[变异毒株] 近期Omicron家族动态小结（印度特别篇）

Original 拍老师拍帮主

前言

各位早上好中午好下午好晚上好~

昨天临时有点业务，耽误了半天，说好的《近期Omicron家族动态小结》现在补上。

首先，让我们重温一下Pango命名法的一些冷知识和热知识。

针对新冠病毒，现在有四套命名法（其实不止）：

第一套是大伙儿最熟悉的WHO希腊字母系统，受众是新闻媒体和普通围观群众，优点是朗朗上口，缺点…除了上述优点之外其他都是缺点。并且现在这套体系也已经处于半荒废状态了，不提也罢；
第二套是reference strain系统，受众是病毒学家。优点是精确，缺点则是……这玩意儿是针对每个分离毒株命名的，而不是对整个株系命名的，所以没法建立起单个毒株之间的系统发育学意义的相互关联，并且reference strain名字通常都巨长无比，实在不适合大众传播；
第三套是nextstrain搞的clade系统，受众是病毒学家、流行病学家和大众通吃，优点是大家都能用，缺点则是针对不同变异株、不同分支的细分程度可能不够（当然这个其实也不算是缺点）；
第四套就是咱这边最经常用的pango系统。pango系统跟nextstrain clade系统其实理念挺接近，相互之间也有一定的可互换性。只不过区别在于，pango系统的细分程度更高，但相对地，分支数量也就更庞大。

举个例子，最早检出、分离并上传GISAID数据库的Omicron：

按照WHO希腊字母系统叫做Omicron；
按照reference strain系统叫做hCoV-19/Hong Kong/VM21044713-1/2021（是不是真的很难记…）；
按照nextstrain clade系统叫做21K；
按照pango系统则叫做BA.1。

——下面咱们简单复习一下pango系统的命名逻辑，请品鉴：

——一图秒懂：

↑ 手绘系统发生树，别嫌弃……以上是从B到AY.4.2.1的演化之路

——再举个更新鲜的例子得了：

以上是前几天刚刚得到命名的德国限量专供版BE.1.1变异株：

它的全称是B.1.1.529.5.3.1.1.1；
如上所述，每一个小节，都代表一次有显著流行病学意义的演化分支事件；
其中B.1.1.529就是元祖版Omicron；
然后为了避免名称冗长，B.1.1.529.5改名叫BA.5（其中"BA"代表"B.1.1.529"）；
再然后，又是为了避免名称冗长，BA.5.3.1.1改名叫BE.1（其中"BE"代表"BA.5.3.1.1"）；
综上，BE.1.1是BE.1下面的第一个子进化枝；
最后，BE.1.1的子毒株也已经提交了……新的字母称号可以说指日可待了

就问各位一句啊，卷不卷？卷不卷？

重温完pango系列的冷知识，下面终于可以正式开始本次更新。

太长不看版总结，截止2022年7月4日：

BA.1共有徒子徒孙56个；
BA.2共有徒子徒孙110个；
BA.4和BA.5共有徒子徒孙35个；
此外还有31个涉及到Omicron的重组株；
近期徒子徒孙们冒头的节奏明显开始加速；
详见附件的详表。

