在第一讲我们详细介绍了GEO数据库的基础知识及规律，也了解了如何利用官方R包GEOquery来探索GEO数据库，当然，我的生信菜鸟团博客里面也从很多其它角度解析过它，欢迎大家自行搜索学习。总得来说，从GEO数据库里面得到感兴趣数据集的表达矩阵分成两类，最简单的就是直接下载作者归一化好的表达矩阵咯，比较麻烦的就是下载最原始芯片数据，然后根据不同的芯片来一一解读成表达矩阵。首发于生信菜鸟团博客：http://www.bio-info-trainee.com/2087.html直接下载数据集作者上传的表达矩阵通常我们默认作者对其芯片数据处理的步骤是正确的，所以稍微掌握技巧即可下载其归一化的表达矩阵。而且，我已经把下载GEO数据集的表达矩阵这个过程包装成了函数，如下：downGSE

“生信草堂将会与更多的优秀微信公众号合作，把更优秀的微信推文呈现给大家，希望可以帮助读者更多的了解生信技术，培养和提高读者的生信分析能力！正确加入我们的模式是：添加我们的微信bioinformatics88为好友标注“加入生信草堂交流群”在群里请大家注明自己本名，单位，研究领域便于小编管理征稿邮箱glb-biotech@zju.edu.cn详情阅览一手科研开花，一手赚钱养家

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生信草堂浙大生信博士团队倾力打造的一个科研人员学习交流的公众微信平台。我们致力于科研社区服务，分享-前沿的科技进展，提供生信分析方法，解读经典分析案例，公众数据库的挖掘和临床数据统计分析。在此我们欢迎各位的加入！时间如过隙之驹小编已经陪大家一起学习生物信息相关知识近一年感谢大家对我们的支持和关注在此小编特整合不同系列方便广大读者阅读感兴趣的文章温故知新DNA

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生信草堂将会与更多的优秀微信公众号合作，把更优秀的微信推文呈现给大家，希望可以帮助读者更多的了解生信技术，培养和提高读者的生信分析能力！正确加入我们的模式是：添加我们的微信bioinformatics88为好友标注“加入生信草堂交流群”在群里请大家注明自己本名，单位，研究领域便于小编管理征稿邮箱glb-biotech@zju.edu.cn详情阅览一手科研开花，一手赚钱养家生信分析中我们经常会做KEGG和GO富集分析，一般拿到结果后就想到用柱状图展示pathway的富集情况。比如下面这样：如果学会使用Cytoscape中的ClueGO+CluePedia插件，可以帮我们更形象地展示pathway之间的关系，以及gene在pathway中的富集情况，论文插图瞬间提示一个档次，比如像这样：下面我们就来看一下如何使用Cytoscape中的ClueGO和CluePedia插件。Step1：安装CytoscapeCytoscape依赖于最新版本的java，安装前需要先安装好java8。Cytpscape软件可以在官网下载：http://www.cytoscape.org/download.php。下载完成后双击图标既可以按照提示完成安装，就不具体介绍了。Step2：安装ClueGO和CluePedia插件安装完成后，打开Cytoscape。在主界面中选择Apps-App

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2018年03月23日，由高六博承办的《转录组分析讲习班》在美丽的浙江大学华家池校区有序进行。培训班纪实1理论框架构建开班之始，李明定教授和樊龙江教授分别从遗传学，基因组学，二代测序的发展应用和生物信息学的发展史为我们娓娓道来，徐徐勾勒出生信的殿堂，一步一步带领大家走进生信，认识生信，如何应用生信。李明定教授讲课总是那么的富有激情，铿锵有力，字字句句透漏出他对科研的热爱。课上，李老师用三十年的科研经验为大家讲述遗传学，基因组学和二代测序的发展及展望，严谨不失幽默。李老师对待学术和科研态度极其严谨，甚至严厉，但严谨中又透漏着幽默让你兴趣盎然。而平常生活和交流中又像极了家中的长者，总是笑眯眯地鼓励你，眼神中充满了期许。樊龙江教授轻松幽默，胸中自有丘壑，谈笑间，已为你勾勒出一幅生物信息学的发展图谱。学员们兴致极高，珍惜着这宝贵的时间，与老师畅快交流。1352基石奠定有了各位教授搭建的理论框架，接着，我们的徐怡老师为大家奠定入门的基石，为大家讲授了Linux系统基础入门以及R语言基础入门。边教理论边动手上机操作，遇到不懂的地方立马就有助教们上前辅导，耐心非常。3添梁加柱我们的教导方式是：徐徐渐进，稳扎稳打。有了一定的基础我们开始了正式的转录组分析专题。马云龙老师以及刘强老师的GEO,TCGA数据库的应用及挖掘赵忻艺老师的全转录组测序分析和应用以及数据分析经验分享及精品文章解读李晶晶老师的miRNA

