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免费在线小工具-突变分析系列:降雨图

HellsegaMosken HellsegaMosken 2024-03-27


前言

之前我们分别介绍了突变信息的汇总图表小工具:

免费在线小工具-突变分析系列:突变注释信息汇总

免费在线小工具-突变分析系列:突变信息摘要图

免费在线小工具-突变分析系列:SNP突变类型图

免费在线小工具-突变分析系列:瀑布图


之前几个小工具我们主要聚焦于突变本身的汇总,从样本、基因、突变类型等方面进行统计。本文的分析对象依然是突变,不过这次我们看它在整个基因组上的分布。


输入数据格式说明

参见 免费在线小工具-突变分析系列:突变注释信息汇总


图片意义解读

降雨图可以通过在线性基因组尺度上绘制变异距离来可视化超突变(Kataegis)基因组区域。

这么说可能不直观,我们再举个例子。

如下降雨图绘制了乳腺癌基因的突变距离,并追踪每个突变中的碱基对替换。图的下半部分的点显示了彼此靠近并聚在一起的突变,这种情况称为kataegis。我们可以看到,kataegis区域中的大多数突变都由C→T取代组成。从A中我们看到kataegis位于较小的区域,而在B中,kataegis遍布整个基因组。



参数说明

降雨图是把整个基因的突变数据绘制在图上,根据分布密度和突变距离,kataegis区域会自然呈现,所以没有什么特别的参数,一般调整一下点大小和字号即可。由此我们可以注意到,kataegis区域不是所有数据都可以做出来的,这张图的呈现效果主要由您的数据决定。



拓展分析

云平台的突变分析是一套系列工具,还有很多其他工具可以用于进一步挖掘数据,分析完成后,会自动跳出侧边栏,点击可直接进行下游分析,无需重新上传文件:


如我们点击一个【突变信息摘要图】分析,在弹框中点击跳转:


跳转后会提示文件传送成功,背景中的图片就是用您的文件进行绘制的结果(而不是示例数据啦)


更方便的是,在此分析完成后,您可以继续跳转完成其他拓展分析:


其他拓展分析我们会继续发文进行介绍,欢迎关注本公众号获取更多信息:



云工具

地址:https://www.omicstudio.cn/tool/76



参考资料

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/maftools/inst/doc/maftools.html


参考文献

Mayakonda A, Lin DC, Assenov Y, Plass C, Koeffler HP. 2018. Maftools: efficient and comprehensive analysis of somatic variants in cancer.




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