SCI必备|一分钟就能完成多组学网络关系图，了解下|OmicStudio开挂绘图

OmicStudio开挂绘图系列之“网络图”，今晚同步推出B站直播，关注“联川生物”，今晚7：30，不见不散~

网络图是生物信息学中常用的显示不同节点之间关联方向与关联程度的可视化方法。适应性广，常用于展现基因之间共表达关系，转录调控关系如转录因子与mRNA之间关系、miRNA与靶基因之间关系等，蛋白互作关系，微生物共发生关系等等情况。

图1 基于k-core算法分析的基因共表达网络图

图2 基因与miRNA之间作用关系网络图

图3 miRNA与mRNA靶向关系网络图

图4 蛋白互作关系网络图

图5微生物共发生网络图

如此多的应用场景，让网络图成为了文章必备figure，因此联川生物云平台也推出了简单方便的网络图云工具。还不会画网络图？点点鼠标就可以啦。

工具使用方法

01上传数据

为简化数据整理过程，输入文件可以兼容多种格式，您选择一种您方便整理的方式即可：

类型一（常规cytoscape输入格式）：

适合已经熟悉cytoscape输入文件格式的用户。包含两列信息，分别为源节点列与目标节点列。各列中信息可以是基因名、基因ID、蛋白ID、代谢物名称、数据库注释ID、物种名等等，任意已明确的关系对均可形成该格式文件。如果是多组学数据，也仍然需要是两列，比如“miRNA-基因-蛋白”关联关系，整理成此类型的格式如下（即仅从两两关系来定义，且新组学的对应关系追加至表格下方）：

miRNA	Gene
miRNA1	Gene1
miRNA1	Gene2
miRNA1	Gene3
miRNA2	Gene1
......	......
Gene1	Protein1
Gene1	Protein2
Gene2	Protein3
......	......

类型二（多组学联合分析文件）：

适合已经做了组学关联分析的客户，需要整理的部分较少。包含多列节点列信息，同时也可以添加节点对应属性列，如各组学中对应FC值、p值、表达量等等连续变化的数值均可作为节点对应属性列信息，基于属性列数值大小差异可以调节节点颜色、大小等等外观，如数值越大颜色越深、大小越大等等突出节点重要程度。需要注意的是列名不能重复，如基因组和蛋白组都存在FC值属性，需要加一个前（后）缀进行区分：Gene_FC，Protein_FC。

如果是多组学数据，不同于类型一，它的最简形式如下表，新的组学追加在表格右侧；如果需要定义属性数据，可以继续追加节点对应属性信息，如截图中的类型二，此表中，我们用FC值、p值来作为属性数据。截图中的类型二形式的数据可以在联川生物联合分析项目分析结果中直接拿到。

miRNA	Gene	Protein
miRNA1	Gene1	Protein1
miRNA1	Gene1	Protein2
miRNA1	Gene2	Protein3
miRNA2	Gene1	Protein1
......	......

02完成绘图

上传完成数据后，自动会选择数据列绘制图片，通过选择节点列名可以调整需要绘制网络图的列名重新绘制。

03参数调整

可以通过调整参数来改变节点或边的颜色、大小、形状等等属性来得到想要的网络图，也可以选择合适的布局算法来让图形更加美观。

04个性化调整

对于重点关注的点或边可以通过下载点属性文件以及边属性文件，修改重点关注的点或边的属性如颜色、大小、形状等等。

05图片下载

对于仍需要继续调整的细节，如文本字体字号等等可以通过下载PPT格式文件进行单独调整。

以上就是网络图云工具使用方法介绍，更多精彩可以关注B站直播视频讲解，其他云工具可以关注联川生物云平台。

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