基于marker基因的表达情况完成了各cluster细胞鉴定，代码小白后续如何基于细胞注释结果进行绘图呢？别着急，联川生物同步上线了基于细胞注释结果作图的云工具“10X单细胞数据分析-细胞鉴定结果分析”，该工具同时可以绘制细胞tSNE图，细胞基因表达热图，细胞基因表达小提琴图和细胞基因表达DotPlot图，且图片的展示方式也有很多种哦，发文章用它，用它，用它就对了！
云平台网址：https://www.lc-bio.cn/tool/ten_x/index?id=48
首先，该云工具都能绘制什么图片呢，我们先来一睹为快。该工具一共可以绘制以下四种图片，各细胞类别的tSNE映射图（这张图是单细胞文章中非常重要的图哦，一般放在文章的开始的部分）、细胞基因表达热图、细胞基因表达小提琴图、细胞基因表达DotPlot图（后面三种图，文章中出现的频率也是非常高，不仅可以直观看各marker基因在细胞中的表达差异情况还可以看出细胞鉴定的准确度）。选择合适的marker基因进行图形展示，助力您文章的快速发表。
与Marker基因可视化云工具异同点：
看了上面的图之后，您可能很疑惑，这里面的图除了热图好像跟Marker基因可视化（听说单细胞数据可以在线绘图啦！！!）云工具获得的图片很相似，我应该如何选择云工具呢？
两个云工具使用的原始输入文件rData都是一致的（已经内嵌到您的项目路径下，直接选择需要分析的数据即可），两个云工具的基因表达小提琴图，基因表达DotPlot图以及各细胞/cluster类别的tSNE映射图也都是一样的。1）两个云工具的目的不同：Marker基因可视化云工具是为了辅助细胞鉴定，基于各marker基因在cluster中的表达高低来定义细胞；细胞鉴定结果分析是在细胞鉴定之后，进行的图片调整，用于文章发表。2)两个云工具的输入文件不同：Marker基因可视化云工具只需要输入marker基因列表即可；细胞鉴定结果分析既需要要输入marker基因列表同时还需要输入cluster对应的细胞注释列表。3)两个云工具的图片部分功能不同：Marker基因可视化云工具可以绘制marker基因tSNE表达映射图，细胞鉴定结果分析可以绘制热图。首先，如果您的细胞还未鉴定，请使用Marker基因可视化工具，如果已经鉴定使用细胞鉴定结果云工具。如果只是想做marker基因表达的tSNE图,请使用Marker基因可视化工具，同理，只想做cluster间的热图选择细胞鉴定结果云工具就可以了。你学会了吗？与Marker基因可视化云工具一样，只要您在我司做过单细胞项目且已经结题，您只需要选择相应的数据进行绘图就可以啦，无需上传庞大的作图文件哦！工具主要包含了左侧的功能选择界面、中间的参数调整和右侧的结果展示三大部分。其中，功能选择界面共包含介绍视频（视频详细介绍了每张图片作图细节的调整，带您快速上手）、细胞鉴定结果分析（作图及调整界面）、参考资料及分析方法等信息。
作图开始之前我们需要先准备两个输入文件（可允许xlsx和txt两种格式的文件），分别是需要绘制的基因列表和cluster对应的细胞注释信息。该文件只有一列信息，GeneName一定要和您数据中的基因名完全一致，否则该基因将无法绘图。如果您不确定您数据中基因名是如何命名的，您可以在页面上直接进行搜索（如上右图），也可以直接上传，会自动根据您上传的基因进行基因名检查，如果有基因名不一致，会出现以下界面：
该文件包含两列信息，第一列为cluster信息，第二列为cluster对应的细胞信息，第二列细胞的输入顺序为后续热图，小提琴图，DotPlot图等作图的展示顺序。请注意，输入的cluster信息一定要跟您结果中包含的信息完全一致，不一致的情况上传时会出现右下图的报错信息（一旦出现该报错，将无法进行下游的分析，如果有些cluster不确定对应的注释信息，可以以cluster进行填充，后续绘图时将该cluster对应的细胞筛选掉即可）：由于细胞绘制跟您cluster注释表格上传的顺序有关，为了保证基因和细胞在热图中的对应关系，建议您在整理基因的表格时一类细胞的marker基因整理在一起，整体顺序按照细胞的顺序依次填写。表格上传检查无误后，点击分析就可以啦~~由于单细胞数据量比较庞大，数据分析时间比较长，还请您耐心等待，分析完成后会自动跳转到细胞tSNE图界面。分析完成后，可以点击下载按钮，打包下载图片，如果对某一张图片不满意，再进行细节调整就可以啦~接下来，我们来看下各图片可以实现的功能，以下为部分功能图片展示，图片展示功能很强大，赶快来联川云平台用您的数据试试吧~~细胞tSNE图可以分样本绘制，筛选不需要的展示的细胞，调整配色方案，为不同的细胞类型加圈等多项功能，以上图片仅展示部分功能图片。此外，还有细胞基因表达小提琴图和细胞基因表达DotPlot图，作图功能与Marker基因可视化对应的图片类型一致，这里不再赘述，您可以点击链接查看（听说单细胞数据可以在线绘图啦！！!）。
由于10x单细胞的数据量比较大，每调整一个参数图片都会实时加载，且随着细胞数量的增加加载的时间也会相应增加，调整图片的过程还请您耐心等待（此外，重要的事情说三遍：调图的过程中不能刷新页面，不能刷新页面，不能刷新页面）！Butler A , Hoffman P , Smibert P , et al. Integrating single-cell transcriptomic data across different conditions, technologies, and species[J]. Nature Biotechnology, 2018.