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[抢个跑] 巴塞尔报告(第一期)

拍老师 拍帮主 2022-10-06


前言

各位早上好中午好下午好晚上好~话说咱有个基友Cornelius Roemer小哥,最近接了份兼职差事,给瑞士政府写全球范围值得关注的变异株周报来着。
正好大周末的咱想划水,所以恬着脸找他要了份底稿搬运过来,算是凑个日更呗~不过,划水归划水,信息量还是很足的,(划重点:超强重组株XAK醒目!)而且如果时间够的话,咱还打算再额外加点料…请各位仔细品鉴吧。


第一部分,当前流行株


——开门见山,请品鉴:

  • BA.5全球流行,而双胞胎BA.4的适应性稍差,所以很多地方都被挤得没影儿了;

  • BA.2.12.1在北美地区仍然占较大份额,但正在被BA.5快速替代;

  • 截止6月底,在全球各主要国家/地区,除BA.2.12.1之外的BA.2家族其他分支,大概都只能占到1%到10%左右的份额,但唯一的例外是印度——在印度,BA.2旗下的子分支(除BA.2.12.1外)仍然霸占90%份额;

  • BA.1只伴随持续感染病例偶尔出现。



第二部分,值得关注的变异株之BA.2.75
——请再品鉴:
  • 关于BA.2.75的基本介绍,咱们这边之前已经第一时间抢跑过了,这里直接跳过(延伸阅读:《BA.2.75,印度再次给力》);

  • BA.2.75已全球扩散,但目前在各国各地区的检出数量较少,且主要以输入病例为主,所以暂时还没法估算它的相对增长速度;

  • 目前已检出BA.2.75的国家/地区包括:印度、英国、美国、新西兰、日本、韩国、印尼、秘鲁、德国、以色列(法国输出)、荷兰、尼泊尔、中国、巴西(咱在Cornelius小哥的原文上加了点料…);

  • BA.2.75已经有子分支提交到Pango委员会,比原始版BA.2.75额外多出刺突蛋白突变D574V,并已外溢到日本、德国和加拿大(咱又擅自加料了…);

  • 最后独家抢个跑:BA.2.75即将喜提Nextstrain专属命名22D(玛德加料停不下来了…)


——BA.2.75增长速度,请品鉴:

↑ 截止昨晚上8点钟的数据,以上传日期计;

上图是BA.2.75在印度的增速,下图则是BA.2.75在除印度以外其他地区的增速;

以色列人英语捉急,请各位别介意那个错别字……




第三部分,其他值得关注的变异株
——请继续品鉴:

  • BA.2.76,印度特产,特征定义突变:刺突蛋白R346T、Y248N;

  • BA.2.38.1,印度特产,特征定义突变:刺突蛋白K417T、S247N、Y248S、K444N;

  • BA.4.6,美国特产(已在多米尼加共和国霸榜),特征定义突变:刺突蛋白R346T(又是R346T);

  • 为啥以上三个里面有两个的特征定义突变都是S:R346T?让咱们回顾一下Bloom老师的老图……


——请品鉴:

↑ 简单来说,以上刺突蛋白RBD位点的山峰越高,则免疫逃逸的潜力越强~

所以至今没被霸占的山峰里面,346基本算是数一数二的存在了……




第四部分,前沿动态,南非某多重重组株
——请接着品鉴:


这组重组株,咱们这边又一次提前抢跑过了……

详见这篇文章的最后部分:《近期变异株动态小结(印度·南非·特别篇)》


——请再品鉴:

↑ 以上是Cornelius小哥拜托Peacock老师做的重组分析,

其中绿色部分代表来自Delta(AY.45)的片段,

紫色部分则代表来自Omicron(BA.2)的片段。

C1和C2分别代表这组重组株的两个子分支~


——请继续品鉴:

↑ 以上是几种代表性变异株的刺突蛋白横向对比,

其中红框框出来的“NEW1”和"NEW2",就是南非这款最新阴间重组株的两个子分支,

然后横轴是刺突蛋白位点,横轴对应的字母则是某个变异株在该位点的氨基酸残基。




第五部分,前沿动态,德国BA.2/BA.1/BA.2多重重组株
——重点来了,请特别留意:

  • BA.2+BA.1+BA.2的多重重组株;

  • 刚刚喜提Pango正式命名:XAK(这条是咱加的料);

  • 最早在德国检出,已外溢欧洲多国,暂时有27条序列(截止现在已经飙到了60条序列…);

  • 刺突蛋白部分与BA.2.75严重撞衫……具体见下:I19T回复突变、24/26Del和A27也由于重组而搞丢了、69/70Del(跟BA.2.75撞衫)、R346K、K147E(又跟BA.2.75撞衫)、N460K(再次撞衫)、R493Q回复突变(又撞衫)……这趋同演化也是没谁了~


——总之,请品鉴:

↑ XAK的分布


——请再品鉴:

↑ XAK和BA.2.75的大型撞衫现场




第六部分,值得关注的BA.2热点突变
——请品鉴

↑ 这个不用翻译了吧……


以上,搬运完毕。

让我们感谢Cornelius Roemer小哥!


另外,各位,关注咱这三无公众号的福利终于体现出来了吧:

不花一分钱就能实时享受瑞士卫生部同款报告,

由巴塞尔大学学神Cornelius Roemer老师亲手打造(虽然就是个大杂烩),

由区区在下亲手翻译(同时还掺了一堆私货)~

这待遇,全网别无分店了啊可以说……

如果各位喜欢的话,

以后咱这边可以每周都来一期~




彩蛋,来自拍帮主的独家抢跑
——请品鉴

最后夹带一坨大号私货呗~

香港那边也养蛊大成,

憋出了BA.2.2的第二代变异株了……


——突变列表,请品鉴:

↑ 以上黄色高亮部分全是额外的突变~


具体来说:

  • 截止今天一共检出三条序列,分别来自三个不同的病例,由两家不同的实验室采样;

  • 这三条序列比原始版BA.2.2多出了32个核苷酸突变,包括17个氨基酸变异;

  • 其中9个变异发生在刺突蛋白——R78S, S255F, G339Y, N440R, L452R, R493Q(回复突变)、F565L, A942T, G1251R。


啦啦啦,香港鼻屎大的地方,不到1千万的人口,

半年时间就能养出上面这种造型的第二代变异株~

某地想不想也来试一发手气?




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