MS入门手册（54）：Materials Studio建立相似结构的分子模型

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我们已经讲解完了Build Polymers菜单里的所有工具（对于菜单栏中工具的“清扫”，我们将在之后专门开个小专题，如果有之前没讲过的功能，会在专题中进行说明，讲过的功能也会告诉大家在哪个教程里出现过），翻翻Build菜单，发现Build Polymers和Build Nanostructure（这个之前在讲低维结构模型建立的时候，其中的小工具已经全部讲完了）中间有一个不太起眼的Build Analogs选项，这个是用来做什么的呢？它允许您使用Markush样式的枚举创建一组类似的分子，今天我们就稍微对这个工具进行一些说明吧。我们单击这个选项，打开Build Analogs对话框。

打开Build Analogs对话框

Build Analogs对话框包含以下选项卡：

内核（Core）：允许您选择要使用的内核结构并定义这些内核上的连接点。

片段（Fragment）：允许您指定要连接到每个内核结构的连接点上的片段。

选项（Option）：允许您选择如何命名和显示这些类似结构，并提供一些额外的处理步骤。

我们以实例来对这几个对话框的相应功能进行说明，首先导入（或绘制）苯和乙烷结构，作为内核结构（实际上可以认为是含有支链结构的高分子的主链，或者树枝状大分子的内核）。在Core选项卡中Core一列的下拉菜单中进行选择相应的结构文件（注意，这里必须是非周期性的结构才能够作为内核，如果是周期性结构，需要利用Build→Symmetry选项中的Unbuild Crystal或者Nonperiodic Superstructure选项变成非周期性结构，才能够选为内核），将苯和乙烷都各自添加到列表中，设置为内核。如果有想要删除的结构，仍然是在列表中选中之后按下键盘上的Delete键。

之后再定义连接点（Define connect point group），连接点必须是终端原子（仅连接一个化学键），并且以单键和其他原子相连，连接点会按照顺序直接被命名为R1、R2、R3……（也可以自己命名，必须为R1~R999），选中一个（或同时选中多个，这些连接点会被直接定义为一组，即连接相同的支链结构）原子之后，直接单击名称后的Set按钮，原子外面将有一个标记将其框住，并显示连接点的名字。每次设置了新的连接点组，将实时更新列表中的“CPG数量”列，以显示已为每个结构定义的连接点组数，下图中的参数设置给苯环添加3组连接点。

苯环添加3组连接点

再给乙烷添加两组连接点。

乙烷添加两组连接点

每个符合连接点定义条件的原子只能属于某一个组，如果选中的原子之前已定义了连接点组，则将被重新定义为新的组。类似地，如果任何选定的原子被定义为另一个连接点组的一部分，它们将从上一个组中移除并添加到新的组中。在定义构建过程的输入和参数时，Total analogs字段将不断更新，其为使用当前设置枚举可以生成的类似分子的数量。

接下来我们进入Fragment选项卡，在这里可以创建要连接在内核上的片段，并通过依次遍历每个连接点组的可用片段来创建一组类似分子。这个选项卡的主体部分有两个列表和三个选项。左侧列表（连接点组）列出在每个核心上定义的连接点组，列表中以粗体显示了没有关联片段的连接点组。双击连接点组可打开“选择片段（Choose Fragments）”对话框，为每个连接点组添加连接片段。连接点组在列表中分组的方式取决于所选择的组合方式（即最下方的三个选项）。

右侧的列表“已选定的片段”（Selected fragments）是选定连接点组将要添加的片段，双击列表中的任何项目均可打开“选择片段（Choose Fragments）”对话框，从列表中添加或删除片段。如果要从列表中快速删除一项，也可以选择该项，并按Delete键。

先默认下面的三个选项为第一项（所有连接点组分开表示“All groups separate”），为苯的R1连接点添加两个关联片段。双击该连接点组，打开Choose Fragments对话框，在可选片段（“Available fragments”）列表中，选择Amino Acids目录下的ala和arg两个片段，分别单击“>”按钮，加入到右侧的已选片段（“Selected fragments”）列表中，单击OK按钮。

为连接点组添加片段

此时又回到了Build Analogs对话框，就会发现第一个连接点组不再加粗显示，并且右侧的已选片段列表中，出现了刚才所选的片段。此时单击最下方的Build按钮，就会出现一个研究表，其中枚举了所有符合的结构（类似结构）。

枚举了所有类似物的研究表

对于Build Analogs工具，我们还有一些内容有待讲解，于是就，下次再见吧。

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