基因 hclust 聚类并绘制聚类热图和表达趋势图

急促的都市生活啊

1前文

之前公众号的头像是自己 google 网上下载的照片,写公众号快半年来觉着应该给自己公众号头像设计一个属于自己的特色,于是今天画了一点时间设计了一下,当然不是专业的,哈哈:

大概意思呢是想让大家通过日常一点一滴的知识和经验积累,比如我今天在老俊俊公众号学习画了一个图,或者解决了其它相关的生信问题,然后慢慢的日积月累,通过这么多的练习和实践逐渐称为一名能收获硕果累累的生信人。然后也能帮助他人,传播生信知识这样子。

2引言

上次我们使用 Mfuzz 包对基因聚类并绘图,我们还可以使用最简单的聚类方法对基因聚类,这次我们使用 hclust 对基因聚类绘图。

可以绘制成一下这样子,此外看还可以做的是可以将感兴趣的 cluster 基因拿去做富集分析,然后在旁边标上重要的富集通路和基因:

下面我们来做这样的事情。

3hclust 聚类分析

还是使用上次的数据:

library(tidyverse)
library(reshape2)
library(ggplot2)
library(ggnewscale)
library(circlize)

# 读取数据
exps <- read.delim('c:/Users/admin/Desktop/protein_exp.txt',row.names = 1,header = T)

# 查看数据
head(exps,3)
          zygote  X2.cell  X4.cell  X8.cell    morula blastocyst
Oog4   1.3132282 1.237078 1.325978 1.262073 0.6549312  0.2067114
Psmd9  1.0917337 1.315989 1.174417 1.064756 0.8685598  0.4845448
Sephs2 0.9859232 1.201026 1.123076 1.084673 0.8878931  0.7174088

聚类: