Materials Studio建模教程-1：自动保存、导入结构、生成图表文档、创建文件夹并移动文档、添加和重命名HTML文档等
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目的：介绍Materials Studio中工程的概念，并介绍使用工程管理工作流的方法。
所用模块：Materials Visualizer、Reflex
背景
当运行高级操作（如Forcite和CASTEP计算任务）时，可以生成具有多种不同文档类型的文档。为了简化这些文档的管理，Materials Studio具有一个名为Project Explorer的功能。这类似于高级编程语言包（如Visual C++ ®）中的文档管理系统。除了程序自动创建的文件夹和文档外，还可以自行创建文件夹来自定义文档组织方式，或自行创建文档，帮助跟踪正在执行的操作。
介绍
本教程分为两部分。第一部分描述了一个示例工程，在该工程中，可以看到执行计算（如能量最小化）对工程结构的影响。后面的部分将介绍创建自己的工程。由于工程的操作是使用Materials Studio软件的一个重要部分，因此在其他教程中也会参考该教程中的操作。
本教程包括如下部分：
-示例工程的图解分析
-开始
-使用自动保存功能
-导入结构
-生成图表文档
-创建新文件夹并移动文档
-添加和重命名HTML文档
-向已有文件夹中导入文件
-复制粘贴
-保存工程
-对工程进行排序
-改变当前文档
-删除文档
注意：本教程的一些部分需要使用Reflex模块。
1、示例工程的图解分析
本教程的这一部分包括一个示例工程的分解。它仅用于说明工程的使用方式，不需要完成任何操作。在此示例工程中，已加载并优化了间二甲苯分子，然后进行了动力学运行，并对动力学运行的结果进行了分析。本部分将该工程分解，并反映每个步骤对Project Explorer所做的更改。
1）最初的工程名为sample，其中导入了间二甲苯结构文件。
2）在进行了Forcite几何优化后，将创建一个名为m-xylene Forcite GeomOpt的新文件夹，并将能量最小化的结构放置在该文件夹中。m-xylene.txt文档包含Forcite计算结果信息。
3）进行了Forcite动力学计算，并将数据存储于m-xylene Forcite Dynamics文件夹。m-xylene.xtd是动力学仿真过程的轨迹文件。
4）进行结果分析，以评估整个动力学运行中的键长分布。该信息存储在高亮显示的m-xylene Forcite Bond Distribution.xcd文件中。
这是标准计算的布局。在对以前计算的结果执行每个新计算时，将向文件目录中添加一个子文件夹。这允许按照目录树中的实验路径进行操作。如果要在同一个工程中构建并最小化第二个分子结构，将看到示例工程sample的根目录中出现第二个目录树。
注意：包含当前文档的文件夹以粗体显示。
现在，可以继续创建自己的工程。
2、开始
如果Materials Studio还没有打开，双击桌面上的Materials Studio图标
Materials Studio启动后，将打开Welcome to Materials Studio对话框，询问是要打开现有工程还是创建新工程。
单击Create a new project单选按钮，然后单击OK按钮。
这将打开New Project对话框。创建一个名为Management的工程。
删除文本Untitled，输入Management。单击OK按钮。
如果Materials Studio已打开：
从菜单栏中选择File | New Project...，打开New Project对话框。在File name文本框中，输入Management，单击OK按钮。
现在，已经创建了Materials Studio工程。Materials Studio将打开，顶部为菜单栏和工具栏，左侧是Project Explorer，中间有一个很大的灰色区域，称为工作区。在Materials Studio图标旁边，名为Project的工程资源管理器（Project Explorer）窗口中，以粗体显示工程的标题Management。
注意：为了和本教程中的参数保持一致，可以使用Settings Organizer对话框将工程中所有参数都设置为BIOVIA的默认值。有关恢复默认参数设置的步骤，可参见创建工程教程（Creating a project tutorial）。
3、使用自动保存功能
Materials Studio包含自动保存功能，可在会话期间以指定的间隔自动将对当前工程中文档的更改写入磁盘。如果希望在会话期间运行自动保存，则应确保该功能已打开，并在必要时调整更新间隔。
从菜单栏中选择Tools | Options...，打开Options对话框。在General选项卡上，选中Enable Autosave复选框，并将更新间隔设置为10分钟。
如果Materials Studio会话因断电或计算机故障而意外结束，例如，在保存工作之前，重新启动时，将可恢复当前工程中文档的最新自动保存版本。
注意：恢复文件的选项只提供一次。如果拒绝还原自动保存的文件，则磁盘上的版本将被删除。
或者，可以从Options对话框的Locations选项卡上指定的位置手动恢复自动保存的文档。
选择Options对话框上的Locations选项卡。检查Autosave文件夹的默认位置。单击OK按钮关闭Options对话框。
提示：Autosave功能不可替代定期保存工程中的文档。
4、导入结构
下一步是导入结构，以查看它在Project Explorer层次结构中的位置。
单击Standard工具栏上的Import按钮
这将打开Import Document对话框。应导入位于3D Model文件夹中的MnO结构。
导航到Import Document对话框上的Examples\Documents\3D Model文件夹。选择MnO.xsd然后单击Open按钮。
