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听说你想把 spearman 和 pearson 展示在一张相关性热图里?

JunJunLab 老俊俊的生信笔记 2022-08-15


我是你成功路上的一块垫脚石

引言

前几天有人提到下面这张图怎么绘制:

图中上三角为 spearman 相关性系数,下半部分为 pearson 相关性系数。我们平常绘制的相关性热图一般展示的都是其中一种系数。这个图在一个热图里展示了两种还比较有意思。

今天来探索一下这张图。

画图

关键点:

  • 如何在对称矩阵里把上下两个三角矩阵的值替换为两种方法的相关性系数?

trick:

ggplot 绘制三角形相关性图

获取矩阵数据

这里我们拿内置数据集来研究:

# 加载数据集
data("mtcars")

# 计算pearson系数
dp <- cor(mtcars,method = 'pearson')
df = dp

# 计算spearman系数
dsp <- cor(mtcars,method = 'spearman')

# 清空df下三角数据
df[lower.tri(df,diag = F)] <- NA

现在合并两种系数到一个矩阵里:

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