将患癌博士踢出群的中山二院苏士成杰青发表在Nature Cell Biology的论文多处被提出质疑

论文信息

2021年10月23日中山大学中山纪念医院在Nature Cell Biology(IF: 21.3) 在线发表题为”Eosinophil extracellular traps drive asthma progression through neuro-immune signals

”（嗜酸性粒细胞胞外陷阱通过神经免疫信号驱动哮喘进展）的研究论文。

作者：中山大学中山纪念医院广东省恶性肿瘤表观遗传学与基因调控重点实验室Yiwen Lu, Yijiao Huang, Jiang Li, Jingying Huang, Lizhi Zhang

通讯作者：中山大学中山纪念医院广东省恶性肿瘤表观遗传学与基因调控重点实验室Shicheng Su

论文研究内容

嗜酸性粒细胞炎症是过敏性哮喘的一个特征，尽管越来越多的证据表明，中性粒细胞释放的染色质丝介导了各种疾病，但人们对嗜酸性粒细胞胞外 DNA 的了解还很有限。在这里，作者发现支气管肺泡灌洗液中的嗜酸性粒细胞胞外捕获物（EET）与患者哮喘的严重程度有关。从功能上讲，发现 EETs 可通过药物和遗传方法，在实验性非感染相关哮喘中促进鹅口疮细胞增生、粘液分泌、炎症细胞浸润和 2 型细胞因子的表达。多种临床相关过敏原在体内至少部分通过胸腺基质淋巴细胞生成素触发 EET 的形成。从机制上讲，EET 通过 CCDC25-ILK-PKCα-CRTC1 通路激活肺神经内分泌细胞，而嗜酸性粒细胞过氧化物酶会增强该通路。随后，肺神经内分泌细胞通过神经肽和神经递质放大过敏性免疫反应。在治疗上，抑制 CCDC25 可减轻过敏性炎症。总之，研究结果表明，EETs 在整合免疫学和神经学线索以推动哮喘发展方面发挥着前所未知的作用。

质疑信息

1. 在图 2c 中，由于抗 IL-5 治疗后血液（最终是组织和 BALF）中嗜酸性粒细胞的数量减少到非常低至可忽略不计的水平，预计抗 IL-5 治疗小鼠的 EET 会降低。参见：https://journals.aai.org/jimmunol/article/165/7/4040/33534/Eosinophilopoiesis-in-A-Murine-Model-of-Allergic (TRFK5 is the original clone name for anti-IL-5).

（TRFK5是抗IL-5的原始克隆名称）。这项研究表明，抗IL-5注射ip. 或 i.n. 会消耗BAL 样本中的嗜酸性粒细胞。目前尚不清楚为什么尽管注射了抗 IL-5，但 EET 仍持续存在于本研究的 BALF 中。

2.图 7d 中，EPX-/- 小鼠被证明对 OVA 致敏和攻击的气道炎症减少。这与先前的报道直接矛盾，这些报道表明EPX-/-小鼠对OVA致敏和攻击的反应没有变化。参见：https://journals.aai.org/jimmunol/article/4/167/3/1672/Extensive-Eosinophil-Degranulation-and-Peroxidase 

3.在OVA致敏和攻击期间，只有EPX-/-/MBP-/-双敲除小鼠显示出嗜酸性粒细胞和气道炎症的减少。参见：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5557640目前尚不清楚为什么本研究中的EPX-/-小鼠表现出炎症减少。

4.这些不是未经处理的蛋白质印迹或凝胶。它们是灰色背景上的处理过的印迹。作者可以分享未处理的图像吗？（在它们被裁剪成矩形之前）

5.有人回复质疑四：“我不是这篇论文的作者，但这些可能是单独成像的蛋白质印迹膜切片。通常的做法是将印迹水平切割成切片，以便用多种抗体进行检测，例如，使用实验抗体和上样对照进行检测。”

6.针对以上回复再次质疑：“将印迹水平切割成切片，以便用多种抗体进行检测”可以理解，然而切割后的条带在曝光后，各个条带组图（切割边缘体现来源同一完整膜）成完整的印迹图作为原始数据提供，这已是目前期刊社对原始数据的基本要求。

WB原图的边缘是可见、凝胶印迹和背景均存在噪点才是合理。

在所讨论的论文中提供的原始数据中，我们可以看到背景颜色几乎均匀，没有噪点（在展示的30个凝胶中，只有一种在背景中似乎有明显的噪点，扩展数据图6H）。灰色背景的任意大小，没有文字或任何其他类型的标记。

注意《自然细胞生物学》关于图像的建议：

“不应调整对比度，使数据消失”

“不鼓励使用高对比度凝胶和印迹，因为过度曝光可能会掩盖额外的条带”

在我看来，这些图像是对比度非常高的图像，否则它们将具有白色背景，随后叠加到灰色背景上，可能具有屏幕/乘法功能。

当然，这些看起来不像是直接来自扫描仪或仪器的“未处理”图像。

我当然可能是错的，所以我认为最好让作者回答我的问题，也许他们有一些质量更好的扫描，或者可以向我解释这一点。

参考信息：

https://www.pubpeer.com/publications/FAB66B19D3828061CA5FC9B18A15CD#

https://journals.aai.org/jimmunol/article/165/7/4040/33534/Eosinophilopoiesis-in-A-Murine-Model-of-Allergic

https://www.nature.com/articles/s41556-021-00762-2#citeas

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5557640/

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