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E.coli及环境中绝大多数微生物的16S并非单拷贝，本文方法是否考虑该因素？16S多拷贝会对本文方法有何影响？作者：我们也考虑到了这个问题，所以论文中数据同步采用了RDP数据库分析，对16S

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自然环境的微生物生态学研究受多种因子（生物、非生物等）影响，极为复杂，可能导致很多结果为假阳性。结合单因素模拟实验对所得结果进一步验证是微生物生态研究的趋势。希望本文研究思路能给大家带来启示。

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cell的文章。研究者采用了稳定同位素标记、循环伏安法、扫描电镜、荧光原位杂交、高通量测序及qPCR等技术方法进行研究。结果表明：①以甲烷为燃料的DAMO微生物燃料电池（microbial

结果发现，在污泥的处理过程中，无论是细菌还是古菌多样性都经历了先增加后减少的变化趋势，在处理的过度阶段展现出了最高的多样性。随着处理的进行，细菌Ignavibacteria，逐步从劣势菌（丰度

PAL5研究中发现，胞外多糖（exopolysaccharide，gumD）及活性氧（ROS）降解功能（如谷胱甘肽还原酶gr，超氧化物歧化酶sod）可以影响其在植物中定植；在Azoarcus

pyrosequencing”，目的为了评估和了解生长阶段对根际和非根际土细菌群落组成的影响，鉴定优势和敏感的土壤细菌。设计实验采集生长14d，35d，63d玉米根际土（rizosphere

Gyre”一文，文章为了更好的描述NPSG微生物随季节变化的演替，作者历时两年，在夏威夷附近海域采集表层水体样品，并使用16S扩增子测序和宏基因组测序对水体样品微生物的时序变化进行研究。

目前我们已经知道，对于微生物世界而言，我们知之甚少。通过不依赖于传统培养技术的宏基因组以及不断发展的生物信息学手段，如今我们已经将最初组成上寥寥无几的生命之树推演的非常复杂，比如图1是Jillian

permeable）环境，其电子供受体浓度会随短期时空尺度变化而波动。目前，关于反硝化群落对这种波动的响应知之甚少。近日，来自马普海洋微生物研究所的Marchant等人在微生物生态TOP期刊The

注：此处biom表内的IDs对应的是分类信息而不是OTU编号，可由Qiime脚本summarize_taxa.py或summarize_taxa_through_plots.py产生。

MCCC）。该中心成立于2004年，挂靠于国家海洋局第三海洋研究所，是专业从事海洋微生物菌种资源保藏管理的公益基础性资源保藏机构，负责全国海洋微生物菌种资源的收集、整理、鉴定、保藏、供应与国际交流。

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rRNA的序列分析支持了一些基于Apr基因的分类单元；本研究更新了我们对aprBA系统发育的认识，并揭示了几种目前不能被分类硫循环细菌的特征；所建立的公开apr序列集可以应用于将来环境序列的研究中。

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说到根际（Rhizosphere）不得不提Bulk、Rhizoplane、Endosphere，尤其是Rhizosphere与Bulk、Rhizosphere与Rhizoplane经常傻傻分不清。

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若你还没有NCBI账号则先登陆网站（www.ncbi.nlm.nih.gov/account/register）填写相关信息，完成注册；若以前已注册过，则直接跳过该步。注册页面如下图：

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作者为解决真菌分类与功能联系起来的问题，首先根据营养方式将真菌分为12类，然后构建了一个真菌分类和功能分组（guild）之间的数据库，通过这个数据库你就可以对真菌进行功能分类啦。也就是：

2005，22（3）：792-802）认为贝叶斯的方法最好，其次是ML，然后是MP。其实如果序列的相似性较高，各种方法都会得到不错的结果，模型间的差别也不大。不过现在文章普遍使用的是NJ是ML模型。

想要解决上述所有问题，只需一个网站即可搞定！这就是今天要向大家强烈推荐的“ResearchGate”（https://www.researchgate.net/）,俗称科学界的“Facebook”。

其实上面提到的每个数据库网站功能都很多样化，今天卢瑟菌只是比较简单地给大家介绍了一下微生物生态研究中常用的数据库有哪些，如果想知道具体每个数据库的强大功能以及使用方法，大家可以给我们留言喔。

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近年来，得益于低成本高通量基因测序技术的发展、计算和成像技术的改进，以及用于数据分析的生物信息学工具的革新等进展，高通量测序走下神坛，变得平易近人，使得更多的学科领域开始投入到微生物组学的研究中来。

今天给大家介绍一款简单实用的软件，STAMP，对于我们做微生物生态的来说，这个软件可以用于分析宏基因组（Metagenome）和扩增子高通量测序等数据，对多个样品的Metagenomic

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另一项研究针对雾霾中微生物的也是该课题组开展的，同一批样品，不过这次不是针对其中的总微生物了，而是针对其中的细菌多样性进行研究。研究结果发表在2015年8月国内核心期刊《环境科学》上[4]。如下：

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