剪断截说，今次的更新，之所以取名叫《印度特别篇》，

是因为印度那边BA.2徒子徒孙们冒头的趋势，

开始出现各位大佬们没法理解的异动。

以至于印度媒体已经开始慌神了……

——比如说，请品鉴：

翻译成人话：

BA.2.75——印度发现的最新神秘子毒株，有可能具有免疫逃逸能力

——比如说，请再品鉴：

翻译成人话：

印度发现三种BA.2子毒株，专家称可能和当前确诊人数上升有关

上边儿《TOI》说的三种BA.2子毒株，

就是本次更新的重点——BA.2.74、BA.2.75和BA.2.76。

其中BA.2.75已经先行抢跑过了，详见：《BA.2.75，印度再次给力》~

（顺便豁个胖，以上又是全网抢跑速度最快的一篇）

为啥印媒们纷纷开始担心BA.2.75？

因为这货的造型真的很阴间……

——比如说，请品鉴：

以上是BA.2和BA.2.75之间的突变位点韦恩图，

一图秒懂，BA.2和BA.2.75一共有47个保守的氨基酸变异，

但同时BA.2.75多出了13个额外的氨基酸变异（外加S:R493Q回复突变，实际上应该是14个）~

——具体请品鉴：

这就是为啥，最早发现BA.2.75的Shay老师，

早在6月29号就上报了以色列卫生部~

现在这玩意儿已经是以色列的VUI了，

以色列再次领先全世界一共身位。

——有截图为证（独家内幕哦）：

翻译成人话：

Shay老师上周三（6月29号）表示：

这货是BA系列第一个真正的跃迁突变进化枝，并且序列数量还挺多了（其实并不是第一个）；

已经在印度的四个邦外加英国、德国、加麻大和纽村检出了；

一身的阴间突变！很焦虑！

对不起，俺等不起后知后觉的WHO了，俺今天已经上报给以色列卫生部了，这货已经是以色列的VUI了！

哦对了，根据另一个渠道的独家内幕，

帝国理工Wendy Barclay组于同一天订购了BA.2.75刺突蛋白的primer，

现在都开始搞中和测定了……

关于BA.2.75的详细八卦，后面咱们再继续跟进吧~

篇幅所限，现在转身聊其他几款变异株。

上边儿《TOI》一共提到了三款印度特产BA.2子毒株，

除了二师弟BA.2.75之外，还有大师兄BA.2.74和三师弟BA.2.76。

单纯看造型的话呢，BA.2.74和BA.2.76跟BA.2.75差远了，

各自只有两个额外氨基酸变异而已（为啥要说“只有”……）

但是，让我们再次插播一篇老文章~

——请品鉴：

详见：《近期Omicron家族动态小结》。

（插播完毕）

总之，根据上面的说法，现在的BA系列，只需要较少的突变，就足以实现有效免疫逃逸，

同时我们之前八卦过的BA.2.12.1也证明了这一点~

BA.2.12.1这货，靠着单个刺突蛋白RBD域突变（S:L452Q），

就让各种疫苗接种和既往感染带来的抗体中和活性成倍地跳了水……

而如今的BA.2.74具有额外的刺突蛋白双突变（S:R346T和S:L452M），

BA.2.76同样具有S:R346T（外加同样有免疫逃逸增益的NTD突变S:Y248N）。

并且，按照Bloom老师的计算器，

R346T正好是针对当前免疫地形的绝杀级别突变……

——请品鉴：

（BA.2.75拥有另一个绝杀级别突变：G446S）

所以情况就是这么一种情况。

大师兄和三师弟虽然各自只有两个额外突变，但刚好是可以点死穴的那种……

所以怪不得三哥要慌神儿啦。

并且吧，印度的问题可能还不止《TOI》提到的这仨兄弟~

——请再品鉴：

现如今的印度，有不下10种BA.2子毒株正在暗搓搓地流行，

并且每一种都攒了一堆突变，很多还是Bloom老师计算器榜上有名的阴间突变……

而最让人想不通的是，

上表的变异株里头，大概6-7种都有相对于BA.5的增长优势（印度境内，近三个月）

……

这可能就是为啥，BA.5正在全球各地来回肆虐，

英国那边的新增确诊数已然突破历史记录，

但在印度这边，BA.5却始终稳如老狗，

或者说在灭绝的边缘疯狂徘徊也行……

壮哉我大印度斯坦，板凳实力竟恐怖如斯！

最后，很多朋友在问，

印度这次会不会喜迎新一波爆发？

这问题咱真答不上来，

相信在座各位也没人答得上来……

但Shay老师敢于在BA.2.75只有20多条序列的时候就给丫升级成VUI，并不是在搞左倾冒险主义~

Shay老师最担心的是，

咱们长期以来念叨的所谓“第二阶偶发快速突变”（或者也可以粗略理解成……超级超级赛亚人），

它终于从偶尔冒个头的小概率事件，

变成了足以混到VUI地位的真正的全球威胁。

（详见：《Lambda的绝地反攻》）

而且吧，到了现在这种时候，

其实世界上每一个摆烂的地方，

都有可能诞生出BA.2.75这种前后踩中两次狗屎，前后经历两次偶发快速突变的怪物。

——比如说，请品鉴：

丹麦特产，阴间程度毫不逊色的BA.2.77了解一下？

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