gggsea 个性化绘制 GSEA 图

就像傍晚夜色中的酒

1引言

分享一个没人关注的 R 包 gggsea, 基于 ggplot 绘图系统去绘制 GSEA 图形,方便更多的个性化调整和修饰。

github 地址:

https://github.com/NicolasH2/gggsea

2安装

devtools::install_github("nicolash2/gggsea")

3使用介绍

输入数据需要你的排序的基因和基因集:

library(gggsea)
library(ggplot2)

# the sorted vector must be a named!
# The names are gene IDs and the actual values are numbers (some metric, e.g. log2FC)
rl <- gggsea::myRankedlist

# check
head(rl)
# 23026     80380    114836     84168 103695366    126353
# 4.289487  4.142811  4.121009  3.995638  3.911376  3.911376

# this list must be named! Each list item is a vector of gene IDs
setlist <- gggsea::mySetlist

# check
# head(setlist)
# $KEGG_GLYCOLYSIS_GLUCONEOGENESIS
# [1] "55902"  "2645"   "5232"   "5230"   "5162"   "5160"   "5161"   "55276"  "7167"   "84532"  "2203"
# [12] "125"    "3099"   "126"    "3098"   "3101"   "127"    "5224"   "128"    "5223"   "124"    "230"
# [23] "501"    "92483"  "5313"   "160287" "2023"   "5315"   "5214"   "669"    "5106"   "5105"   "219"
# [34] "217"    "218"    "10327"  "8789"   "5213"   "5211"   "3948"   "2597"   "2027"   "2026"   "441531"
# [45] "131"    "130"    "3945"   "220"    "221"    "222"    "223"    "224"    "130589" "226"    "1738"
# [56] "1737"   "229"    "57818"  "3939"   "2538"   "5236"   "2821"
#
# $KEGG_FRUCTOSE_AND_MANNOSE_METABOLISM
# [1] "4351"   "5373"   "5372"   "8789"   "5213"   "2762"   "5210"   "5211"   "9107"   "7167"   "29085"
# [12] "5209"   "197258" "5208"   "8776"   "5207"   "57016"  "8790"   "3795"   "2203"   "8898"   "3099"
# [23] "3101"   "3098"   "226"    "230"    "229"    "9108"   "7264"   "231"    "6652"   "29926"  "5214"
# [34] "29925"

绘图:

# df needs the ranked list and a
df <- gseaCurve(rl, setlist)

# plot
ggplot() +
  geom_gsea(df)

修改主题:

# the number defines the textsize
ggplot2::ggplot() +
  geom_gsea(df) +
  theme_gsea(7)

添加统计指标:

这里是使用 fgsea 包来计算 NES 及 p 值 的:

gsea <- fgsea::fgsea(setlist, rl, nperm = 1000)
df2 <- gseaCurve(rl, setlist, gsea)

ggplot2::ggplot() +
  geom_gsea(df2) +
  theme_gsea(7)

自定义颜色:

# you can also set linesize and ticksize
ggplot2::ggplot() +
  geom_gsea(df2, linecolor=c("black","purple"),
            tickcolor=c("green", "cyan")) +
  theme_gsea(7)

添加水平线:

ggplot2::ggplot() +
  geom_gsea(df2, zeroline = T) +
  theme_gsea(7)

改变排列方式:

# you can also set ncol
ggplot2::ggplot() +
  geom_gsea(df2, nrow=2) +
  theme_gsea(7)

4结尾

大家感兴趣的可以去尝试一下。

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