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MS入门手册(44):Materials Studio建模均聚物添加支链

Ravi MS杨站长 2022-12-12

本文为杨站长技术团队制作的《Materials Studio入门手册》第44篇,共约100篇。本教程旨在从零开始带大家入门MS软件,文末可下载更多学习资料。紧跟杨站长,学会计算,拿下顶刊!
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MS入门手册(41):Materials Studio有机环状结构的绘制与均聚物模型的搭建

MS入门手册(42):Materials Studio等规度的概念

MS入门手册(43):Materials Studio等规度的概念均聚物的等规度和扭转角设置

大家有什么想法,可以进群讨论:

上次我们说到了很多关于均聚物建模的问题,只有最后一个Branches选项卡还没有进行介绍,这个选项卡中只有一个选项,但是小伙伴可能会发现,只要勾选了这个选项就会弹出错误提示,告诉我们还没有支链连接点,没有办法在聚合物中加入支链,让我们可以:

1)不勾选这个选项,那就转化成了之前的建立均聚物的问题,但是我们如果就是想要支链的话,也可以有解决方案

2)在建立支链之前,在支链连接点对话框中设置支链连接点,今天我们就讲讲这个方法如何操作。

要设置支链连接点,就需要有一个主链,所以我们首先利用均聚物工具建立一个主链结构,复习下之前学习的内容。

在Polymerize选项卡中设置单体为丙烯酸(百度了一下,所以我发现自己前面几次都说了些什么啊,氨基?简直要咬掉自己的的舌头,所以如果遇到自己不熟悉的知识领域千万不要像小MS一样想当然,要先确定了之后再说,不然会打脸,啪啪的),建立一个链长为10个重复单元的高分子链,等规度为全同异构;

在Advanced选项卡中设置取向为头尾端相接,首端和末端不连接其他基团,扭矩为180°,单击Build按钮,之后再利用Align选项

将结构沿着左右方向排列,并利用Clean工具对结构进行初步优化。

建立一个聚丙烯酸均聚物
接下来我们就要设置支链连接点了,在菜单栏中Build-Build Polymers-Branch Points选项。
支链连接点选项
就会打开一个叫做Branch Points(支链连接点)的对话框,可以在其中设置支链连接点,我们在主链上选中一个C原子,并单击Create按钮,就可以创建一个连接点,创建了连接点之后,单击Delete按钮,这个连接点就会被删除。
当我们创建了支链连接点,这些连接点的原子就会被记号标记出来,可以通过连接点标记部分的Display/Hide按钮显示或隐藏标记。
建立支链连接点
现在我们再在设置了支链连接点的结构上就可以连接支链了,要保持刚刚设置了连接点的这个结构文件为激活状态,打开建立均聚物模型对话框。
这里选择了单体为乙烯(ethylene),链长为1,其他设置不变,在Branches选项卡中勾选“在支链连接点连接建立的高分子链”选项。
将聚合物连接到支链连接点
这时再单击Build按钮,就会发现支链连接点的位置连接了一个乙烯分子,不过是每个连接点上连接了两个。
这也很正常,毕竟原本每个连接点上有两个H,就都被新的支链基团取代了。
新的聚合物被连接到支链连接点
如果只想连接一个支链,就提前删掉一个H就可以了,毕竟之后只要使用加氢工具,就可以很方便的把H原子加回来。
只想加一个支链
所以现在我们就可以随心所欲的定义支链了(仿佛是的),但是我们可能还是会发现一些其他问题,特别是支链连接点Branch Points对话框还有若干个没有进行解释的功能。
比如在Branch points specification中的Representative选项,以及刚刚的那个问题,其实可以以另一种更加智能的方式加以解决(每次自行添加保护基团是不是有点像是实验了,软件一定会有更好的办法的)。
另外,我们还有一个比较重要的概念,叫做steric panalty(空间惩罚?),这个是一个比较有趣的功能,它在哪里?又怎样设置?今天就到这里,让我们留个悬念,下一次我们再为大家揭开谜底。

Materials Studio

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Materials Studio

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