联川生物云平台OmicStudio资料汇总（精选）2020.8.20更新

联川生物云平台自上线以来，为科研分析和作图提供了不少助力，旨在使您能够轻松快速地完成一个科研分析，并得到精美的可视化呈现。在此，我们搜集整理了相关资料，为您精心挑选了重要的说明文档，帮助您更快上手。

本文档包含了联川生物发布过的所有形式的云平台相关资料，包括：

• 使用指南：由该工具的生信开发人员撰写，系统性较强，且地址永久有效，即使发布了最新的使用指南，也可以用这个地址访问，推荐指数

• B站：为直播录制视频，内容同时兼顾原理和操作， 最后还有答疑环节，推荐指数

• 微信稿：比使用指南更简明，侧重云工具的某些特点，推荐指数

• FAQ和SOP：一般放在云平台的资料中心，是平时售后中沉淀下来的问题，回答和解决特定的问题，推荐指数

另外，微信稿中的有些链接已经过期，但是它们都可以通过登陆云平台找到：

https://www.omicstudio.cn/，如果打不开，从这个网页里找就可以了。

若需要在文章中引用本平台，可以参考如下文本：Bioinformatic analysis was performed using the OmicStudio tools at https://www.omicstudio.cn/tool.

云工具：热图

网址：https://www.omicstudio.cn/tool/4

使用指南：联川生物云平台-使用指南-热图-V2.11-2019.1.24-lfy

https://www.omicstudio.cn/doc/414

B站：热图在各组学中的应用 | 联川生物云平台

https://www.bilibili.com/video/BV1XE411W7Hw （地址一）

https://www.omicstudio.cn/doc/683（地址二）

微信稿：不同样本的差异通路如何绘制热图？| 生信快闪

微信稿：绘制3000行热图，基因名如何看得清？| 生信快闪   

https://www.omicstudio.cn/doc/646 （pdf版）

FAQ：常见图形怎么看——热图

https://www.omicstudio.cn/doc/211

FAQ：热图绘制时FPKM值是如何进行转换的？

https://www.omicstudio.cn/doc/98

SOP：聚类热图如何调整样本顺序

https://www.omicstudio.cn/doc/712

云工具：韦恩图、UpSet图

网址：https://www.omicstudio.cn/tool/6

  网址：https://www.omicstudio.cn/tool/43

使用指南：联川生物云平台-使用指南-韦恩图-V2.5-2019.5.30-lfy

https://www.omicstudio.cn/doc/478

微信稿：小姐姐告诉你如何画韦恩图 | 生信快闪  

B站：韦恩图的应用与实操演示 | 联川生物云平台

https://www.bilibili.com/video/BV1NQ4y1T7yZ

使用指南：云平台UpSet工具说明

https://www.omicstudio.cn/doc/694

微信稿：韦恩图只能画5组？不存在的   

B站：UpSet图原理讲解+实操演示 | 联川生物云平台
https://www.bilibili.com/video/BV11e411W77C

云工具：箱线图

网址：https://www.omicstudio.cn/tool/1

SOP：联川生物云平台箱线图绘制SOP

https://www.omicstudio.cn/doc/827

云工具：小提琴图

网址：https://www.omicstudio.cn/tool/45

微信稿：听说这里可以免费画小提琴图？？？        

B站：小提琴图绘制讲解 | 联川生物云平台https://www.bilibili.com/video/BV1kA411b7qt

FAQ：常见图形怎么看——小提琴图
https://www.omicstudio.cn/doc/213

云工具：点线图

网址：https://www.omicstudio.cn/tool/44

使用指南：点线图简要操作手册及演示视频

https://www.omicstudio.cn/doc/693

微信稿：点线图---一样的图，不一样的花样   

B站：点线图的应用和实操演练 | 联川生物云平台
https://www.bilibili.com/video/BV1f5411t7Bh

云工具：火山图

网址：https://www.omicstudio.cn/tool/7

使用指南：绘制火山图：1-简介

https://www.omicstudio.cn/doc/463

使用指南：绘制火山图：2-快速绘制-示例数据

https://www.omicstudio.cn/doc/465

使用指南：绘制火山图：2-快速绘制-使用自己的数据
https://www.omicstudio.cn/doc/464

使用指南：绘制火山图：3-数据处理+图片解读+绘制Inf值+数据下载
https://www.omicstudio.cn/doc/466

使用指南：绘制火山图：4-其他常见参数+图片优化+个性化调整
https://www.omicstudio/doc/467

使用指南：绘制火山图：5-图片下载
https://www.omicstudio/doc/468

微信稿：云平台火山图使用指南 | 云课堂（27） 

FAQ：常见图形怎么看——散点图

https://www.omicstudio.cn/doc/208

云工具：二维PCA图

网址：https://www.omicstudio.cn/tool/13

B站：联川生物云平台 | PCA知识详解+实操演练
https://www.bilibili.com/video/BV1me411s7X9

微信稿：小姐姐告诉你2秒钟的PCA图2分钟就能学会

云工具：三维PCA图

