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MS入门手册(49):Materials Studio无规共聚物的增殖方法—概率

Ravi MS杨站长 2022-12-12
本文为杨站长技术团队制作的《MaterialsStudio入门手册》第49篇,共约100篇。本教程旨在从零开始带大家入门MS软件,文末可下载更多学习资料。紧跟杨站长,学会计算,拿下顶刊!
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MS入门手册(21):Materials Studio表面建模之分子位置的精确控制
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MS入门手册(23):Materials Studio建模 — 界面模型中原子的固定
MS入门手册(24):Materials Studio建模 — 晶格失配度较大的界面:超胞模型
MS入门手册(25):Materials Studio建模 — 晶格失配度较大的界面:根号模型
MS入门手册(26):Materials Studio建模 — 六方晶系晶体界面
MS入门手册(27):Materials Studio建模界面模型的原子堆叠问题
MS入门手册(28):Materials Studio建模 — 孪晶界面的建立
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MS入门手册(33):Materials Studio建模 — 纳米线
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MS入门手册(36):Materials Studio建模周期性相关问题
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MS入门手册(38):Materials Studio组合模型的搭建(2)
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MS入门手册(40):Materials Studio建模有机物分子结构模型的绘制

MS入门手册(41):Materials Studio有机环状结构的绘制与均聚物模型的搭建

MS入门手册(42):Materials Studio等规度的概念

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MS入门手册(44):Materials Studio均聚物添加支链
MS入门手册(45):Materials Studio代表性支链连接点与空间惩罚
MS入门手册(46):Materials Studio嵌段共聚物模型的搭建
MS入门手册(47):Materials Studio嵌段共聚物:扭转角与支链
MS入门手册(48):Materials Studio无规共聚物模型的建立

大家有什么想法,可以进群讨论:

上次我们讲到无规共聚物的概念,无规共聚物是一种类似统计学的概念,实际上是类似于规定了某种单体所占的比例,即为每一个位置出现这种单体的可能性,下一个位置可能出现,也可能不出现该单体,这是随机的,但如果统计整个有机物,每种单体所占的比例与该单体在反应物中的浓度是近似或严格(如果选择了Force concentrations)相等的。
上次教程的最后,我们说到关于无规共聚物增殖的问题(其实也就是每次下一个单体如何连接,因为每连接一个新单体就相当于有机物链长增长),在Polymerize选项卡中有两个增殖方法可选项,同时对应了有Probabilities(概率)和Reactivity Ratios(竞聚率)两个不同的选项卡。这次的教程我们主要说Probabilities(概率)。

图1. 聚合物增殖方式设置及相应选项卡
当我们选择了一种增殖方法,如Probabilities之后,打开对应的选项卡Probabilities,就可以发现这个选项卡最主体的部分是由一个2×2的矩阵组成的(这实际上是因为我们只选择了两种单体,如果选择了三种单体,就是3×3的矩阵,以此类推),那这个矩阵中的数值是什么意思呢?

图2. 可能性矩阵
这些数值实际上是一个概率,在Probabilities选项卡中可以定义和修改反应概率,概率以矩阵形式显示。矩阵的行表示哪个重复单元位于链的增长端,列表示要添加的下一个重复单元(也就是这个有机物现在要变长了,那我就先看看刚刚链上生长了什么东西,比如生长了单体A,那下一个单体是生长A还是B呢,就要根据这个概率决定),概率范围为任何大于0.0且小于或等于1.0的实数,一行的概率总和必须为1.0。要编辑现有的概率参数,可单击相应的矩阵单元格并键入新值。
所以概率矩阵的意思是什么呢,其实就是如果上一个重复单元为A,下一个单元是A、B、C……的可能性。比如这里有两种重复单元,就是2×2的矩阵(如果是三种就是3×3),图中标示出单元格其位置为的矩阵的行是聚乙烯,列是聚乙烯,也就是如果聚乙烯单元位于链的增长端,比如2、3、5、7……(黑色数字),则下一个单体仍然是聚乙烯的可能性是0.1(第一行第二列中的0.9表示如果前一个单体是聚乙烯,下一个单体是丙烯酸的可能性是0.9,第二行第一、二列中的0.9、0.1分别表示如果前一个单体是丙烯酸,下一个单体是聚乙烯、丙烯酸的可能性分别为0.9、0.1),因此最终的构型中,这两种单体几乎是交错的(但是相同单体连在一起的可能性还是有的,比如2、3位置都是丙烯酸)。

图3. 概率矩阵的含义
刚才说到,如果在聚合物中有三种不同的单体,就会形成3×3的矩阵,也就是,如果刚刚生长了聚乙烯(或丙烯酸、或尿素),下一个单体是聚乙烯、丙烯酸、尿素的概率都要分别定义,也因此要求每一行数值加在一起总和要为1,矩阵的每个元素数值在0~1之间,默认值表示完全无规的情况(也就是下一个单体是任何一种的可能性均为1/3),如果我们要求不能够有两个相邻的单体相同,另两种单体的概率是一样的(也就是,如果刚刚生长了一个聚乙烯,下一个单体不可能是聚乙烯,是丙烯酸和尿素的概率均为0.5),应该如何修改矩阵中各个元素的值呢?大家给出的答案和小MS是否一致?(对角线上的值为0,其他位置的值均为0.5,如下图)

图4. 一个符合要求的无规共聚物
这次教程我们对条件反应概率(Possibilities)的无规共聚物链增殖方法进行了介绍,可以看到还有另一种增殖方法——Reactivity Ratios(反应比率,也叫竞聚率),下次的教程我们就要对这种方法进行比较详细的讲解。

Materials Studio

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