用shiny创作在线火山图绘制App

    转录组数据得到counts文件后，我们可以使用limma、DESeq2和edgeR等三款主流的差异分析软件做差异分析。然后可以对差异结果做各种分析和可视化展示，火山图就是展示差异基因数量和分布的一种形式，下面放一张一篇nature文献里的volcano plot：

    自己平时做到转录组下游数据分析，需要绘制火山图时，需要每次打开之前写的R脚本，然后修改代码绘制，感觉也挺麻烦的。于是学了一些R shiny相关的基础知识，把需要每次写代码的操作转化为用鼠标点点点 操作岂不是更方便，只要每次上传差异结果的数据不就行了。

    既然想了就上手实践起来，在网上也搜过曾经有徐州更大佬写过一个的小程序：

    画出来是这个样子，作者也提供了shiny的代码：

感觉挺不错的。

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下面该自己出手了，主要使用ggplot2包绘制的。

    想好大体的框架：

1. 上传数据

2. 绘制火山图

3. 绘制MA plot

4. 细节调整

5. 下载pdf图
   

6. 下载筛选数据

    基本框架好了就可以写代码一步步调试了，调试真是个激动（头疼）的过程，稍微不注意少个逗号或者括号就有bug了，不过第一次写会遇到各种各样的问题很正常，好事多磨。

    写好以后让实验室小伙伴尝试并给出建议，不断修改最终修改到如今的volcanoplot3.7 版本，此外在我带的小师妹的帮助下，写了一份简单的manual方便使用。

Note :

• 针对以上 b 点，有一个动态可视化火山图的界面，不过运行会比较慢一些，方便直接观察那个点是什么基因，比较nice。

• 针对以上 c 点，有一些文献会放一些这种MA plot的图，这种图主要可以观察差异基因的表达量分布的关系，我也加了进去，也可以下载pdf图。

• 针对以上 f 点，可以下载已经筛选出来的显著性上调、下调或者上下调的基因表格，当然也可以直接把差异结果在excel里筛选也可以。
  

    写完测试好功能后就是部署了，我选择部署在shinyapps.io ( https://www.shinyapps.io/ )官网上，注册后每个用户都有免费存放5个app的权限，如果存放更多就得升级了。

以下是具体付费情况：

    25个app 9美金/月,无限app 39美金/月 ,说多了就是数量（money）的问题，不够你也可以注册个五六个账号，这样你就有5x五六个账号的app了。

     下面展示以下我写的app画出来的效果，上面有了，来个动态显示的 :

tips :

当你用鼠标在每个图上移动的时候鼠标会变成+形状，你可以选取一个矩形区域，点submit后就能放大选中的区域。

• 那么这个volcanoplot的网址在：https://junjunlab.shinyapps.io/volcanoplot37/

• 登陆用户名：zhoulab，密码：2018。

    使用方法在manual 里都写了，大家不会的话就去里面看看。欢迎使用，也可以一起交流学习。

    以后麻麻再也不用担心我不会画火山图啦。