网址：https://www.omicstudio.cn/tool/14

使用指南：联川生物云平台-使用指南-三维PCA图-V1.4-2019.5.29-lfy

https://www.omicstudio.cn/doc/477

使用指南（视频）：绘制三维PCA图：1-介绍

https://www.omicstudio.cn/doc/432

使用指南（视频）：绘制三维PCA图：2-下载示例数据

https://www.omicstudio.cn/doc/433

使用指南（视频）：绘制三维PCA图：3-只上传输入文件
https://www.omicstudio.cn/doc/434

使用指南（视频）：绘制三维PCA图：4-下载
https://www.omicstudio.cn/doc/435

使用指南（视频）：绘制三维PCA图：5-上传分组文件
https://www.omicstudio.cn/doc/436

使用指南（视频）：绘制三维PCA图：6-输入文件格式
https://www.omicstudio.cn/doc/437

使用指南（视频）：绘制三维PCA图：7-分组文件格式
https://www.omicstudio.cn/doc/438

使用指南（视频）：绘制三维PCA图：8-调整颜色
https://www.omicstudio.cn/doc/439

使用指南（视频）：绘制三维PCA图：9-数据处理和下载
https://www.omicstudio.cn/doc/440

使用指南（视频）：绘制三维PCA图：10.主要参数调整
https://www.omicstudio.cn/doc/441

使用指南（视频）：绘制三维PCA图：11-总结
https://www.omicstudio.cn/doc/442

微信稿：三分钟绘制一张优美的三维PCA图 | 云平台                                         

云工具：Circos

网址：https://www.omicstudio.cn/tool/50

使用指南：Circos云工具绘图使用手册
https://www.omicstudio.cn/doc/832

视频教程：已内嵌在云工具中

B站：OmicStudio开挂绘图 | 在线绘制各种类型的Circos图 https://www.bilibili.com/video/BV15z4y1Q79f

微信稿：SCI必备|高分文章中颜值爆表的circos图不用代码也能画|OmicStudio开挂绘图

云工具：网络图

网址：https://www.omicstudio.cn/tool/56

使用指南：网络图云工具使用
https://www.omicstudio.cn/doc/837

B站：OmicStudio开挂绘图 | 网络图云工具在线绘制以及朱缨花图实操
https://www.bilibili.com/video/BV1w64y1c7Gg

微信稿：一分钟就能完成多组学网络关系图，了解下

云工具：趋势分析：STEM

https://www.omicstudio.cn/tool/37

使用指南：一键进行专业趋势分析（STEM）-V1.3-2020.2.24

https://www.omicstudio.cn/doc/676

微信稿：小姐姐教你使用STEM进行趋势分析  

云工具：表格操作：信息提取

网址：https://www.omicstudio.cn/tool/20

使用指南：联川生物云平台-使用指南-信息提取-V1.3-2019.1.26-lfy
https://www.omicstudio.cn/doc/415

微信稿：云平台表格操作-信息提取专栏| 云课堂(24)

云工具：FC值计算

网址：https://www.omicstudio.cn/tool/19

使用指南：FC值计算
https://www.omicstudio.cn/doc/642

微信稿：小姐姐教你如何做FC值计算 | 生信快闪

云工具：p值计算

网址：https://www.omicstudio.cn/tool/21

使用指南：p值计算
https://www.omicstudio.cn/doc/641

云工具：两组学相关关系

网址：https://www.omicstudio.cn/tool/49

微信稿：两组学相关关系图形标配    

B站：两组学相关关系图形绘制讲解 | 联川生物云平台

https://www.bilibili.com/video/BV1ui4y1b73L

云工具：GSEA

网址：https://www.omicstudio.cn/tool/29

使用指南：联川生物云平台-使用指南-GSEA-V1.8-2020.5.29-lfy
https://www.omicstudio.cn/doc/479

B站：GSEA知识详解+实操演练 | 联川生物云平台
https://www.bilibili.com/video/BV1HT4y1G7iy（地址一）
https://www.omicstudio.cn/doc/826（地址二）

FAQ：联川生物云平台-B站直播PPT-GSEA
https://www.omicstudio.cn/doc/826

云工具：GO和KEGG富集性分析

网址：https://www.omicstudio.cn/tool/22

使用指南：通用版富集分析-V1.0-2020.1.15.lfy

https://www.omicstudio.cn/doc/640

微信稿：跟着小姐姐一起学习如何做GO和KEGG基因功能富集分析 | 生信快闪

使用指南：联川生物云平台-案例-GO柱状图_V1.0-2019.1.15_lfy

https://www.omicstudio.cn/doc/417

B站直播：KEGG富集分析在代谢组学中的应用
https://www.bilibili.com/video/BV1n7411m7hw（地址一）
https://www.omicstudio.cn/doc/696（地址二）