MnO.xsd文档显示在Project Explorer的第一级Materials Studio图标下，并在工作区的3D Viewer中打开。
5、生成图表文档
为了观察Project Explorer的实际应用程序，需要生成若干需要处理的文档。这可以通过计算粉末图谱快速实现。将不会分析此数据，因为生成的数据仅用于文档操作。
使用Reflex模块生成粉末衍射图案。可以使用Modules菜单或工具栏访问此功能。
单击Modules工具栏上Reflex按钮
这将打开Reflex Powder diffraction对话框。由于不将这些结果用于任何科学分析，因此不需要更改任何设置。
单击Calculate按钮。
将显示一个图表文件，显示模拟的粉末衍射图谱。
单击
在Project Explorer窗口中，现在有两个文档，一个为MnO.xsd，是一个3D原子结构文档，另一个为MnO.xcd，是一个图表文档。稍后，将为不同的结构生成一个图表文档，因此应该将当前结构和图表放在一个新文件夹中，以保持Project Explorer的整洁。
6、创建新文件夹并移动文档
单击Project Explorer中的根图标
Project Explorer工具栏上高亮显示的按钮会更改，因此新建文件夹按钮现在处于激活状态。
单击Project Explorer工具栏上的New Folder按钮
将创建一个新文件夹，其默认名称为New Folder，且可进行编辑。应该将此名称更改为更合适的名称。
键入MnO并按下ENTER键。
现在，工程中有一个名为MnO的新文件夹，可以将图表和结构文档移动到其中。
在Project Explorer中将光标移动到MnO.xcd上，单击并按住鼠标左键并将文档拖拽到MnO文件夹中，释放鼠标按钮。对MnO. xsd文档重复此步骤。
7、添加和重命名HTML文档
Materials Studio还具有向工程添加HTML文档的功能。这些功能在当操作时，添加实验注释或计算设置以供参考时非常有实用价值。HTML文档比纯文本文档具有优势，因为其允许将文本格式加载到任何支持HTML的文字处理器中，并且易于共享。
如果创建新文档，它将添加到当前选定的文件夹中。例如，如果选择了MnO文件夹，并且创建了一个新文档，它将自动放置于MnO文件夹中。由于希望此HTML文档位于根目录中，因此需要选择管理工程图标。
在Project Explorer中单击Management。
现在创建一个新文档。
从菜单栏中选择File | New...。
将打开New Document对话框，允许从可添加到当前工程的不同文档类型中进行选择。将从可用选项中选择HTML文档类型。
选择HTML并单击OK按钮。
此时会出现一个名为HTML的新窗口。这是一个基本的HTML文本编辑器，可与HTML Formatting工具栏结合使用，以创建具有粗体和斜体文本以及对齐等功能的标准HTML文本。它的使用方式与文字处理软件大致相同。
从菜单栏中选择View | Toolbars | HTML Formatting。
此时将显示HTML格式工具栏，现在可以对要添加的文本进行格式设置。
在HTML文本编辑器窗口中键入以下内容：
This is the first project I have created and it contains:
单击Number List按钮
MnO Folder - holds the MnO structure document and results from a powder diffraction calculation with default values.
现在给文档起一个更具信息性的名称。
在Project Explorer中，选择HTML.htm。单击鼠标右键，然后从快捷菜单中选择Rename。输入Project Information并按下ENTER键。
8、导入到预定义文件夹中
除了将文档导入到Project Explorer中，还可以将它们导入至特定文件夹中。可以通过在导入结构之前选择文件夹来完成此操作。为了演示这一点，将导入另一种名为CeO2.xsd的金属氧化物结构。首先，将创建一个名为CeO2的新文件夹。
选择根图标并单击鼠标右键，从快捷菜单中选择New | Folder。将文件夹名称更改为CeO2，然后按下ENTER键。
现在，已经创建了要导入文档的文件夹。新文件夹应已选中，但如果未选中，则应将其选中。
单击CeO2文件夹将其选中。
现在可以导入文档。
从菜单栏中选择File | Import...，打开Import Document对话框。导航到Examples\Documents\3D Model目录。从文档列表中选择CeO2.xsd，并单击Open按钮。
该结构将导入CeO2文件夹。现在，将再次使用Reflex计算粉末衍射图谱。
单击Reflex按钮
将打开Reflex Powder Diffraction对话框。在计算衍射图谱之前，必须更改Display选项卡上的选项。
选择Reflex Powder Diffraction对话框的Display选项卡。在View management区域，单击Chart view下拉列表，并将选项从Replace更改为New。
现在，当计算新的衍射图谱时，它将写入新的图表文档，而不是默认的替换原始图表。
单击Calculate按钮，关闭对话框。
一个图表文件CeO2.xcd显示在Project Explorer的CeO2文件夹中。应该更新HTML文档Project Information。
在Project Explorer中，双击Project Information.htm文件。在新行中，输入以下内容：
CeO2 Folder - contains CeO2 structure and results from a powder diffraction calculation with default values.