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“生信草堂将会与更多的优秀微信公众号合作，把更优秀的微信推文呈现给大家，希望可以帮助读者更多的了解生信技术，培养和提高读者的生信分析能力！号外，号外，号外你想和生信分析大神做好朋友么？你想认识更多爱好生信分析的小伙伴么？你想让自己的生信分析走上快车道么？那就赶快加入我们的生信交流微信群吧！正确加入我们的模式是：添加我们的微信bioinformatics88为好友标注“加入生信草堂交流群”在群里请大家注明自己本名，单位，研究领域便于小编管理首先这是一篇实用贴，做基因组学研究的朋友们也许经常会碰到准确获取基因或者某一功能位点在基因组上的位置的问题。随着人类基因组计划的完成，这项工作理论上很好解决，但问题是随着基因组数据的不断完善，序列信息在不断更新，所以我们经常会碰到不同的基因组assembly版本，如hg18,

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记住要仰望星空，不要低头看脚下。无论生活如何艰难，请保持一颗好奇心。你总会找到自己的路和属于你的成功。——史蒂芬·霍金

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2018年杭州市下城区面向部分世界名校和“双一流”高校择优引进党政储备人才的公告为深入实施“人才强区”战略，进一步优化干部队伍结构，加强优秀年轻党政干部人才战略储备，现面向部分世界名校和“双一流”高校（世界一流大学建设高校和世界一流学科建设高校）择优引进一批党政储备人才，现将有关事项公告如下：1引进对象根据我区经济社会发展需要，主要面向部分世界名校（详见附件）和部分国内“双一流”高校（北京大学、清华大学、复旦大学、浙江大学、上海交通大学、南京大学、中国人民大学、南开大学、天津大学、中国科学技术大学、北京师范大学、山东大学、厦门大学、东南大学、同济大学、华东师范大学、中国海洋大学、华东理工大学、南昌大学、上海财经大学等20所）的全日制硕士、博士应届或往届毕业生招引党政储备人才20名，专业不限。（定向培养生、委托培养生以及网络学院、成人教育学院和独立学院的毕业生不列入引进范围）2基本条件1、具有中华人民共和国国籍；2、身体健康，具有正常履行岗位职责的身体条件；3、拥护中国共产党的领导，遵守宪法和法律，思想政治素质好，品行端正，有较强的事业心和责任感；4、有志于从事党政机关和国有企业工作，具有较强的基层适应性、相融性；5、全日制博士研究生的年龄要求在32周岁以下（1986年5月1日及以后出生）、全日制硕士研究生的年龄要求在30周岁以下（1988年5月1日及以后出生）；6、须在世界名校（详见附件）或“双一流”大学取得全日制普通高校本科学历；7、2018届应届毕业生须在2018年7月31日前取得研究生毕业证书，并通过论文答辩，获得相应博士、硕士学位；留学人员须在2018年7月31日前提供国家教育部中国留学服务中心出具的境外博士、硕士学历学位认证书。8、中共党员和优秀学生干部、优秀毕业生、各类奖学金获得者优先考虑。9、有失信记录、治安刑事处罚记录，受过党（团）纪律处分，或有回避情形人员，不宜报考。3方法程序按统一报名、资格审核、面试考核、综合评价、体检考察、公示聘用的程序进行。1统一报名采取网络预报名加现场确认的方式为主，现场直接报名为辅的方式报名。（1）网络预报名。预报名时间为北京时间2018年3月10日至3月20日（以电子邮件发送时间为准）。