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中已经做了初步介绍，已知整理起来相当复杂，所以小编这次就给大家介绍一个更容易操作的小工具：ncbitax2lin，可以实现taxid及其对应物种的下载及整理，在GitHub的网址

其中包括以3种不同的相似度（97/99/dynamic）聚类得到的序列文件（.fasta）及其注释文件（.tax），dynamic是指得到的序列间的相似度是不定的，官方解释如下：

92read.table函数的第一个参数为想要读取的文件的名称，header代表是否将文件的第一行作为数据框的列名称，sep代表文件分隔符，row.names

很多盆友可能一看到文章标题就知道，我们一定要提到一个神器就是sci-hub，呵呵....猜得没错！网上到处都是对它的介绍，无非是免费+无尽的文献，不做赘述了，直接奉上网址：

GU824834.1.1056_U，可知该序列的accession号是GU824834，1和1056为序列的起始位置和终止位置，而末尾的U则表示未描述该序列是否包含内含子，以下是详细描述：

从官网上可以看到，最新的数据库更新停留在了2013年5月，即gg_13_5版本，但是目前可以在QIIME官网上下载到gg_13_8版本，数据下载路径：

为评估不同因素对口腔微生物类群的影响，通过控制变量法发现时间因素，健康状态，单个宿主，宿主分组（3个类群）以及性别因素对群落结构都有明显影响。其中时间因素对群落结构的影响尤为明显。

SILVA是一个rRNA基因序列的综合数据库，收录原核和真核微生物的小亚基rRNA基因序列（简称SSU，即16S和18SrRNA）和大亚基rRNA基因序列（简称LSU，即23S和28SrRNA）。

在R语言中，提供了上述4种默认的转换规则，对于其他类型之间的转换，虽然可以用上边提供的函数进行强制装换，但是强制转换的结果是产生了NA，举个例子，将字符串强制转换成数值

如果把每个物种当做一个node，则该node对应的rank信息在nodes.dmp中，而node对应的物种信息在names.dmp中，由此可以提取出每个物种对应的rank信息！

Mothur软件中classify.seq命令（用于物种注释）可能会将注释信息括号中的数据当做可信度（注释结果的可信度）去处理，而注释信息中的括号有多种情况：

ITS功能基因），进而分析物种的组成和结构，这就离不开对测序产生的序列进行物种注释，因此我们需要高质量的物种信息数据库来注释样品中所包含的物种。对于16S,

基于第二代高通量测序平台测定的16S/18S/ITS高变区域的序列，来反应环境样品在细菌、真菌、古菌分类方面物种之间的差异，对研究海洋、土壤、肠道粪便等环境中的微生物构成有重要的指导作用。

在此之前我们召集了一群志同道合的小伙伴们，期望通过生信控的平台跟大家一起学习生物信息，不管你是临床医生、科研工作者、抑或是生信分析的工作者、生信爱好者等等，我相信我们都有一颗关注生信的心！