联合分析之小RNA组+转录组+降解组
今天已经八号啦，七天假期结束，大家伙们也该收收心，该上学的上学，该上班的上班，该搞科研的赶紧来看看今天的干货！
上期给大家带来的联合分析手册可还满意？现在来看看我们客户的联合分析案例精选吧，相信你肯定能从前辈们的文章里得到启发！
今天我们的精选案例是上期“从“一”到“多”的联合分析”（点此查看）中的方案一：小RNA组+转录组+降解组，下面跟着跟着小编一起来收干货吧~
玉米中黑条矮缩病毒响应的双重转录组分析
Dual transcriptome analysis reveals insights into the response to Rice black-streaked dwarf virus in maize
研究物种：玉米
发表期刊：Journal of Experimental Botany（2016）
IF：5.677
发表单位：中国农业科学院
目的：
研究玉米感染RBSDV病毒的基因表达差异，阐述其抗逆应答机制
取材：
RBSDV病毒侵染不同时间的玉米叶片及侵染后生长不同时期的玉米叶片
主要工具：
miRNA测序、转录组测序、降解组测序
数据分析：
侵染相关基因表达、miRNA差异表达分析
图表展示：
图 RBSDV侵染玉米的基因表达分析
结果：
miRNA联合转录组分析结果表明，31个miRNA来自于17个已知miRNA家族和14个新miRNA，其中有3个非保守miRNA和28个保守miRNA。共检测到48个基因（由10个已知miRNA调控）响应RBSDV侵染。矮缩病与RBSDV侵染的相关关系分析表明，RBSDV侵染后的玉米中两种木质素相关基因、漆酶前体蛋白、果胶酯酶基因上调表达。
转录组分析表明，RBSDV侵染1.5d和3.0d玉米中，分别发现有28和1085个差异表达基因。在RBSDV侵染响应中，细胞壁-叶绿体相关基因和抗病抗压相关基因的表达发生显著差异。
利用qRT-PCR技术对miR169i-p5及其靶基因GRMZM2G069316，miR8155及其靶基因GRMZM2G031169进行定量验证。定量结果显示，miRNA与其对应靶基因之间存在显著负相关关系。
联合小RNA，降解组，和转录组测序分析超积累型东南景天揭示镉耐受调控网络
Integration of small RNAs, degradome and transcriptome sequencing in hyperaccumulator Sedum alfredii uncovers a complex regulatory network and provides insights into cadmium phytoremediation
研究物种：东南景天
发表期刊：Plant Biotechnology Journal（2015）
IF：5.752
发表单位：中国林业科学院和山东农业大学
目的：
探究东南景天镉耐受性及超积累性的分子机制，了解microRNA （miRNA）及其靶基因在超积累型东南景天重金属耐受中发挥的作用。
取材：
8个镉处理时间的样本
主要工具：
小RNA测序、转录组测序、降解组测序、数字基因表达谱测序、qRT-PCR
数据分析：
转录组拼接与注释、miRNA及其靶基因鉴定、miRNA及其靶基因表达量分析、调控网络构建
图表展示：
图 AAP3及ARF4的亚调控网络
结果：
在超积累型东南景天中通过转录组测序经过组装拼接共得到87,721条unigenes；通过sRNA测序共鉴定出356个miRNAs，其中79个miRNAs在镉胁迫下差异表达。
进一步通过降解组测序，共鉴定出了194个miRNAs的754个靶基因。GO分析差异表达miRNA的靶基因揭示出生长素，氧化还原相关的次生代谢，以及金属传输通路响应镉胁迫。
通过miRNA及其靶基因的表达量联合分析，39对miRNA-靶基因表达量呈负相关关系，同时RT-qPCR结果也表明其中10对miRNA-靶基因表现出相反趋势。
基于数字表达谱的结果构建了镉胁迫下的共表达调控网络，两个miRNAs的靶基因（AAP3和ARF4）作为hub基因可能在调控响应镉应答的基因中起着中心调控作用。
生长激素替代疗法调控参与胰岛素抗性的microRNA-29a和其靶基因
Growth hormone replacement therapy regulates microRNA-29a and targets involved in insulin resistance
研究物种：小鼠和人
发表期刊：Journal of Molecular Medicine（2015）
IF：5.107
发表单位：瑞士苏黎世大学
目的：
研究生长激素替代疗法（GHRT）中，miRNA及其其靶基因在调控肌肉组织应对GHRT的代谢反应。
取材：
GHD组、对照组
主要工具：
小RNA测序、转录组测序、miRNA转染、Western blotting
数据分析：
miRNA表达谱分析、 mRNA表达谱分析、靶基因预测与功能分析
图表展示：
图 GHRT调控GHD小鼠骨骼肌miR-29a的表达
结果：
研究小组证实，在GH缺乏小鼠（Ghrhrlit/lit）中，GHRT处理产生的胰岛素抗性包括细胞外基质（ECM）上调和骨骼肌miR-29a下调。通过对GH处理的Ghrhrlit/lit小鼠的骨骼肌进行RNA测序，研究人员鉴定出多个miR-29a潜在的靶基因表达上调，它们是胰岛素信号通路的负调控元件或是ECM促纤维化/促炎的组成成分。
采用功能获得和功能丧失实验，研究人员证实其中5个基因是人类肌管中miR-29a的内源性靶基因（PTEN，COL3A1，FSTL1，SERPINH1，和SPARC）。此外，在人类肌管中，是IGF1，而非GH，使miR-29a表达下调，并使COL3A1表达上调。
在一组GHRT治疗4个月后的GH缺乏患者中，对胰岛素反应减弱的患者中，血清IGF1会上升，骨骼肌miR-29a表达下降，而miR-29a的靶基因表达会上调。研究小组认为miR-29a通过调控ECM成分和PTEN，可能有助于肌肉组织应对GHRT的代谢反应。miR-29a和其靶基因可作为GH替代治疗后肌肉代谢的标志物。
（基于miRNA剪切调控靶基因的机制，降解组测序更适合植物研究。）
回复“联合分析”，查阅联川合作课题组近期联合分析研究成果。
下期小编将与大家一起分享更多联合分析案例，敬请关注。
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