首页
下载应用
提交文章
关于我们
🔥 热搜 🔥
1
百度
2
今日热点
3
微信公众平台
4
贴吧
5
opgg
6
dnf私服
7
百度贴吧
8
知乎
9
dnf公益服
10
百度傻逼
分类
社会
娱乐
国际
人权
科技
经济
其它
首页
下载应用
提交文章
关于我们
🔥
热搜
🔥
1
上海
2
习近平
3
新疆
4
鄂州父女瓜
5
乌鲁木齐
6
疫情
7
H工口小学生赛高
8
习明泽
9
芊川一笑图包
10
印尼排华
分类
社会
娱乐
国际
人权
科技
经济
其它
这样的洞庭湖决堤,实在让人同情不起来
李尚福、魏凤和双双被拿下,与美国一份报告是否有关?
抗洪靠嘴,堵漏靠沙?印度官员真是绝了!
有的人走了,却永远活着
圈内疯传某谣言
生成图片,分享到微信朋友圈
2022年10月17日
2022年11月2日
2022年12月24日
2022年12月24日
2022年12月25日
2022年12月25日
2022年12月26日
2022年12月26日
2022年12月27日
2022年12月27日
2022年12月28日
2022年12月28日
2022年12月29日
2022年12月29日
2022年12月30日
查看原文
其他
MS入门手册(11):Materials Studio晶体结构点缺陷建模:无序固溶体
Ravi
MS杨站长
2022-10-17
本文为杨站长技术团队制作的《Materials Studio入门手册》第11篇,本教程旨在从零开始带大家入门MS软件,文末可下载更多学习资料。
关于MS软件、答疑等,可加入QQ交流群提问:915466022
MS入门手册(1):Materials Studio全模块功能介绍!
MS入门手册(2):量子力学、分子力学、介观模拟方法,各模块重点介绍!
MS入门手册(3):Materials Studio软件中所有的输入输出文件及其作用
MS入门手册(4):Materials Studio文件和目录的建立、打开、关闭、命名/重命名、拷贝、移动和删除【建议收藏,方便日后查看】
MS入门手册(5):Materials Studio制作高质量科技论文图片!
MS入门手册(6):Materials Studio制作清晰形象的动画,生动演示分子动力学过程
MS入门手册(7):3分钟学会催化/电池等领域的MXene结构的建模方法!
MS入门手册(8):Materials Studio导入晶体结构和调整显示方式
MS入门手册(9):Materials Studio建模之原胞与晶胞的小知识
MS入门手册(10):Materials Studio从无到有建立晶体结构
大家好,上次用过的ZrO
2
晶体结构模型没有删掉吧?另外导入金刚石晶体结构也完全没问题的吧?
在今天的课程之前给大家一个小任务,大家请打开上次的ZrO
2
晶体结构模型,然后利用各种显示设置将显示方式调整成下图中的样子。
调整显示方式后
大家都做到了吗,做到的小伙伴请挥起您的小手。如果还是有些困难,那就看一看上一次的教程,再认真复习一下哦,每一次的内容都要认真消化,相信每个小伙伴都是勤奋好学的好孩子。
上一次,我们利用MS Visualizer中的建立晶体工具建立了一个ZrO
2
晶体结构模型,今天就要履行某一次(已经忘记了是哪一次)的承诺,把它变成一个Y
0.15
Zr
0.85
O
2
晶体模型。
好多小伙伴看到这个化学式已经惊呆了,这个原子比例,要多么复杂庞大的体系才能够完成啊?其实不用担心,跟我一起来,就会知道MS的神奇之处。
另外,我们还要对于晶体结构的各种点缺陷进行建模。
点缺陷是什么?这个问题需要请教晶体学相关的知识来帮忙,空位、间隙、取代属于最常见的点缺陷,其实Y
0.15
Zr
0.85
O
2
的结构也相当于一种取代掺杂。
当然,关于点缺陷的分类非常多,下一次我们还会相关基础知识进行更加详细的讲解,对理论性和复杂的问题进行说明。
继续操作刚才的ZrO
2
晶体模型,这次我们不再添加新的原子,而是要借助Properties区域,对Zr原子的某个性质加以改变,这个性质就是——IsMixtureAtom(是否是杂化原子)。
首先我们选中一个Zr原子,实际上这么热热闹闹的ZrO
2
晶体模型,有几个Zr原子呢?
