怎么大规模鉴定miRNA靶基因？
降解组测序
miRNA靶基因鉴定首选利器
说到降解组测序，想必懂的人自然不陌生，那是miRNA靶基因鉴定的首选利器啊！没接触过的人，又感叹，这是个什么东东？人生就是这样，永远充满着各样的不同。然而，最重要的是，不管接没接触过，我们都要有一个必须的知识储备。这也正是小编这篇文章的初衷，下面一起跟着小编来走一圈吧~
说到降解组测序，必先从microRNA说起。microRNA（miRNA）是一类长度约为22nt的内源性非编码小RNA，在转录后水平与mRNA（靶基因）以完全配对或不完全配对的方式结合，引起mRNA剪切降解或是抑制mRNA翻译来调控基因的表达，进而发挥其生物学调控功能。在动物体内以基因的翻译抑制居多，在植物体内则以靶基因被剪切占多数。
由于miRNA的结构特征和调控方式，一个miRNA可以调控成百上千的靶基因，一个靶基因也可以被多个miRNA调控，从而构建出一个复杂交错的调控网络。miRNA调控功能的阐释，离不开miRNA调控靶基因的鉴定。
生物信息学预测能够发现大量潜在的miRNA靶基因，然而其预测靶基因假阳性高，必须经实验证实，这极大影响了靶基因的探索效率。同时miRNA与靶基因间存在较高错配时，许多真实的靶基因可能会丢失。通过实验鉴定miRNA靶基因将是更为准确的方式，降解组测序（Degradome Sequencing）因此应运而生。
降解组，顾名思义，就是降解的RNA片段，这里特指mRNA的降解（或被剪切）片段。降解组测序，又称为大规模平行末端分析，利用高通量测序技术对降解（或被剪切）的mRNA片段进行测序分析，准确高效地筛选miRNA的靶基因。
具体来说，靶基因经miRNA剪切后会产生两个片段，5'剪切片段和3'剪切片段。其中3'剪切片段，包含有自由的5'单磷酸和3'polyA尾巴，可被RNA连接酶连接，连接产物经扩增后可用于下游高通量测序；而含有5'帽子结构的完整mRNA，含有帽子结构的5'剪切片段或其它缺少5'单磷酸基团的RNA均无法被RNA连接酶连接，因而无法进入下游的测序实验；结合miRNA剪切特征和相关分析工具可以全局性大规模地鉴定出miRNA剪切的靶基因。
将降解组数据比对mRNA序列，可以直观地发现在mRNA序列的某个位点会出现一个波峰，而该处正是候选的miRNA剪切位点（如下图所示）。
由此可见，降解组测序更适合植物miRNA的靶基因鉴定。降解组测序是基于真实的实验数据鉴定出miRNA剪切的靶基因，不但能高通量的发现miRNA靶基因，而且可以更进一步的缩小后续的研究范围，极大简化了后续的验证工作，使得数据的准确性和说服力大幅提高。
看完之后是不是对降解组测序有了一定的了解呢？下次再有人问你，你可以很傲娇地说，这是常识啊，连这个都不知道，那跟咸鱼干又有什么区别呢？哈哈哈~
回复“降解组”，查阅联川合作课题组近期降解组测序研究成果。
需要这些文章的小伙伴们，欢迎回复文章题目至公众号，并留下您的邮箱，向小编免费索要哦~
欢迎转载，请注明出处：本文转载自联川生物公众号