FAQ：什么是GO功能富集分析？

https://www.omicstudio.cn/doc/103

FAQ：什么是Pathway功能富集分析？
https://www.omicstudio.cn/doc/104

FAQ：GO、PATHWAY富集分析中是否一定需要选择显著富集的通路
https://www.omicstudio.cn/doc/105

云工具：基因集数据库

网址：https://www.omicstudio.cn/tool/26

使用指南：如何查找疾病、生物表征、性状等相关的基因列表：MSigDB

https://www.omicstudio.cn/doc/643

微信稿：小姐姐教你下载史上最全信号通路基因列表 | 生信快闪

云工具：ID转换

网址：https://www.omicstudio.cn/tool/38

使用指南：联川生物云平台-使用指南-基因ID转换

https://www.omicstudio.cn/doc/680

微信稿：小姐姐教你基因ID转换 | 生信快闪     

云工具：PCoA

网址：https://www.omicstudio.cn/tool/24

使用指南：联川生物云平台-使用指南-PCoA图

https://www.omicstudio.cn/doc/645

微信稿：三分钟绘制一张优美的PCoA图 | 云平台

FAQ：PCA,PCoA，NMDS三种排序分析的生物学意义及区别是什么？

https://www.omicstudio.cn/doc/37

云工具：桑基图

网址：https://www.omicstudio.cn/tool/40

使用指南：桑基图演示视频_v1.5_20200311

https://www.omicstudio.cn/doc/685

微信稿：小姐姐在线教你绘制桑基图

B站：微生物云平台绘图教程——桑基图 | 联川生物云平台
https://www.bilibili.com/video/BV1PE41157b8 （地址一）

https://www.omicstudio.cn/doc/688（地址二）

云工具：单细胞10X

Marker基因可视化：https://www.omicstudio.cn/tool/ten_x/index?id=47

细胞鉴定结果分：https://www.omicstudio.cn/tool/ten_x/index?id=48

tSNE图绘制：https://www.omicstudio.cn/tool/ten_x/index?id=52

报告解读：联川生物10X Genomics单细胞转录组测序标准+

个性化分析结果报告解读（如果背景知识不熟悉，推荐先看这个）

https://www.omicstudio.cn/doc/633

B站：单细胞前期数据预处理原理与简介（如果背景知识不熟悉，推荐先看这个）https://www.bilibili.com/video/BV1gE411K74u（地址一）

https://www.omicstudio.cn/doc/687（地址二）

微信稿：Marker基因可视化| 单细胞专题

B站：Marker基因可视化云工具

https://www.bilibili.com/video/BV14z411v7fx

微信稿：细胞鉴定结果分析 | 单细胞专题

B站：细胞鉴定结果分析

https://www.bilibili.com/video/BV1kK411J78c

微信稿：原来tSNE图还可以这样做？！

B站：单细胞tSNE图绘制

https://www.bilibili.com/video/BV1TK4y1v7rL

云分析：有参转录组

网址：https://www.omicstudio.cn/analysis/2

报告解读：联川生物-有参转录组测序报告解读-20191105
（如果背景知识不熟悉，推荐先看这个）

https://www.omicstudio.cn/doc/577

B站：有参转录组云分析 | 联川生物云平台
https://www.bilibili.com/video/BV1BE411g7YP（地址一）

https://www.omicstudio.cn/doc/684（地址二）

FAQ：转录组云分析分析注意点

https://www.omicstudio.cn/doc/675

云分析：微生物-扩增子项目重绘图

网址：https://www.omicstudio.cn/analysis/1

此分析基于您项目中结果文件进行，可以实现：
样本/分组名称修改绘图；
样本/分组展示顺序调整绘图；
新增比较组差异分析及绘图；
挑选部分样本/组别进行绘图。

报告解读：联川生物-16SrDNA测序报告解读-20191217
（如果背景知识不熟悉，推荐先看这个）

https://www.omicstudio.cn/doc/600

B站：微生物组云分析_重绘图操作讲解 | 联川生物云平台

https://www.bilibili.com/video/BV1qE411V7KQ（地址一）

https://www.omicstudio.cn/doc/689 （地址二）

FAQ：微生物扩增子项目云分析SOP（重绘图方向）V1.4
https://www.omicstudio.cn/doc/631

云分析：微生物-扩增子项目重分析

网址：https://www.omicstudio.cn/analysis/3

此分析基于您项目中原始数据出发，可以实现剔除离群样本，获得完整结果与报告内容。

报告解读：联川生物-16SrDNA测序报告解读-20191217

（如果背景知识不熟悉，推荐先看这个）
https://www.omicstudio.cn/doc/600

SOP：微生物-扩增子项目重分析SOP

https://www.omicstudio.cn/doc/831

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