报名人员可在杭州市下城区政府门户网站通知公告栏（http://www.hzxc.gov.cn/pub/protal/xcqzfmh/xcdt/tzgg/）下载填写《杭州市下城区择优引进党政储备人才报名表》，并提供本人身份证、户口簿（或户籍证明）、学历和学位证书（2018年全日制普通高校应届毕业生应提供学校核发的就业推荐表、教育部学生司或省级教育行政部门制发的《全国普通高校毕业生就业协议书》）、相关资历证明等能说明本人符合报名条件的有关资料（包括本科的学历证书、获奖证书、资格证书等），国（境）外留学人员还需提供国家教育部中国留学服务中心出具的境外学历学位认证书、未加入外国国籍承诺书、境外无违法犯罪行为承诺书，以电子版压缩包格式发送至制定邮箱。邮件名称严格按“姓名+毕业学校+学历”命名，如“张某+哈佛大学+博士研究生”。在全日制普通高校就读的非2018年应届毕业生不能报考；在全日制普通高校脱产就读的非2018年应届毕业的博士研究生也不能以原已取得的学历、学位证书报考。（2）现场确认报名。根据预报名具体情况，计划北京、上海、杭州等地相关院校单位开展现场推介、现场报名活动（具体时间、地点另行通知），并对网上预报名材料进行现场确认。视情适量接受非预报名人员，在推介点进行现场报名，同时提供相关报名材料的原件及复印件（具体材料同上）。对于国（境）外留学人员视情安排视频通话（具体安排另行通知）交流确认（如进入面试环节，报名材料在面试时单独审核）。报考人员的报名信息与有效期内的身份证必须一致。报考人员在资格审查中提交的所有材料应当真实、准确、有效。凡提供虚假材料获取报考资格的，或有意隐瞒本人真实情况的，一经查实，立即取消报考资格。2资格审核按基本条件要求，对报名人员进行资格审查。综合考虑专业、学历学位、获得奖励、担任学生干部情况、研究能力和工作情况等因素，以1：3的比例确定入围面试人员（面试人员不足1：3时，相应核减名额）。3面试考核报名人员经资格审核后进入面试考核。对入围人员的综合能力素质、个性特征和职位匹配度等方面进行考核评价。计划安排在4月下旬或5月上旬，具体时间、地点另行通知，报名人员也可自行登录杭州市下城区政府门户网站通知公告栏（http://www.hzxc.gov.cn/pub/protal/xcqzfmh/xcdt/tzgg/）查看。4综合评价结合个人素质情况和面试考核结果进行综合评价，按岗位计划数1:2的比例，根据考生综合成绩从高到低确定入围体检考察人选。5体检考察体检标准及项目参照《公务员录用体检通用标准（试行）》、《关于印发〈公务员录用体检操作手册（试行）〉的通知》和《关于进一步做好公务员考试录用体检工作的通知（人社部发〔2012〕65号）》及其他公务员录用体检有关规定执行。不按时参加体检的，视为自动放弃。根据体检合格人员的综合成绩依次进行考察。考察不合格或放弃考察资格的，可依次择优递补，无合适人选的，岗位可空缺。6公示聘用体检、考察合格的人员，确定为拟聘用对象，并进行公示。经公示无异议者，拟于2018年8月底统一办理相关手续，签订劳动合同，并实行试用期制度。2018年全日制普通高校应届硕士、博士毕业生凭毕业证书、学位证书办理相关手续，不能在2018年7月31日前提供报名时所要求的毕业证书、学位证书的，不予签订劳动合同。批准聘用的人员必须在规定的时间内报到，无正当理由逾期不报到者，或发现提供虚假材料、有不符合报考资格和条件的，取消录用资格。4相关政策1薪资待遇实行聘任制，首个聘期为3年（试用期3个月），与杭州市下城区区属国有企业签订劳动合同，享受正式员工待遇，年薪不低于15万元人民币，按规定缴纳

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吸烟诱导基因表达、DNA甲基化及miRNA表达的改变首先，作者们分别对基因表达、DNA甲基化和miRNA表达数据进行了常规的差异分析，发现了一些差异基因。A.

