跳转:
跳转后会提示文件传送成功,背景中的图片就是用您的文件进行绘制的结果(而不是示例数据啦)
更方便的是,在此分析完成后,您可以继续跳转完成其他拓展分析:
其他拓展分析我们会继续发文进行介绍,欢迎关注本公众号获取更多信息:
云工具
地址:https://www.omicstudio.cn/tool/73
参考资料
http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/maftools/inst/doc/maftools.html
参考文献
Mayakonda A, Lin DC, Assenov Y, Plass C, Koeffler HP. 2018. Maftools: efficient and comprehensive analysis of somatic variants in cancer.
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