Ribo-seq 数据质控研究-中

一生太短  一生好长

1引言

今天复现出下面这张图右边,当然也是 ribotsh 软件的质控结果:

• 展示的是不同 reads 长度的,三个 frame 与 start codon 和 stop codon 在不同距离的比例。
• 当然这张图也能显示出明显的 3nt 周期性 (Periodicity)。

2探索

我们需要每个转录本的 start codon 和 stop codon 的位置信息,数据还是上次分析出来的的df: