[变异毒株]2021年12月7日，Omicron最新情况汇总

哈喽大家好啊。

咱得先自吹自擂一把。

话说，昨天，咱又抢跑成功了。

——请品鉴：

昨天例行更新的最后一部分，

咱提到了Omicron神秘的叔叔辈已经在土澳和加拿大冒头。

（请见这里：[变异毒株]2021年12月6日，Omicron最新情况汇总）

就在一个小时以前，

Omicron的分类命名发生了重大调整。

B.1.1.529这个Pango编号整个被取消掉，

原先的B.1.1.529被重新命名为BA.1；

昨天提到那个神秘长辈则被命名为BA.2。

——请品鉴：

妈耶~

所以Omicron这开局阵仗真是豪华啊，

一上来就是双毒株平行流行的节奏可还行？

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今天的第二个爆炸消息，

是下面这篇神速见刊的（垃圾）论文~

——请品鉴：

简单来说，

这几位作者拿AlphaFold2去预测Omicron刺突蛋白RBD结构域和中和抗体结合的结构以及相互作用，

然后得出了乐观的结论——Omicron的RBD结构虽然发生了一定变化，

但不会带来足以完全逃逸中和抗体（以及现有疫苗保护）的超能力。

惊不惊喜意不意外？

可惜，刚刚发出来，

就被西奈山研究所巨咖Florian Krammer老师直接指着脸放嘲讽~

——请品鉴：

Krammer老师：

这玩意儿正好可以用来校验AlphaFold2靠不靠谱啊可以说~

我觉着这个预测完全不着调……

更狠的是哈金森研究所大佬Jesse Bloom老师，

扔数据打脸可还行……

或者更具体地说，

Bloom老师放出了针对原始株的多克隆抗体 （polyclonal antibody）对Omicron的中和免疫效力计算结果。

——先插播个名词解释：

各位，这个名词解释咱只能点到为止了啊，

剩下的各位自行脑补或者搜索吧。

因为如果说得太明白的话，

某些煞笔也许会诬赖咱是anti-vaxxer~

（这样的悲剧已经发生过……）

这口大锅咱可背不动

——总之，Bloom老师的计算结果请品鉴：

↑ 简而言之，这张图是感染原始株后产生的多克隆抗体，对各个变异株的中和免疫效果，

衡量单位是效果下降倍数（fold reduction）。

当然了，以上只是Bloom老师用深度突变扫描（deep mutational screening）算出来的数据，

还没有经过试验验证~

（估计试验结果最快两周左右可以出来）

但是，Bloom老师为了验证有效性，

还顺手用这玩意儿计算了之前各大VOC的免疫逃逸能力，

结果跟相应的抗体中和测定试验基本一致。

顺便一提，图上那个免疫逃逸能力比Omicron还猛的变态玩意儿PMS20，

那个是洛克菲勒大学大佬Theodora Hatziioannou老师他们，

在实验室里搞出来的玩意儿，

目的为了验证各种单抗和多抗中和效力的终极polymutant……

——这货长这样（可能需要点开大图）：

是不是跟Omicron的刺突蛋白还挺像的。

然后呢，PMS20是正儿八经做过抗体中和测定的，

多克隆抗体对这货的中和免疫效力要缩水20-80倍左右（~20 to 80-fold reduction in neutralization），

所以Bloom老是借此推测，

多克隆抗体对Omicron的中和免疫效果要缩水25-60倍的样子。

摊手~

哦对了，讽刺之处就在于，

洛克菲勒大学这个多克隆抗体中和免疫效果研究还挺新鲜，

两个多月之前才在Nature上线，

——请品鉴：

现在看来，

这篇文章从标题到结论都是硕大无比的flag~

标题：

“High genetic barrier to SARS-CoV-2 polyclonal neutralizing antibody escape”（新冠病毒多克隆中和抗体免疫逃逸的高遗传学屏障）

结论：

“Thus, optimally elicited human polyclonal antibodies against SARS-CoV-2 should be resilient to substantial future SARS-CoV-2 variation and may confer protection against potential future sarbecovirus pandemics.”（因此，针对新冠病毒优化诱导的人体分泌多克隆抗体应该足以应对将来可能发生的大量突变，并且对未来可能发生的潜在冠状病毒Sarbecovirus亚属大流行提供保护）

