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Graphpad prism9绘图第一期 | Graphpad prism9介绍,如何绘制发表级别的图

mBioMan BioMan 2021-07-02

全世界科学家选择的工具

来自 110 个国家/地区的超过 75 万名科学家在Prism的帮助下与世界分享他们的研究结果。“ Prism 是市场上易于使用的非线性回归分析软件,绘图选项一流!”加入Graphpad绘图交流群,一起学习绘图!

撰文:mBioMan
编辑:雪民
Graphpad prism9是一款非常好用的且功能清大的科研医学生物数据处理绘图软件,Prism也是一种多功能的统计工具。
官网:https://www.graphpad.com/scientific-software/prism/

如何获得Graphpad Prism9呢?
可以从官网获取Free Trial试用,也可以购买,也可以......(不用我说了吧)
其实,Graphpad也是有中文官网的(https://www.graphpad-prism.cn/),那接下来,我们来了解了解Graphpad Prism9,以及它能干些什么呢?
1.为什么选择GraphPad Prism?

节省统计分析的时间:专为科学家(而非统计学家)设计的多功能统计工具。直接将数据输入专为科学研究而设计的表格,并指导您进行统计分析,进而简化您的研究工作流程,无需编码。

做出更准确、更明智的分析选择:在每个步骤中获取见解和指导,以便您在此过程中做出正确的分析选择、理解基本假设并准确地解读数据。


更直观地展示您的数据:Prism可让您轻松地与同事协作、从同行那里获得反馈,并与全世界分享您的研究成果。Prism可以轻松地将数据转换为简洁优美的、达到出版质量的图表;并提供多种自定义图形(从色调搭配到如何组织数据)的方法;Prism支持导出几乎任何格式的文件,也可直接从Prism发送邮件。


2.Graphpad Prism能作些什么呢?
①可以绘图
绘制气泡图、火山图、森林图、小提琴图、柱状图、散点图、条形图、生存曲线、热图等,常见的图形几乎均可绘制。而且还一键导出出版质量的图形(300dpi)

众多的自定义图形方法

更直观地展示您的数据,而不是操作软件。Prism让创建所需的图形变得容易。选择图形类型,然后自定义任何部分 - 数据的排列方式、数据点的样式、标签、字体、颜色等等。自定义选项不尽其数。

协作也有一定程度的加强,不仅限于分享您的图表。Prism全面记录您的数据,使您能够与其他科学家有效进行协作。Prism项目的所有部分(原始数据、分析、结果、图形和布局)都包含在一个单一的文件中,一次单击即可完成共享。这样,其他人就可以轻松同步您的工作,从而提高了结果的清晰度并简化了协作过程。

②统计分析

统计比较

  • 配对或非配对 t 检验。报告 P 值和置信区间。

  • 通过多重t检验分析自动生成火山图(注意与P值的不同)。

  • 非参数 Mann-Whitney 检验,包括中位数差值的置信区间。

  • 用于比较两组的 Kolmogorov-Smirnov 检验。

  • 含中位数置信区间的 Wilcoxon 检验。

  • 一次执行多个 t 检验,使用错误发现率(或 Bonferroni 多重比较)选择哪些比较是需要进一步研究的新发现。

  • 进行普通或重复测量方差分析,然后进行 Tukey、Newman-Keuls、Dunnett、Bonferroni 或 Holm-Sidak 多重比较检验,趋势后验或 Fisher 最小显著性检验。

  • 在不假设群体具有相同标准偏差的情况下,使用 Brown-Forsythe 和 Welch 方差分析进行单因素方差分析,然后进行适当的比较检验(Games-Howell、Tamhane T2、Dunnett T3)

  • 许多多重比较测试都伴随着置信区间和多重性调整的P值。

  • 进行 Greenhouse-Geisser 校正,因此重复测量的单向、双向和三向方差分析不必假设结果呈球形分布。选择此项时,多个比较检验也不必假设呈球形分布。

  • 含 Dunn 后验的 Kruskal-Wallis 或 Friedman 非参数单向方差分析。

  • Fisher 精确检验或卡方检验。计算含置信区间的相对风险和优势比。

  • 对即使在某些后验中仍缺少数值的数据进行双向方差分析。

  • 对一个或两个因素进行重复测量的数据进行双向方差分析。Tukey、Newman-Keuls、Dunnett、Bonferroni、Holm-Sidak 或 Fisher LSD 多重比较检验主要和简单效应。

  • 三向方差分析(限制在其中两个因素中的两个级别,和在第三个因素中的任意数量的级别)。

  • 使用混合效应模型(类似于重复测量方差分析,但能够处理丢失的数据),分析重复测量数据(单向、双向和三向)。

  • Kaplan-Meier 生存分析。应用对数秩检验(包括趋势检验)比较曲线。

  • 使用嵌套 t 检验或嵌套单向方差分析比较嵌套数据表中的数据(使用混合效应模型)。

非线性回归

  • 拟合我们的 105 个内置方程式之一,或输入您自己的方程式。现在包括生长方程族:指数生长、指数平台、Gompertz、Logistic 和 beta(先增长后衰减)。

  • 输入微分或隐式方程。

  • 输入用于不同数据集的方程。

  • 全局非线性回归 – 在数据集之间共享参数。

  • 强大的非线性回归功能。

  • 自动识别或消除离群值。

  • 使用额外的平方和 F 检验或 AICc 比较模型。

  • 比较数据集之间的参数。

  • 应用约束。

  • 通过几种方法差分权重,并评估加权方法的效果。

  • 接受自动初始估计值或输入您自己的值。

  • 在指定的X值范围内自动绘制曲线图。

  • 使用参数 SE 或 CI 量化拟合精度。置信区间可为对称性(传统上)或不对称性(更准确)。

  • 应用 Hougaard 偏度量化不精确的对称性。

  • 绘制置信度或预测带。

  • 检验残差的正态性。

  • 运行或复制模型充分性检验。

  • 报告协方差矩阵或依赖集。

  • 从最佳拟合曲线中轻松插入数据点。

  • 将直线拟合到两个数据集,并确定交点和双方斜率。

主成分分析Principal Component Analysis (PCA)

  • 通过并行分析(Monte Carlo模拟)、Kaiser标准(特征值阈值)、方差阈值的比例等来选择主成分。

  • 自动生成陡坡图、载荷图、双标图等

  • 将PCA的分析结果用在Prism支持的主程序回归等分析中

多变量绘图Multiple Variable Graphing

  • 指定定义轴坐标、颜色及尺寸的变量

  • 创建气泡图

列统计

  • 计算描述性统计:最小值、最大值、四分位数、均值、标准差(SD)、标准误(SEM)、置信区间(CI)、变异系数(CV)、偏度、峰度。

  • 含置信区间的均值或几何均值。

  • 频率分布(从 bin 到直方图),包括累积直方图。

  • 通过四种方法进行正态性检验(新功能:Anderson-Darling)。

  • 对数正态性检验,以及从正态(高斯)与对数正态分布中取样的可能性。

  • 创建 QQ 图作为正态性检验的一部分。

  • 单样本 t 检验或 Wilcoxon 检验,用于对柱均值(或中位数)和理论值进行比较。

  • 使用 Grubbs 或 ROUT 方法鉴别异常值。

  • 分析批量 P 值,应用 Bonferroni 多重比较或 FDR 方法识别“重大”研究结果或发现。

简易的线性回归和相关性

  • 计算含置信区间的斜率和截距。

  • 强制回归线穿过指定点。

  • 拟合以复制 Y 值或均值 Y。

  • 应用运行测试来检验线性度偏离。

  • 用四种不同方式(包括 QQ 图)计算和绘制残差图。

  • 比较两条或更多条回归线的斜率和截距。

  • 沿标准曲线插入新点。

  • Pearson 或 Spearman(非参数)相关性。

广义线性模型(GLM)

  • 使用新的多变量数据表生成多个自变量与单个因变量的相关模型。

  • 多元线性回归(当Y连续时)。

  • 泊松回归(当Y计数时;0,1,2,...)

  • 逻辑回归(当Y为二进制时;是/否、通过/失败等)。

临床(诊断)实验室统计

  • Bland-Altman 图。

  • 受试者工作特征(ROC)曲线。

  • Deming 回归(II 型线性回归)。

模拟

  • 模拟XY、列或列联表。

  • 重复模拟数据的分析,作为 Monte-Carlo 分析。

  • 根据选择或输入的方程式和您选择的参数值绘制函数图。

其他计算

  • 曲线下面积,含置信区间。

  • 转换数据。

  • 标准化。

  • 鉴别异常值。

  • 正态性检验。

  • 转置表格。

  • 减去基线(以及合并列)。

  • 将每个值计算为其行、列或总计的分数。

3.那怎么绘制想要的图及进行统计分析呢?
①可以参考网络
②B站应该有很多。
③我们公众号也会持续更新一些绘图教程,或许更适合各位科研人员,基于科研/Paper去绘制符合文章发表的图。

参考资料:
1.https://go.graphpad.com/video/whats-new-in-prism-9
2.https://www.graphpad-prism.cn/prism.html

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