大家谁能回答一下?答案是只有4个,顶角一个,虽然显示8个原子,但是每个原子只有八分之一属于这个晶胞,面心3个,6个面心位置但是每个面心原子只有一半属于这个晶胞,所以一共有4个Zr原子,另外有8个O原子。
但是实际上由于对称性的限制,所有Zr原子和O原子全都是处于相同环境的,不信您可以删除一个试试,所有的Zr或者O原子都会不见。这就是为什么我们只要选择一个Zr原子就可以改变所有Zr原子的性质。
现在我们选中一个Zr原子,双击IsMixtureAtom性质的No,就会弹出一个对话框,可以编辑杂化原子的性质。这个原子仅由一种元素Zr组成,其比例是100%。我们只需要把它变成由Zr和Y两种元素组成,比例分别为85%和15%就可以了。
这是一种形成无序固溶体,如果要形成合金等有序固溶体,就要使用其他的方法,扩大晶胞是必不可少的,我们之后的课程会涉及到。
对于原子改变IsMixtureAtom性质
我们来继续进行,首先改变Zr的元素比例
,单击Edit按钮,在弹出的对话框中将成分比例改为85%。
再添加Y元素,单击Add按钮,“…”按钮可以打开元素周期表,选择Y元素,并将其成分比例改为15%,选择OK,现在我们就把性质修改好了,这样就得到了一个Y
0.15
Zr
0.85
O
2
晶体模型,是不是很神奇呢?
添加元素
让我们来看看最终的效果吧。
晶体结构看起来和之前并没有什么区别,但是可以注意到,在Properties区域中,对于原子的性质,有两个性质发生了改变。
首先是Composition(组成),变成了Zr, 0.85; Y, 0.15,另外就是IsMixtureAtom性质从No变成了Yes,提示我们现在的Zr原子已经不是原来的那个Zr原子了,它有85%的可能性是Zr原子,另外有15%可能性是Y原子。
原子杂化后改变的性质
至此,我们今天的工作就结束了,对于形成无序固溶体,我们都可以按照这种方式进行建模,对于有序固溶体,我们就需要按照其晶体结构,当成一个新的晶体模型进行建模了。
这两种操作方式其实都在杨站长的MS建模特训营中详细讲解过
:
https://www.bilibili.com/video/BV1gW4y1v7BH?p=2&vd_source=2dcd596eaec39bf93a707fdfe0998f96
无序固溶体的性质计算,需要用到
虚晶近似
的方法,这也是CASTEP中特有的方法。它能帮我们极大地减少计算量,但也有它的缺点,具体请看:
在最后,我们留一个小问题进行思考
:在还原气氛中,金红石(TiO
2
)的一半Ti
4+
离子变成了Ti
3+
离子,假设我们将其被还原原子位置认为是无序的,可以怎样进行建模呢?下次我们将解决这个问题,请期待下次的见面吧。
《MS入门手册》针对完全零基础的学员设计,约100篇文章,紧跟杨站长,学会计算,拿下顶刊!
配合杨老师录制的MS视频食用,效果更佳!
共120+视频,关注量10000,包含建模与计算特训营(长)+官方教程指导(长)+新手避坑指南100讲(短),并依大家需求不断更新。3分钟解决一个计算难题,1小时搞定一张SCI插图!扫描下方二维码或点击B站链接:https://space.bilibili.com/669166168
同时杨站长提供了大量学习资料,大家可以学习和下载,包括官方手册以及对应视频教程等。
Materials Studio
学习资料下载
下载链接!1万个晶体结构CIF文件:MOF、MXenes、催化、电池、二维材料、钙钛矿、金属、纳米管等
下载链接!2.5小时能带理论课程:能带态密度、截断能、k空间、倒空间实空间,晶体点阵、傅里叶变换、第一布里渊区
下载链接!《基于DFT的第一性原理计算方法简介》344页课件!
下载链接!《330页量子化学计算精华课件》:21款常用软件、10类电子结构计算、4大计算化学理论、VASP入门精讲!
下载链接!36小时Materials Studio视频:建模、自由能、过渡态、吸附能、结合能、能带、态密度、光学、声子、溶剂化等
下载链接!746页Materials Studio官方手册、中文版、答疑手册!
Materials Studio
MS入门捷径
为了让科研党尽快上手Materials Studio并发表高档次文章,华算科技杨站长原创设计并经过多次迭代优化,推出了MS系列课程。
结合案例深入浅出,带大家从入门到进阶,手把手带你扎扎实实、快速入门DFT理论计算!
学员利用课上所学已发表Angew.、AM、AEM、Nature子刊、New Journal of Chemistry、Applied Surface Science等顶刊文章。
报名方式:
识别下方二维码报名,或者联系手机:18126387652。
👇👇
扫描二维码,立即报名
👇👇
👆👆
电话:
18126387652
👆👆
点击阅读原文,提交计算需求!
您可能也对以下帖子感兴趣
{{{title}}}
文章有问题?点此查看未经处理的缓存