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MS入门手册(26):Materials Studio建模 — 六方晶系晶体界面

MS杨站长团队 MS杨站长 2022-11-21

本文为杨站长技术团队制作的《Materials Studio入门手册》第26篇,共约100篇。本教程旨在从零开始带大家入门MS软件,文末可下载更多学习资料。紧跟杨站长,学会计算,拿下顶刊!
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MS入门手册(13):Materials Studio晶体点缺陷建模:空位
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MS入门手册(20):Materials Studio表面建模之吸附位置的精确控制

MS入门手册(21):Materials Studio表面建模之分子位置的精确控制

MS入门手册(22):简单界面模型的建立

MS入门手册(23):Materials Studio建模 — 界面模型中原子的固定

MS入门手册(24):Materials Studio建模 — 晶格失配度较大的界面:超胞模型

MS入门手册(25):Materials Studio建模 — 晶格失配度较大的界面:根号模型

之前的几次我们一直集中在界面模型的建立上,给出了从简单的晶格常数匹配的界面到较为复杂的晶格失配度较大的界面模型建立的解决方案。

但是之前我们涉及的晶体都是立方晶系的晶体,如果要是有六方晶系和立方晶系的晶体混合组成界面,应该怎么处理呢?

很多晶体都是六方晶系的,比如说比较常用作为衬底材料的蓝宝石Al2O3。之前曾经说到过对于六方晶体,不再是原胞和惯用胞两种显示方式,而是三方晶系和六方晶系两种方式,在几何优化之前可以将其显示为三方晶系,从而减少计算量,还记得怎样操作吗?如果忘记了,小MS提示一下,修改的方式在这里↓↓

六方晶系的三方表示和六方表示

实际上对于六方晶系,其能与立方晶系的(100)晶面进行匹配的一般是(1120),而(0001)面一般与切割后成菱形的(111)面进行匹配,如果假设我们想要使用夹角呈现90°而非60°和120°的(0001)晶面,可以使用Redefine Lattice方法将六方晶系变成正交晶系,从而更容易地进行之后的处理。该功能在菜单栏中的Build-Symmetry-Redefine Lattice,即可弹出重新定义晶格对话框。

Redefine Lattice对话框

如何定义A、B、C三个方向向量呢,我们可以按照图中所示,设置A[2 1 0]、B[0 1 0]、C[0 0 1]即可,实际上相当于只改变了顶面的向量方向,可以借助下图进行说明。新的向量相当于在X轴上的[2 0 0]和在Y轴上的[0 1 0]两个向量之和,我们可以借助这样的方向转化,得到新的正交晶系晶胞,如图中蓝框所示。

向量的选取示意图

重新定义晶格后得到的正交晶胞

对于这样的正交晶胞如果再进行表面的切割等操作,就可能比较容易形成晶格常数的匹配,如果遇到类似的问题可以进行这样的尝试。

接下来我们解答一下之前留言区提出的问题,建立Fe2O3/石墨烯界面。可能会注意到,留言区提出的是复合材料,但是对于复合材料,我们所研究的其实就是界面的问题,因此复合材料的问题大部分可以以界面表示。当然还有一些情况研究的是溶剂、增强、纤维拔出等问题,有些微观情况可以使用MS进行计算(较大的体系可以使用分子力学模块进行),一些涉及到复合材料力学的宏观情况,甚至可能需要使用有限元软件进行计算,相信如果学过复合材料力学这门课的小伙伴会比较熟悉,有很多比较宏观的叠层问题,甚至都是按照两个叠层的平均情况进行考虑的。

首先仍然是导入Fe2O3和石墨烯的结构文件,分别在metal-oxides和ceramics(graphite.msi,graphite是石墨,一层的石墨就是石墨烯,老铁没毛病,结构里有两层,建立表面模型用一层就好了)子文件夹中。

导入Fe2O3和石墨烯结构文件

另外Example-Documents-3D Model文件夹下有一个石墨烯晶体结构文件Graphene.xsd,是正交晶系的,长这样↓↓,估计和六方晶系的Fe2O3匹配起来有些许困难。

Graphene.xsd文件中的晶体结构

重新回到刚刚的晶体,看一下它们的晶格常数,基本上相差两倍,非常完美,所以我们就可以切表面了。之前的教程中提到过对于六方晶系切割表面的问题,只需要按照三坐标形式,对于四坐标表示的(a1 a2 a3 c)按照(a1 a2 c)形式即可,也就是我们如果需要切割(0001)表面,则在切割表面hkl位置输入(0 0 1)。

切割的Fe2O3 (001)表面

切割石墨烯的时候,注意U、V值是刚才的两倍,同时Surface Box选项卡中Thickness值为最低0.75,这时切出来的表面就只有一层了。

切割的石墨烯 (001)表面

这就是切好的两个表面,希望小伙伴们也跟着做到这个步骤,它们的晶体结构和晶格常数都匹配的比较完美,作为衬底的Fe2O3层数比较多,石墨烯是单层结构。

两种表面结构模型

接下来我们就可以使用之前的方式将这两种表面结合成界面模型,再进行各种后续处理(添加真空层、原子位置移动和固定、寻找对称性等),就完成了Fe2O3/石墨烯界面结构模型的建立。

Fe2O3/石墨烯界面结构模型

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