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微生物多样性专题 | 史上最详细的微生物扩增子数据库整理!

我们是认真的,谁还没个讨论群啊,不过人数较多,需要先加小编微信才能拉进群哦!下面是小编的微信,另外如果您觉得文章有不妥和偏颇,或者任何问题,烦请给予指正!
2017年9月2日

微生物多样性专题 | 扩增子测序分析实战(二) 如何通过gi号获取物种注释?

中已经做了初步介绍,已知整理起来相当复杂,所以小编这次就给大家介绍一个更容易操作的小工具:ncbitax2lin,可以实现taxid及其对应物种的下载及整理,在GitHub的网址
2017年9月1日

微生物多样性专题 | 扩增子测序分析实战(二)数据库整理之UNITE

其中包括以3种不同的相似度(97/99/dynamic)聚类得到的序列文件(.fasta)及其注释文件(.tax),dynamic是指得到的序列间的相似度是不定的,官方解释如下:
2017年8月25日

R语言实战专题 | 数据结构之数据框篇

92read.table函数的第一个参数为想要读取的文件的名称,header代表是否将文件的第一行作为数据框的列名称,sep代表文件分隔符,row.names
2017年8月23日

科研杂记 | 你就是这么下载文献的?

很多盆友可能一看到文章标题就知道,我们一定要提到一个神器就是sci-hub,呵呵....猜得没错!网上到处都是对它的介绍,无非是免费+无尽的文献,不做赘述了,直接奉上网址:
2017年8月20日

微生物多样性专题 | 扩增子测序分析实战(二)数据库整理之PR2

GU824834.1.1056_U,可知该序列的accession号是GU824834,1和1056为序列的起始位置和终止位置,而末尾的U则表示未描述该序列是否包含内含子,以下是详细描述:
2017年8月17日

微生物多样性专题 | 扩增子测序分析实战(二)数据库整理之GreenGene

从官网上可以看到,最新的数据库更新停留在了2013年5月,即gg_13_5版本,但是目前可以在QIIME官网上下载到gg_13_8版本,数据下载路径:
2017年8月15日

文献导读专题 | 儿童龋齿-口腔卫生篇

为评估不同因素对口腔微生物类群的影响,通过控制变量法发现时间因素,健康状态,单个宿主,宿主分组(3个类群)以及性别因素对群落结构都有明显影响。其中时间因素对群落结构的影响尤为明显。
2017年8月13日

微生物多样性专题 | 扩增子测序分析实战(二)数据库整理之SILVA

5、关于该文件中含有<>格式的物种注释,我们在上期也有提到,是因为该物种名称有重复的情况下,会用<>进一步区分,而它们对应的rank可能是不同的,所以一定要考虑进去,否则可能会得到错误的rank!!
2017年8月13日

R语言实战专题 | 基本数据类型

在R语言中,提供了上述4种默认的转换规则,对于其他类型之间的转换,虽然可以用上边提供的函数进行强制装换,但是强制转换的结果是产生了NA,举个例子,将字符串强制转换成数值
2017年8月8日

微生物多样性专题 | 扩增子测序分析实战(二)数据库整理之taxdmp​

如果把每个物种当做一个node,则该node对应的rank信息在nodes.dmp中,而node对应的物种信息在names.dmp中,由此可以提取出每个物种对应的rank信息!
2017年8月8日

微生物多样性专题-扩增子测序分析实战(二)数据库整理之RDP

Mothur软件中classify.seq命令(用于物种注释)可能会将注释信息括号中的数据当做可信度(注释结果的可信度)去处理,而注释信息中的括号有多种情况:
2017年8月6日

微生物多样性专题 | 扩增子测序分析实战(二)数据库概述

ITS功能基因),进而分析物种的组成和结构,这就离不开对测序产生的序列进行物种注释,因此我们需要高质量的物种信息数据库来注释样品中所包含的物种。对于16S,
2017年8月5日

微生物多样性专题 | 扩增子测序分析实战(一)

基于第二代高通量测序平台测定的16S/18S/ITS高变区域的序列,来反应环境样品在细菌、真菌、古菌分类方面物种之间的差异,对研究海洋、土壤、肠道粪便等环境中的微生物构成有重要的指导作用。
2017年8月3日

这是生信控有史以来的第一次更新!

在此之前我们召集了一群志同道合的小伙伴们,期望通过生信控的平台跟大家一起学习生物信息,不管你是临床医生、科研工作者、抑或是生信分析的工作者、生信爱好者等等,我相信我们都有一颗关注生信的心!
2017年8月1日