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投稿要求投稿方式：请直接将作品发送至邮箱：glb-biotech@zju.edu.cn邮件标题：【投稿】+作者真实姓名+笔名+文章标题+微信号1)

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祝福在中国是必不可少的，祝福别人的同时也在享受别人的祝福，愿新的一年诸事都能顺顺利利。新年的祝福当朋友们收到我的祝福时，我已熬过轰轰烈烈的抢票大战并跋涉千里回到了家中，此时我可能在包饺子，也可能在切菜、剁肉，也可能在哄我的小侄子，热热闹闹的忙活着。。。不管做什么都在期待着春晚的到来。这些场景只要想到新年就会自然而然的浮现，融进了我们每个人的骨血里，是对家的归属感，是传承的延续。此时的你在干嘛呢，在家里团圆，在路上赶车，在旅游过年，在公司加班。。。不管在哪里，不管在做什么，在这里生信草堂衷心的感谢你的陪伴，并真心的祝福你：新年快乐！祝愿单身的朋友狗年不孤单！祝愿有情侣的朋友真心不悔！祝愿已婚的朋友家庭美满！祝愿还在上学的朋友逢考必过！祝愿已经工作的朋友宏图得志！祝愿坚守岗位的医生朋友医患和睦！身体健康！你们辛苦了！最后的祝愿：祝愿所有的科研工作者狗年大吉大利，科研顺遂，思如泉涌，论文大发！快乐如花，芬芳狗年的日子；幸福如阳，温暖狗年的季节；好运如光，照耀狗年的风景；吉祥如歌，伴随狗年的脚步。狗年到了，愿你顺顺利利，红红火火。

生信草堂浙大生信博士团队倾力打造的一个科研人员学习交流的公众微信平台。我们致力于科研社区服务，分享-前沿的科技进展，提供生信分析方法，解读经典分析案例，公众数据库的挖掘和临床数据统计分析。在此我们欢迎各位的加入！时间如过隙之驹小编已经陪大家一起学习生物信息相关知识半年有余感谢大家对我们的支持和关注在此小编特整合不同系列方便广大读者阅读感兴趣的文章温故知新DNA

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开班目的随着二代测序技术的不断发展和成熟，产生了大量的多种组学数据，如全基因组、转录组、宏基因组等测序数据，特别是随着Illumina等公司最新的测序技术的推广应用，基于大规模全基因组测序数据的分析将成为复杂疾病遗传研究的主要技术手段。而生物信息学是深度分析各种组学数据的一门学科，是当前研究多基因复杂疾病易感性，复杂疾病发生机制和疾病精准防治与药物开发的主要途径。为了让更多从事医学和生命科学事业的研究人员及时掌握生物信息学分析的常用方法和最新技术，更高质量地完成科研任务，杭州高六博生物科技公司牵头邀请了国内外著名大学教授以及具有丰富实践经验的青年科技人员将在杭州举办生物信息学分析系列培训班。本次培训班仅招收学员40位。本次生物信息培训以复原高分转录组文章为载体，学习转录组测序分析方法、R语言作图、TCGA和GEO公共数据库挖掘、SCI写作和投稿等内容。最终通过3天高强度的封闭式训练，你将能够独立完成转录组数据分析，及后期实验验证使你的科研水平得到飞跃的成长。你还在熬夜钻研眼花缭乱的代码吗？还在为难以理解知识点绞尽脑汁吗？你现在需要一位高手为你打通任督二脉，为你指明走向成功的方向。高手已在，你来不来。1【课程简介】l