10月20日，由联川生物主办的“空间原位技术前沿论坛”线下活动圆满完成。本次活动对Xenium应用场景、技术原理到Xenium的分析流程进行了全面的阐述，受到了广大老师的欢迎。同一时间，10x

4D,F】小鼠MS疾病相关的神经胶质细胞间的相互作用根据细胞的接近程度探索细胞之间的相互作用，发现在EAE不同疾病阶段和不同解剖部位，DA-glia始终是各种细胞相互作用的中心。【Fig

Situ优势Xenium在组织层面上将高通量基因/蛋白检测合二为一，不依赖高通量测序平台，简化了实验流程，完美展示了在单细胞分辨率下的空间转录组/空间蛋白质组的原位特征。如您有开展Xenium

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m6A专题&单细胞专题单细胞多组学专题：Cell揭示人心脏发育的空间基因表达模式及细胞图谱点击下方图片进入云平台资料汇总：所见即所得，绘图高规格联川云平台，让科研更自由

Xenium专题关于Xenium，你需要了解的我们都有！官宣：Xenium正式入驻联川生物（文末有福利哦）【直播预告】“Xenium空间原位分析全生态解决方案”系列直播正式上线华大时空转录组测序

Xenium空间原位分析是什么？能达到什么样的研究目的？如何利用Xenium开展相关的实验？有哪些需要的注意事项？以及开展Xenium实验之后能拿到哪些结果？如何设计Xenium相关高影响因子文章思路？本次直播统统涵盖在内，协助各位老师理清与Xenium相关的实验细节，顺利开展实验。点击下方卡片即可一键预约您想关注的直播场次！相关阅读堪比婆娑步_单细胞速率分析单细胞+m6A联合分析揭示涡虫再生机制

单细胞专题联川m6A植物个性化分析报告之m6A调控因子系统发育分析单细胞多组学专题：胶质母细胞瘤微环境中单细胞和空间图谱点击下方图片进入云平台资料汇总：所见即所得，绘图高规格联川云平台，让科研更自由

这个暑假，世人有幸识得李相夷，他修的一手精妙绝伦的相夷太剑，端得一身正气凛然的扬州幔内功心法，独创婆娑步更是堪称功法一绝，蹈空蹑虚，踏雪无痕。出走半生，以李莲花的身份归来的他不为世俗所累，坚韧宽容。不管是天才少年李相夷还是佛系无为的李莲花，都在这个仲夏圆了我们的江湖英雄梦。心中的李相夷或许会随着暑假悄然淡去，但是积极面对人生的热血犹存，我们联川星云积极筹备两个月，终于在9月上线了单细胞版的婆娑步，速率分析。先上几张美图，让大家感受一下“单细胞婆娑步”的丝滑。细胞的分化，以及从分化的角度去看细胞亚型之间的变化，是单细胞研究的一个很重要的部分。这个切入点不但能够丰富我们的文章内容，更可能为我们找到重要的细胞亚群。星云的速率分析选用了当前分析最可靠也最快的速率分析软件scVelo，给老师们提供最极致的体验。不管老师之前是否了解速率分析，看完这篇推文，一定会知道该怎么选分化分析了。研究分化的软件很多，其中scVelo算是使用频率比较高的软件，下面我们来浅谈一下吧！在讲scVelo的时候，这边就不得不提一下monocle2。monocle2使用的是DDRTree算法，该算法不断更新顶点位置以适应全局的细胞分布，生成新的生成树，不断迭代直到树和细胞的位置收敛。从而完成高维空间在保留最大的细胞特征的前提下，映射到了低维的空间，从而完成分化分析。老师们在看到这段文字的时候，肯定会有一个疑惑，就是数据在进行高维向低维的转化过程中，会不会有过拟合，这个结果的可靠性怎么样？带着这个疑问，我们再来看scVelo的分析软件，这款软件也需要将高维的细胞降维到低维，软件统计的信息是成熟转录本和未成熟转录本的信息，从而计算细胞间定向的动力学信息。推测成熟和未成熟转录本稳态比率有两个基本假设：(1)在基因水平上，捕捉到是转录诱导、抑制和稳态mRNA水平的完整剪接动态；(2)在细胞水平上，所有基因都有共同的剪接率。综上，两种结果的原理，都有各自的可靠性，也有各自的弊端，我们改选哪个呢？还记得那个鸡汤不，成年人不要选择，我们都要！这个时候，选哪个不重要，黑猫白猫，能说清楚生理学故事的就是好分析。当我们面对各种各样的分析软件的时候，先不要纠结，都测一遍，再回归生理学角度去解读，没有更好，只有更适配。下面附上scVelo的经典图，速率分析的箭头可以有分化方向的动力学指示，如果您正在研究细胞亚群的分化，不妨试一试哦！来联川星云吧，您想要的分析我们这里都有，给您极致的分析体验，一直是我们不懈的追求。附上我们的联川云平台的链接：https://www.omicstudio.cn/home相关阅读单细胞+mRNA疫苗=Nature|单细胞专题单细胞分析揭示了胃印戒细胞癌的细胞学和免疫微环境特征

