ggplot 绘制分半小提琴图+统计检验

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1引言

今天分享一个绘制 分半小提琴图 的代码,当然网上也有很多教程。

2数据

# devtools::install_github("psyteachr/introdataviz")
library(tidyverse)
library(ggpubr)
library(ggsci)
library(introdataviz)

df <- read.csv('YTHDF1_mRNA_pancan_dist.csv') %>%
  filter(tissue %in% c('ACC','BLCA','KICH','KIRC','PCPG','PRAD','READ','UCS'))

colnames(df)
# [1] "tpm"     "tissue"  "type2"   "sample"  "dataset"

# check
head(df)
#     tpm tissue  type2                  sample dataset
# 1 4.804   KIRC normal         TCGA-B2-5641-11    TCGA
# 2 4.333   READ normal GTEX-WQUQ-2526-SM-4MVNO    GTEX
# 3 4.583   PRAD  tumor         TCGA-EJ-7125-01    TCGA
# 4 4.485   PRAD  tumor         TCGA-KK-A7B3-01    TCGA
# 5 4.783   KIRC  tumor         TCGA-BP-4765-01    TCGA
# 6 3.806   KIRC  tumor         TCGA-CZ-5459-01    TCGA

3绘图

# plot
ggplot(df,aes(x = tissue,y = tpm,fill = type2)) +
  # split violin
  geom_split_violin(alpha = .5, trim = F,color = NA,width = 1) +
  # mean point
  stat_summary(fun = "mean", geom = "point",position = position_dodge(0.2)) +
  # errorbar
  stat_summary(fun.data = "mean_sd", geom = "errorbar", width = .15,
               size = 0.3,
               position = position_dodge(0.2)) +
  theme_bw(base_size = 16) +
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 90,color = 'black',hjust = 1),
        legend.position = 'top') +
  # scale_fill_brewer(palette = 'Set1') +
  scale_fill_jco(name = '') +
  ylim(1,8) +
  # 添加显著性标记
  stat_compare_means(aes(group=type2),
                     symnum.args=list(cutpoints = c(0, 0.001, 0.01, 0.05, 1),
                                      symbols = c("***", "**", "*", "NS")),label = "p.signif",
                     label.y = 7,size = 5)

4结尾

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