在线版shiny pheatmap！

    热图在各种文章中都很高频率的出现过，在生物相关的文章里主要是展示差异基因的表达量在不同分组或样本里的差异：

    在R里绘制热图的包很多，比较强大的有ComplexHeatmap、pheatmap等，他们的使用教程在网上都有很多，大家可以自己搜索使用。安装方式如下：

if (!requireNamespace(“BiocManager”, quietly=TRUE))
install.packages(“BiocManager”)
# 安装ComplexHeatmap
BiocManager::install("ComplexHeatmap")
# 安装pheatmap
install.packages("pheatmap")

    对于一般不太复杂的热图pheatmap基本可以搞定，像上面文章里的图是完全可以绘制出来的，绘制的数据格式一般是normalized 数据，可以是tpm或fpkm：

	sample1	sample2	sample3	sample4
gene1	expression	expression	expression	expression
gene2	expression	expression	expression	expression

    每次在R里画热图都得调代码上传数据，修改颜色也会麻烦一点，可以用shiny写个在线版的方便快速绘图，具体的参数可以参考pheatmap包的参考文档。

?pheatmap()

在线版pheatmap界面如下

这是登陆界面，账号和密码在我上一期中：用shiny在线创作火山图绘制App 

接下来是登陆之后的界面

    最上面有plot 和manual 选项，前者是画图，后者是使用说明，使用前最好先读一读参考手册。最左边板块主要是数据上传和参数调整，右边板块也是参数调整还有注释分组文件的上传，中间就是绘图区，顶部有四个选项：

分别是：

• 热图

• 上传数据

• 样本分组注释文件例子及上传数据

• 基因注释文件例子及上传数据

    我提供了20种颜色盘，可以根据喜好选择：

如果不喜欢还可以自己设定颜色，只要选中personalized：

    此外如果还上传基因和分组的注释文件，默认是采用包里分组的颜色，感觉不太好看，我们可以自定义颜色，直接把名字和颜色替换掉就可：

上传注释文件：

改颜色：

最后可以下载pdf格式的图：

最后看看我们可以绘制出这样的热图：

看着效果还不错吧

----------------------------------------------------------------

    这个在线版的参数设置包含了pheatmap大部分的参数，画热图基本已经足够，具体使用方法跟着manual做就行了。

    这个shiny程序的网址在 https://junjunlab.shinyapps.io/heatmap11/。

    欢迎大家使用和转发，您的点赞是对我的鼓励和肯定。