PCR显示，淋巴细胞浸润含有罕见的携带TP53R175H突变的细胞，与该患者原发肿瘤中的R175H驱动突变相同（图4c）。该肝脏病变在随后的成像中消失（图4a），这表明autogene

本次课程特色:1、讲师具有10年python经验，9年培训课程经验；2、完全从零基础开始；3、全程实践操作为主，直播同步操作，沉浸学习；4、案例为《R语言实战》书籍案例，与R语言无缝衔接；5、包含课程文字讲义，PPT，案例代码一并赠送；6、包含全部课程直播回放；实力讲师倾情打造讲师介绍-王通王通曾任职于华大基因，13年以上生物信息分析经验，擅长Linux，R，python，生物信息等。2015年开始创业，主要做生物信息培训工作。国内最早生物信息教学视频制作者，已制作视频2000集以上。目前已在完成线下培训班超过50场，线上培训班超过60多场，培训经验丰富，线上线下累计学员超过10000多名，已写作生物信息教程1500多篇。课表课程时间

m6A专题&单细胞专题联川生物单细胞测序助力客户持续发表高质量文章！红豆杉单细胞测序还能这么玩？！|单细胞专题点击下方图片进入云平台资料汇总：所见即所得，绘图高规格联川云平台，让科研更自由

#LC-BIO#新品预售活动时间：即日起至2023年9月28日联川生物致力于搭建全生态的单细胞空间转录组测序平台，因此特推出具备亚细胞空间原位信息的解决方案——10x

Teff细胞在GSRC中的比例较低综上所述（图7d-e），GSRC中的T细胞亚群表现出独特的浸润特征，CD4-Treg细胞浸润增加，CD8-Teff细胞浸润减少，主要表现为免疫抑制微环境。

Xenium平台最新应用：单细胞原位测序揭示多发性硬化症病变的空间动态【文末开启预售优惠通道】当空间转录组拥有百亿“像素”，领略华大时空STOmics的魅力

4A05scRNA-seq揭示WTAP对再生至关重要的特定细胞类型的影响为了进一步的揭示m6A甲基化修饰对涡虫再生的调控机制，作者从对照和wtap敲除样本的5个时间点（0

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文献名称：靶向m6A

联川生物成为华大时空组学STOmics生态合作伙伴，携手打造优质的空间组学服务。如您有华大时空组学测序需求，欢迎扫描以下二维码登记信息，或者咨询驻地项目经理了解相关信息！

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imaging）技术实现了红豆杉多种次生代谢成分的可视化分析，绘制了多种活性成分在叶片组织中的特异性分布图谱。研究结果表明，黄酮类和香豆素类化合物显著积累于叶表皮细胞（epidermal

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研究内容在这项研究中作者通过单细胞转录组对88013个高质量细胞进行测序，并鉴定得到55种主要的细胞类型，并对各个组织中的细胞类群进行差异基因分析，还鉴定到了一些新的细胞类群，例如真胃中的

2023年8月12日-13日，由中国抗癌协会肿瘤标志专业委员会主办，西安交通大学医学部、西安交通大学公共卫生学院、西安交通大学基础医学院·转化医学研究院、西安交通大学公共卫生学院·单细胞组学与健康研究中心共同主办的“第二届单细胞时空组学与应用国际高峰论坛”将在古都西安隆重召开！本届大会会议地址变更为：西安交通大学继续教育学院励志活动中心报告厅（西安市雁塔区翠华路137号），按照学校相关规定，所有参会代表必须注册报名（如已报名，不用重复报名），填写正确的身份信息，组委会会与您邮件/短信确认并制作代表证，佩戴代表证方可正常出入会场。感谢您的理解与支持，期待与您相聚古都西安！联川生物届时会参加本次会议，欢迎各位老师来展台参观交流与学习！欢迎辞会议日程最新会议详情2023年8月12日-13日中国·西安会议地址变更西安交通大学继续教育学院励志活动中心报告厅西安市雁塔区翠华路137号最新交通指南最新住宿指南组织机构参会注册长按识别上图二维码免费报名参会大会支持媒体联系会务组END点击“阅读原文”报名注册参加

progression胃癌进展过程中免疫和基质细胞状态与生态型的演变发表单位：美国德克萨斯大学MD安德森癌症中心、浙江省肿瘤医院期刊：Cancer

近日，某网红谈及自己因甲状腺癌晚期停播半年，相关话题引爆微博热搜。过去十年，我国甲状腺癌发病增长率位列第一。由于甲状腺癌死亡率较低、预后良好，一直被称为“温柔”的癌症。但在治疗过程中，“自刎痕”伤口、喉返神经损伤、低血钙症等依旧会对患者造成不可磨灭的损伤。图片来源：视觉中国许多临床医生都希望通过单细胞测序技术揭示复杂的肿瘤细胞转化过程，探索甲状腺癌更好的诊疗方式。但传统单细胞技术受限于病理样本以FFPE的形式保存，无法开展实验。M20

