Julia 处理 bigWig 文件

Original JunJunLab 老俊俊的生信笔记 2022-08-17

收录于合集 #Julia学习笔记 14个

看不清你,也看不清我自己

1引言

今天分享 julia GenomicFeatures 中的 BigWig 模块,来读取和处理 bigwig 文件。

2安装

add BigWig

3介绍

也是三种基本类型:

Reader type: BigWig.Reader
Writer type: BigWig.Writer
Element type: BigWig.Record

示例:

# Import the BigWig module.
using GenomicFeatures

# 打开 bigwig 文件
reader = open(BigWig.Reader, "data.cov.bw")

# 迭代指定区间
for record in eachoverlap(reader, Interval("Chr2", 5001, 6000))
    # 提取起始和终止位置,及信号值
    startpos = BigWig.chromstart(record)
    endpos = BigWig.chromend(record)
    value = BigWig.value(record)
    # and do something...
end

# 关闭文件
close(reader)

BigWig.values 可以直接获取指定区间的信号值,返回的使 vector:

# Get values in Chr2:5001-6000 as a vector of 1000 elements.
BigWig.values(reader, Interval("Chr2", 5001, 6000))

逐行迭代所有的数据也可以:

reader = open(BigWig.Reader, "data.cov.bw")
for record in reader
    # ...
end
close(reader)

创建 bigwig 文件:

# Open an output file.
file = open("data.cov.bw", "w")

# Initialize a bigWig writer.
writer = BigWig.Writer(file, [("chr1", 2000), ("chr2", 1000)])

# Write records.
write(writer, ("chr1",   1, 100, 1.0))
write(writer, ("chr1", 101, 200, 2.1))
# ...
write(writer, ("chr2",  51, 150, 3.2))

# Close the writer (this closes the file, too).
close(writer)

可以获取数据的相关参数:

# 获取染色体名称及长度,返回元组
chromlist(reader::BigWig.Reader)::Vector{Tuple{String,Int}}
# 获取指定区间的信号值,返回向量
values(reader::BigWig.Reader, interval::Interval)::Vector{Float32}
# 获取染色体名称
chrom(record::Record)::String
# 获取染色体id
chromid(record::Record)::UInt32
# 获取起始位置
chromstart(record::Record)::Int
# 获取终止位置
chromend(record::Record)::Int
# 获取信号值
value(record::Record)::Float32