结果话音未落，

Omicron就横空出世……

果然是，

新冠爸爸专治各种不服

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下面进入喜闻乐见的飙数据环节。

——全球数据请品鉴：

不知不觉，咱已经跟进这个榜单有小十天时间了，

似乎足够勉强自己画点曲线图了……

——here we go：

↑ 这齐齐整整的指数增长曲线可还看得过眼？

然后，南非的数据今天还是跳过吧，

NICD的官方数据比较乱，看不球懂，

擅长解读的几位数据可视化鬼才又纷纷选择不碰周末版数据……

咱简单瞅一眼英国得了。

——请品鉴：

↑ 如上图，截止2021年12月4日的SGTF人数。

四舍五入的话，倍增时间差不多是三天~

（跟昨天全基因组测序算出来的数字一致）

或者说，就相当于有效再生数Rt=3.47……

所以前几天咱还推论说英国要等到12月底发生Delta和Omicron的死亡交叉呢，

现在看来，咱太乐观了……

需要再提前几天才行。

圣诞节好戏上演

但更让人焦虑的事实在于，

南非2.5~3天倍增一次，Rt过3，

英国也3天左右倍增一次，也Rt过3；

可是南非完全接种率才25%，

震中豪登省也不过32%~

而英国完全接种率逼近70%。

这是嘛情况？

这说明了啥？

算了，咱还是点到为止吧，

剩下的请各位自行脑补或者搜索~

AntiVaxxer的大锅咱真扛不动。

顺便八一句卦啊，

今天英国可是好不容易才保住确诊Omicron人数第一的宝座的……

中盘期间数次被丹麦反超啊我擦，

这竞争也忒激烈了

所以说，丹麦的曲线并不比英国的好看多少……

——请品鉴：

↑ 如上图，

各位感兴趣的话不妨自己口算倍增时间和Rt

问题在于，丹麦的完全接种率比英国还高……

——请品鉴：

↑ 如上图，从左到右从上到下分别是每100人接种剂数、至少接种一针的人口比例、完全接种率，以及第三针接种率。

红色曲线=英国、紫色曲线=丹麦，然后绿色曲线=南非。

所以……完全接种率77%（外加第三针接种率30%）的丹麦，和完全接种率68%（外加第三针接种率17%）的英国，以及完全接种率25%（外加第三针接种率零蛋）的南非，

为啥他们三家面对Omicron都差不多惨呢？

嗯嗯嗯？

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接下来，进入超级传播事件环节。

全世界发生的超级传播事件太多了……

已经没法逐条列举了，

又需要数据可视化鬼才出马了

——请品鉴：

Omicron相关超级传播事件一览，

纵轴是发生场景，横轴则是发生次数。

其中值得八卦一嘴的包括这些：

• 西班牙173位医务人员圣诞聚餐，已中招68人（还在增加）；
  
• 丹麦约150人圣诞聚餐，已中招55人（还在增加）；
  
• 挪威120人圣诞聚餐，已中招70人（然后邻座的还中招了50人）；
• 挪威和加拿大各有一个爬梯中招42人（还在增加）。

这罹患率……咱已经麻木了，谁爱算谁去算吧~

咱就等着12月底看好戏得了

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最后走两条不那么好笑的魔幻现实主义小笑话吧。

笑话一：

根据南非内鬼爆料，

Omicron变异株的发现人之一、

南非基因组测序工作带头人Tulio老师，

最近收到了大量死亡威胁

现在Tulio老师住所和实验室都已经有24小时警察保卫~

这就是所谓的：

【解决不了问题，就解决掉提出问题的人】吗？

笑话二：

前几天咱提到的路透社某造谣文章

果然在中文网络上刷屏了……

听说还登上了微博热搜~

（但咱微博被莫名其妙封号了，所以没法亲眼目睹）

——比如说这样的：

？？？

总之，对于这条谣言，

咱在知乎上写了个回答，

——是这个造型的：

没想到啊没想到，

咱的思路居然跟大佬撞衫了。

刚才牛津大佬Aris Katzourakis老师百忙之中写了篇论文辟谣（大误）

原文如下，

——请品鉴：

翻译成人话（可能并不需要）：

作者：Aris Katzourakis

标题：新冠病毒与普通感冒病毒发生重组的证据

提要：没有证据表明新冠病毒与普通感冒病毒发生了重组

介绍：我们检验了新冠病毒与普通感冒病毒发生重组的证据

方法：撸了几把BLAST（并做了点比对）……

结果：没有证据表明新冠病毒与普通感冒病毒发生了重组

结论：没有证据表明新冠病毒与普通感冒病毒发生了重组

怎么样，Katzourakis老师这学术八股文还搞得挺娴熟吧？

所以，造谣狗们，要不要撸个blast看看……