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Seq可以得到清晰的样本分群结果，且3个样本之间既有共通的细胞群，也有样本特异细胞群。图11.3例人心脏FFPE样本聚类结果以上结果展示了VITA系列产品在实测数据中的优异表现，充分说明了M20

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就像胶卷能够及时定格生活中的美好瞬间—样，福尔马林固定石蜡包埋（FFPE)的组织能保存宝贵的生物样本。据估计，全球有超过10亿个组织样本以FFPE形式储存。图片来源：视觉中国要通过单细胞技术唤醒沉睡的样本库，FFPE样本制备、样本准备、核酸质检、样本解离都非常重要。FFPE样本制备01样本采集组织固定前的操作时间应当越短越好，以避免基因表达改变、组织自溶等变化；02福尔马林固定组织的固定使用的是福尔马林溶液。将组织放到一定浓度的福尔马林溶液中，使核酸之间、蛋白质之间、以及核酸和蛋白质之间产生一定程度的交联,固定时间越长，交联程度越大；03石蜡包埋福尔马林固定之后，需要用石蜡将组织进行包埋，其包括四个主要步骤：脱水，透明，浸蜡和包埋在固定和包埋之后，FFPE样品最好应在最佳温度下保存，这样可减缓核酸和蛋白的降解；04样本保存在固定和包埋之后，FFPE样品建议在最佳温度下保存，这样可减缓核酸和蛋白的降解。在一个比较不同保存温度的实验中，发现如果FFPE样品保存在4°C，而不是室温或更高，则RNA在1年后仍基本完整。FFPE样本准备要求FFPE样本保存时间建议在1年内。为了获取足够的细胞数量，优先选择石蜡块，如果不方便寄送石蜡块，可以选择手工切取的蜡卷或者切片。样本要求量一般来讲需满足：（1）石蜡块：蜡块被包埋组织体积需要>0.5cm3（2）石蜡卷/切片：所用蜡块被包埋组织横截面积需>0.3

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华大时空组学技术Stereo-seq是一项基于DNA纳米球测序芯片自主研发、可实现超高通量和超高精度的全景式时空转录组技术，它将认识生命空间的分辨率提升至500

IBA1小胶质细胞与T细胞非常接近。随后作者使用氯膦酸二钠从模型中化学消耗骨髓细胞，耗竭后，仅剩下极少数量的HMOX1细胞，这表明非髓系HMOX1细胞的比例可以忽略不计，并发现HMOX1

目录一、联川生物单细胞大事件二、单细胞相关综述三、单细胞入门四、流式细胞术：单细胞测序的伴侣五、单细胞样本准备与实验细节六、单细胞数据分析七、单细胞数据库八、单细胞课题设计九、单细胞多组学十、用户文章解读十一、单细胞案例分享（肿瘤）十二、单细胞案例分享（非肿瘤）十三、FFPE单细胞相关十四、植物单细胞相关十五、单细胞工具书3.0十六、国自然相关十七、单细胞知识微问答十八、系列直播十九、扩展角联川生物单细胞大事件流式细胞仪和“尊享版”单细胞互动式服务：-80度冰箱里多年宝藏的终极伴侣！联川生物Chromium

空间转录组专题空间转录组文献解读|空间蛋白质基因组揭示独特且进化保守的肝巨噬细胞生态位案例解析：单细胞核转录组和空间转录组测序揭示宫颈鳞状细胞癌的免疫微环境

04snRNA-seq的空间定位从“富集模型”导出的层富集表达谱和差异表达统计用于snRNA-seq数据集的空间定位。作者首先使用之前的发表的snRNA-seq

2中MB和NPPA呈现差异表达模式，而这与增强的氧气运输和内分泌活性有关（图2H）。上述结果表明，不同的小梁心肌细胞簇可能对应于小梁的不同组成部分。OFT、AV、纵隔间质以及心外膜（Cluster

单细胞测序技术自诞生以来，从基础科研到临床应用，一直在不断拓展技术应用范围。而传统单细胞技术受限于ploy（A）捕获，需新鲜样本才能做临床研究。新鲜临床组织较难获得、不便储存，极大限制了单细胞技术在临床上的应用，小编至今也没见到一篇应用FFPE样本进行高通量单细胞检测的临床研究正式发表。图片来源：视觉中国为提升临床诊疗水平，进行前瞻性研究、回顾性研究、多组学联合分析是绕不开的话题。M20

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