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关于Xenium,你需要了解的我们都有!

创新中心-YHH 联川生物 2024-03-27


Xenium空间原位分析技术是10X genomics 继visium空间转录组技术后推出的又一重磅空间组学技术。相较于visium,Xenium在空间上的研究分辨率达到了亚细胞水平(0.2μm),且能原位捕获RNA及蛋白分子的表达信息。



01Xenium技术原理


FF/FFPE样本贴于Xenium芯片(可贴片区域10mm*22mm,可凑片),FF样本经固定、透化/FFPE样本经脱蜡、解交联,与探针进行原位杂交,探针两端能与组织细胞内mRNA特异性结合,中间为多色荧光标记寡核苷酸特异性结合序列,在连接酶作用下,探针两端连接后成圆形,经过滚环复制将携带基因信息的信号放大,通过多轮的多色荧光标记寡核苷酸对滚环探针进行杂交,用Xenium仪器扫描记录每一轮的空间荧光信号。经多轮的空间荧光信号的颜色信息,检测出目标 mRNA 在空间上的分布。

 

02Xenium实验流程

 

03样本制备及送样要求
内容要求

样本物种

人、小鼠

样本类型

FFPE、新鲜冻存OCT包埋样本(FF)

样本保存年限

/

质检指标

HE染色组织形态

送样数量

蜡块、FF新鲜冻存包埋块

样本运输

FFPE:密封(塑料袋),冰袋运输

FF:密封(塑料袋),干冰运输

其他

可凑片,同一芯片需同一样本类型及相同panel


04现有panel

Human Breast:280genes,可定制增加100genes

Human Brain:266genes,可定制增加100genes

Human Lung:289genes,可定制增加100genes

Human Multi-Tissue and Cancer:377genes,可定制增加100genes

Mouse Brain:247 genes,可定制增加100genes

Mouse Tissue Atlassing:379 genes,可定制增加100genes

Custom panels:(哺乳动物或其他物种)选择目标基因及特征,4-6周设计交付


关于联川

     

杭州联川生物为全球各地的科研用户提供基因组、转录组、蛋白组、代谢组,以及单细胞和空间组学测序服务。单细胞测序作为联川战略发展方向,在组织解离和单细胞生信分析方面充分发挥自身优势,为客户提供优质的服务。目前已经与100多个国家及地区的科研院校、医院、制药公司建立起了长期的合作伙伴关系,累计发表单细胞测序相关的SCI论文近百篇,影响因子平均15+。


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