9、复制和粘贴
除了将文档导入文件夹，还可以复制其他的工程文件。将把所有衍射图谱放在一个文件夹中。首先，将创建一个名为Charts的新文件夹。
选择根目录图标并单击鼠标右键，从快捷菜单中选择New | Folder。将文件夹的名称更改为Charts，然后按下ENTER键。
现在，已经创建了要将图表文档复制到其中的文件夹。
注意：还可以将文档或文件夹复制到工程根目录。
首先，复制CeO2图表。
选择CeO2.xcd文档，单击鼠标右键，然后从快捷菜单中选择Copy。
选择Charts文件夹，单击鼠标右键，然后从快捷菜单中选择Paste。
现在，使用另一种方法复制MnO图表。
选择MnO.xcd文档，按住CTRL键并将图表文档拖到Charts文件夹中。
提示：上述两种方法都可以用于在一个步骤中复制文件夹或多个选定文档。如果复制多项，将弹出对话框将询问是否要将所有选定项复制到指定文件夹，单击Yes进行复制。
10、保存工程
现在已经得到了一些结果，应该保存工程。
从菜单栏中选择File | Save Project。
所有文档都已保存到工程中，并且都已以当前状态保存。如果正在处理一个包含许多文档的大型工程，并且希望在执行过程中偶尔保存选定的文档，则可以通过从菜单栏选择File | Save来完成此操作。
Project Explorer现在应如下图所示。
Project Explorer中已经展开各节点
可以折叠节点以隐藏文件夹内容。这可使浏览大型工程更加容易。
单击文件夹图标旁边的-号折叠节点。
仅显示工程顶层的项目。
Project Explorer中已经折叠各节点
11、对工程进行排序
可以对Project Explorer中列出的文件和文件夹进行排序，以便在有许多可用文件的情况下更容易找到特定文件。
如果单击Sort按钮，将根据设置的排序类型对文件和文件夹进行排序，但文件夹将始终在Project Explorer中首先列出，然后再列出文件。
单击Project Explorer工具栏上的Sort按钮
文件夹和文件按名称排序，因此CeO2文件夹列于MnO文件夹之前。
单击Project Explorer工具栏上的Sort按钮
文件夹和文件按创建时的时间和日期排序，因此MnO文件夹列在CeO2文件夹之前，因为在执行的步骤中它是先创建的。
12、更改当前文档
更改当前文档在Materials Studio使用中非常重要。如果在工作区中打开了许多文档，则有时可能不清楚哪个文档属于哪个文件夹。但是，使用Project Explorer，可以轻松地导航。工作区中的活动文档在Project Explorer中以灰色突出显示，包含该文档的文件夹以粗体显示。
如果双击Project Explorer中的文档名称，它将成为工作区中的活动文档。
双击Project Explorer中的MnO.xsd。
3D原子文档显示在工作区的最前，文档名称以灰色突出显示。
双击Project Explorer中的MnO.xcd。
MnO图表文档将变为活动状态，并在Project Explorer中以灰色突出显示。还可以在工作区中更改当前文档。
单击工作区中可见的某个视窗的标题栏或边框。
选择的文档将变为活动文档，并且Project Explorer中的文档名称将以灰色高亮显示。这只是一个改变当前文档的简单例子。当使用其他模块执行实验计算时，更加需要熟练执行更改当前文档的操作。
13、删除文件
可以从工程中删除单个文档。通过在Project Explorer中选择要删除的文档并单击Delete按钮，可以完成此操作。现在从当前工程中删除HTML文档。
在Project Explorer中，选择Project Information.htm文档，然后单击Project Explorer工具栏中的Delete按钮
将打开一个对话框，询问是否确定要删除该文档。
单击Yes按钮。
HTML文档窗口将从工作区中消失，文档将从Project Explorer中删除。这意味着已经从工程中完全删除了HTML文档。
但是，如果要从工作区中移除文档，而不从工程中删除该文档，可以通过单击要关闭的窗口上的关闭按钮来执行此操作。如果工程已保存且未进行进一步修改，则这将从工作区中移除文档，但不会从工程中删除。
关闭MnO.xcd图表文档。
图表将从工作区中消失，但不会从Project Explorer窗口中消失。可容易地重新显示图表。
在Project Explorer中，双击MnO.xcd。
图表文档将重新显示在工作区中。
除了从Project Explorer中删除单个文档外，还可能需要删除整个文件夹。此任务可以类似的方式执行。
在工程资源管理器中选择CeO2文件夹，然后按下DELETE键。将显示一个对话框，询问是否要删除该文件夹。单击Yes按钮。
现在可以关闭Materials Studio。
从菜单栏中选择File | Exit。在提示窗口中，单击Yes按钮保存工程。
本教程到此结束。